Serveur d'exploration sur la grippe en Belgique : Différence entre versions

De Wicri Santé
imported>Jacques Ducloy
(→‎Voir aussi)
(→‎Voir aussi)
 
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{{Covid/En-tête|serveur=GrippeBelgiqueV1}}
 
{{Covid/En-tête|serveur=GrippeBelgiqueV1}}
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{{Wicri tp|texte=Ce serveur a été installé pour des raisons essentiellement pédagogiques.}}
+
{{Wicri tp|texte=Ce serveur a été installé pour des raisons essentiellement pédagogiques.
−
{{Wicri travaux|texte=Ce serveur sert également à mettre au point une formule simple pour la production de serveurs d'exploration spécialisés.}}  
+
* voir : [[Recherche et signalement de faits épidémiques régionaux]]}}
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{{Wicri avertissement
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|texte=Ce serveur est un outil de travail destiné aux spécialistes pour les aider à élaborer des résultats synthétiques. La navigation efficace dans cette bibliographie demande une solide formation.
 +
 
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Il repose sur des traitements statistiques relativement simples. Les données accessibles par cette navigation n'ont subi aucune vérification.
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 +
Il est ouvert au public pour montrer quels sont les outils sur lesquels travaillent les spécialistes.
 +
 
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Merci au public de ne tirer aucune conclusion d'une corrélation...
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}}
 
==Critère de sélection==
 
==Critère de sélection==
−
Pour construire un corpus sur les faits épidémiologiques sur la grippe en [[Belgique]], le critère utilisé est le suivant :
+
Cette plateforme d'exploration et de curation donne accès à [[A pour taille PubMed::{{GrippeBelgiqueV5, Explor size|stream=Main|step=Corpus|index=biblio}}]] références.
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:<code>(influenza) AND (belgium<nowiki>[</nowiki>MeSH Terms])</code>
+
<span style="display: none;">[[A pour volumétrie (serveur d'exploration)::{{GrippeBelgiqueV5, Explor size|stream=Main|step=Exploration|index=biblio}}]] [[A pour volumétrie finale::{{GrippeBelgiqueV5, Explor size|stream=Main|step=Corpus|index=biblio}}]]</span>
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Elle a été créée avec le critère suivant :
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:<code>(influenza) AND (belgium[MeSH Terms])]</code>
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==Exploration==
 
−
Ces serveurs donnent accès à [[A pour taille PubMed::130]] références.
 
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<span style="display: none;">[[A pour volumétrie (serveur d'exploration)::130]] [[A pour volumétrie finale::130]]</span>
 
 
===Premières versions===
 
===Premières versions===
 
Ce petit corpus a été utilisé pour la mise au points d'outils et plusieurs versions ont été générées.
 
Ce petit corpus a été utilisé pour la mise au points d'outils et plusieurs versions ont été générées.
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Nous mettons sur cette page la première et la dernière.
 
Nous mettons sur cette page la première et la dernière.
  
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Les autres versions sont visibles sur [[Serveur d'exploration sur la grippe en Belgique/Version 2 et 3]].
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L'interface avec la première version était réduite à :
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{{Explor bandeau flux|type=PubMedSolo|code=Main|path=GrippeBelgiqueV1}}
 +
 
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Les autres versions sont visibles sur :
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* [[Serveur d'exploration sur la grippe en Belgique/Version 2 et 3]],
 +
* [[Serveur d'exploration sur la grippe en Belgique/Version 4]],
  
 
Toutes ces versions portent sur le même corpus.
 
Toutes ces versions portent sur le même corpus.
  
−
{{Explor bandeau flux|type=PubMedSolo|code=Main|path=GrippeBelgiqueV1}}
+
==Navigation==
 +
{{Explor bandeau flux|type=PubMedSolo|code=Main|path= GrippeBelgiqueV5}}
 +
===Projections géographiques===
 +
{{Avertissement|Pour une meilleure visibilité la Belgique a été retirée des projections géographiques}}
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{{Explor plateforme GrippeBelgiqueV5/Carte Europe}}
 +
 
 +
{{Début 2 colonnes}}
 +
{{Explor plateforme GrippeBelgiqueV5/Carte France|taille=400}}
 +
{{saut 2 colonnes}}
 +
{{Explor plateforme GrippeBelgiqueV5/Carte France Regions 2016|taille=400}}
 +
{{Fin 2 colonnes}}
 +
{{Explor plateforme GrippeBelgiqueV5/Carte Europe}}
 +
{{Explor plateforme GrippeBelgiqueV5/Carte Monde Europe réunie}}
 +
{{boîte déroulante
 +
|titre= production mondiale (détail Europe)
 +
|contenu=
 +
{{Explor plateforme GrippeBelgiqueV5/Carte Monde}}
 +
}}
  
−
===Version 4===
+
===Résultats bruts===
−
{{Explor bandeau flux|type=PubMedSolo|code=Main|path= GrippeBelgiqueV4}}
 
−
{{Explor plateforme GrippeBelgiqueV4/Carte Europe}}
 
 
{{Début 2 colonnes}}
 
{{Début 2 colonnes}}
 
;Auteurs:
 
;Auteurs:
 
{{Explor lien
 
{{Explor lien
 
   |wiki=Sante
 
   |wiki=Sante
−
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+
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  |url=Main/Exploration/indexHead.php?index=Author.i
 
  |url=Main/Exploration/indexHead.php?index=Author.i
 
  |texte=Lien vers l'index complet (avec classification)  
 
  |texte=Lien vers l'index complet (avec classification)  
 
}}
 
}}
−
{{GrippeBelgiqueV4, include|section=auteurs}}
+
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{{Saut 2 colonnes}}
 
{{Saut 2 colonnes}}
 
;;Affiliations:
 
;;Affiliations:
 
{{Explor lien
 
{{Explor lien
 
   |wiki=Sante
 
   |wiki=Sante
−
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+
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  |url=Main/Exploration/indexHead.php?index=AffOrg.i
 
  |url=Main/Exploration/indexHead.php?index=AffOrg.i
 
  |texte=Lien vers l'index complet  
 
  |texte=Lien vers l'index complet  
 
}}
 
}}
−
{{GrippeBelgiqueV4, include|section=org}}
+
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{{Fin 2 colonnes}}
 
{{Fin 2 colonnes}}
 
{{Début 3 colonnes}}
 
{{Début 3 colonnes}}
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{{Explor lien
 
{{Explor lien
 
   |wiki=Sante
 
   |wiki=Sante
−
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  |url=Main/Exploration/indexHead.php?index=AffPays.i
 
  |texte=Lien vers l'index complet  
 
  |texte=Lien vers l'index complet  
 
}}
 
}}
−
{{GrippeBelgiqueV4, include|section=pays}}
+
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{{Saut 3 colonnes}}
 
{{Saut 3 colonnes}}
 
;Régions:
 
;Régions:
 
{{Explor lien
 
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   |wiki=Sante
−
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+
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  |url=Main/Exploration/indexHead.php?index=AffRegion.i
 
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  |texte=Lien vers l'index complet  
 
  |texte=Lien vers l'index complet  
 
}}
 
}}
−
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;Villes:
 
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}}
 
}}
−
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+
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{{Fin 3 colonnes}}
 
{{Fin 3 colonnes}}
  
 
;{{Début 2 colonnes}}
 
;{{Début 2 colonnes}}
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;;MeSH (anglais):
+
;;MeSH non qualifié (anglais):
 
{{Explor lien
 
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   |wiki=Sante
 
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  |url=Main/Exploration/indexHead.php?index=Mesh.i
 
  |url=Main/Exploration/indexHead.php?index=Mesh.i
 
  |texte=Lien vers l'index complet  
 
  |texte=Lien vers l'index complet  
 
}}
 
}}
−
{{GrippeBelgiqueV4, include|section=Mesh}}
+
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{{Saut 2 colonnes}}
 
{{Saut 2 colonnes}}
−
;;MeSH (français):
+
;;MeSH non qualifié (français):
 
{{Explor lien
 
{{Explor lien
 
   |wiki=Sante
 
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−
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  |url=Main/Exploration/indexHead.php?index=MeshFr.i
 
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  |texte=Lien vers l'index complet  
 
  |texte=Lien vers l'index complet  
 
}}
 
}}
−
{{GrippeBelgiqueV4, include|section=MeshFr}}
+
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 +
{{Fin 2 colonnes}}
 +
 
 +
;{{Début 2 colonnes}}
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;;MeSH qualifié (anglais):
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 +
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|url=Main/Exploration/indexHead.php?index=KwdEn.i
 +
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;;MeSH qualifié (français):
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 +
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 +
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{{Fin 2 colonnes}}
 
{{Fin 2 colonnes}}
  
Ligne 95 : Ligne 146 :
 
{{Explor lien
 
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   |wiki=Sante
 
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−
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  |texte=Lien vers l'index complet  
 
}}
 
}}
−
{{GrippeBelgiqueV4, include|section=abstract}}
+
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{{Saut 3 colonnes}}
 
{{Saut 3 colonnes}}
 
;Mots des titres:
 
;Mots des titres:
 
{{Explor lien
 
{{Explor lien
 
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   |wiki=Sante
−
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  |texte=Lien vers l'index complet (avec classification)  
 
}}
 
}}
−
{{GrippeBelgiqueV4, include|section=title}}
+
{{GrippeBelgiqueV5, include|section=title}}
 
{{Saut 3 colonnes}}
 
{{Saut 3 colonnes}}
 
;Revues (ISSN):
 
;Revues (ISSN):
 
{{Explor lien
 
{{Explor lien
 
   |wiki=Sante
 
   |wiki=Sante
−
  |area=GrippeBelgiqueV4
+
  |area=GrippeBelgiqueV5
 
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  |url=Main/Exploration/indexHead.php?index=ISSN.i
 
  |texte=Lien vers l'index complet  
 
  |texte=Lien vers l'index complet  
 
}}
 
}}
−
{{GrippeBelgiqueV4, include|section=ISSN}}
+
{{GrippeBelgiqueV5, include|section=ISSN}}
 
{{Fin 3 colonnes}}
 
{{Fin 3 colonnes}}
  
−
==Installation sur une machine de TP==
+
==Expérimentation pédagogique sur les faits épidémiques régionaux==
−
===Installation===
+
Une expérimentation pédagogique sur la recherche de faits épistémologiques par exploration de corpus a été initialisée avec ce serveur.
−
<source lang="sh">
 
−
source $HOME/Documents/ScienceExplor/Dilib/init.sh
 
−
mkdir $WICRI_ROOT/Sante/explor/GrippeBelgique.storage
 
−
cd $WICRI_ROOT/Sante/explor/GrippeBelgique.storage
 
−
NlmPubMedExplorCorpus -q "(influenza) AND (belgium[MeSH Terms])" -s 200 -d GrippeBelgiqueV2
 
−
</source>
 
−
 
 
−
===Test===
 
−
Imprimer, par ordre alphabétique, la liste des pays ayant publié sur la Belgique...
 
−
<source lang="sh">
 
−
cd GrippeBelgiqueV2
 
  
−
HfdCat Data/Main/Exploration/AffPays.i.hfd            \
+
Voir : [[Serveur d'exploration sur la grippe en Belgique/Faits épidémiques]]
−
    | SgmlSelect -g idx/kw/1 -g  idx/f/1 -p @g1 -p @g2 \
+
===Expérimentation sur la génération de pages wiki===
−
    | sort
 
−
</source>
 
−
 
 
−
Le résultat attendu :
 
−
<pre>
 
−
Allemagne 3
 
−
Australie 3
 
−
Autriche 2
 
−
Belgique 98
 
−
Canada 2
 
−
Croatie 2
 
−
France 5
 
−
Japon 1
 
−
Nouvelle-Zélande 1
 
−
Pays-Bas 5
 
−
Portugal 1
 
−
Royaume-Uni 4
 
−
Suisse 1
 
−
Suède 2
 
−
Viêt Nam 1
 
−
États-Unis 2
 
−
</pre>
 
−
 
 
−
==expérimentation sur la génération de pages wiki==
 
 
Un document a été repéré car il présente quelques éléments intéressants pour la génération de pages wikis à partir de notices PubMeb :
 
Un document a été repéré car il présente quelques éléments intéressants pour la génération de pages wikis à partir de notices PubMeb :
 
* {{Explor lien
 
* {{Explor lien
 
   |wiki=  Santé  
 
   |wiki=  Santé  
−
   |area=    GrippeBelgiqueV2
+
   |area=    GrippeBelgiqueV4
 
   |flux=    Main
 
   |flux=    Main
 
   |étape=  Exploration
 
   |étape=  Exploration
Ligne 172 : Ligne 188 :
 
** [[PLoS ONE (2019) Coussement]]
 
** [[PLoS ONE (2019) Coussement]]
  
−
==Expérimentation sur les faits épidémiologiques régionaux==
+
===Recherche de faits épidémiques régionaux===
  
 
Deux documents ont été repérés :
 
Deux documents ont été repérés :
Ligne 198 : Ligne 214 :
 
**[[Euro Surveill. (2009) Gutiérrez]]
 
**[[Euro Surveill. (2009) Gutiérrez]]
  
 +
==Paramétrage==
 +
Cette page a été générée par la commande [[wicri-outils.fr:Dilib, module Nlm, Commande NlmPubMedExplorCorpus|NlmPubMedExplorCorpus]]
 +
*[[Wicri:GrippeBelgiqueV5|GrippeBelgiqueV5]] - ''Initialisation, transferts... ''
 +
*[[Wicri:GrippeBelgiqueV5/Paramètres, data]] - ''génération des données''
 +
*[[Wicri:GrippeBelgiqueV5/Paramètres, fr]] - ''paramètres de navigation''.
 +
*[[Wicri:GrippeBelgiqueV5/Paramètres, size]] - ''génération des modèles liés aux valeurs numériques''
 +
*[[Wicri:GrippeBelgiqueV5/Paramètres, maps]] - ''génération de cartes géographiques''
 +
*[[Wicri:GrippeBelgiqueV5/Paramètres, include]] - ''génération du modèle d'affichage des résultats bruts''
  
 
==Voir aussi==
 
==Voir aussi==
−
;Paramétrage:
 
−
Ce serveur est généré avec [[Dilib, module Nlm, Commande NlmPubMedExplorCorpus|la commande NlmPubMedExplorCorpus]].
 
−
 
 
{{Wicri voir|dec=Serveur d'exploration}}
 
{{Wicri voir|dec=Serveur d'exploration}}
  
Ligne 211 : Ligne 232 :
 
[[Catégorie:Serveurs Covid]]
 
[[Catégorie:Serveurs Covid]]
 
[[Catégorie:Serveur d'exploration]]
 
[[Catégorie:Serveur d'exploration]]
 +
[[Catégorie:Grippe humaine (épidémiologie)]]
 +
[[Catégorie:Serveurs Démo.Istex|Grippe]]

Version actuelle datée du 27 mars 2021 à 16:27

Ce tableau de Albert Anker illustre une activité à caractère pédagogique sur une page Espace dédié à un travail pédagogique
Ce serveur a été installé pour des raisons essentiellement pédagogiques.
logo lien externe Ce serveur est un outil de travail destiné aux spécialistes pour les aider à élaborer des résultats synthétiques. La navigation efficace dans cette bibliographie demande une solide formation.

Il repose sur des traitements statistiques relativement simples. Les données accessibles par cette navigation n'ont subi aucune vérification.

Il est ouvert au public pour montrer quels sont les outils sur lesquels travaillent les spécialistes.

Merci au public de ne tirer aucune conclusion d'une corrélation...

Critère de sélection

Cette plateforme d'exploration et de curation donne accès à 131 références. 131 131

Elle a été créée avec le critère suivant :

(influenza) AND (belgium[MeSH Terms])]


Premières versions

Ce petit corpus a été utilisé pour la mise au points d'outils et plusieurs versions ont été générées.

Nous mettons sur cette page la première et la dernière.

L'interface avec la première version était réduite à :

DilibExplorGabarit1.png

ExplorGabarit1Arrow.png

Pour aller sur le flux PubMed/Medline

Pour aller sur l'étape de reformatage du corpus

Pour aller sur l'étape de curation

Pour aller sur l'étape d'exploration globale

Les autres versions sont visibles sur :

Toutes ces versions portent sur le même corpus.

Navigation

DilibExplorGabarit1.png

ExplorGabarit1Arrow.png

Pour aller sur le flux PubMed/Medline

Pour aller sur l'étape de reformatage du corpus

Pour aller sur l'étape de curation

Pour aller sur l'étape d'exploration globale

Projections géographiques

Attention :
Pour une meilleure visibilité la Belgique a été retirée des projections géographiques
  
production mondiale (détail Europe)
 

Résultats bruts

Auteurs

Lien vers l'index complet (avec classification)

  1. Niel Hens (8)
  2. Thierry Van Den Berg (6)
  3. Samuel Coenen (6)
  4. T. Van Den Berg (5)
  5. R. Snacken (5)
  6. Philippe Beutels (5)
  7. Isabelle Thomas (5)
  8. Barbara Michiels (5)
  9. B. Lambrecht (5)
  10. V. Van Casteren (4)
  11. Paul Van Royen (4)
  12. P. Houdart (4)
  13. M. Mombaerts-Servais (4)
  14. J. Desmyter (4)
  15. I. Thomas (4)
  
Affiliations

Lien vers l'index complet

  1. Université d'Anvers (13)
  2. Université de Gand (6)
  3. Université libre de Bruxelles (4)
  4. Université de Liège (4)
  5. Katholieke Universiteit Leuven (3)
  6. Université catholique de Louvain (2)
  7. Université de São Paulo (1)
  8. Université de Cambridge (1)
  9. Université Paris-Descartes (1)
  10. Université McGill (1)
  11. Université Johann Wolfgang Goethe de Francfort-sur-le-Main (1)
Pays

Lien vers l'index complet

  1. Belgique (99)
  2. Royaume-Uni (5)
  3. Pays-Bas (5)
  4. France (5)
  5. Allemagne (4)
  6. Australie (3)
  7. États-Unis (2)
  8. Suède (2)
  9. Italie (2)
  10. Croatie (2)
  11. Canada (2)
  12. Autriche (2)
  13. Viêt Nam (1)
  14. Suisse (1)
  15. Portugal (1)
  
Régions

Lien vers l'index complet

  1. Région de Bruxelles-Capitale (38)
  2. Région flamande (22)
  3. Province d'Anvers (13)
  4. Province du Brabant flamand (6)
  5. Province de Flandre-Orientale (6)
  6. Province de Liège (4)
  7. Angleterre (4)
  8. Île-de-France (3)
  9. Région wallonne (3)
  10. Nouvelle-Galles du Sud (3)
  11. Grand Londres (3)
  12. Vienne (Autriche) (2)
  13. Utrecht (province) (2)
  14. Svealand (2)
  15. Rhône-Alpes (2)
  
Villes

Lien vers l'index complet

  1. Bruxelles (38)
  2. Anvers (13)
  3. Louvain (6)
  4. Gand (6)
  5. Liège (4)
  6. Sydney (3)
  7. Londres (3)
  8. Vienne (Autriche) (2)
  9. Utrecht (2)
  10. Stockholm (2)
  11. Paris (2)
  12. Lyon (2)
  13. Amsterdam (2)
  14. Tübingen (1)
  15. São Paulo (1)
MeSH non qualifié (anglais)

Lien vers l'index complet

  1. Belgium (131)
  2. Humans (110)
  3. Influenza, Human (77)
  4. Male (67)
  5. Female (66)
  6. Adult (48)
  7. Middle Aged (47)
  8. Aged (46)
  9. Influenza Vaccines (35)
  10. Animals (28)
  11. Disease Outbreaks (27)
  12. Adolescent (25)
  13. Young Adult (24)
  14. Aged, 80 and over (23)
  15. Vaccination (22)
  16. Influenza A virus (22)
  17. Child (21)
  18. Child, Preschool (20)
  19. Influenza A Virus, H1N1 Subtype (18)
  20. Infant (16)
  
MeSH non qualifié (français)

Lien vers l'index complet

  1. Belgique (131)
  2. Humains (110)
  3. Grippe humaine (77)
  4. Mâle (67)
  5. Femelle (66)
  6. Adulte (48)
  7. Adulte d'âge moyen (47)
  8. Sujet âgé (46)
  9. Vaccins antigrippaux (35)
  10. Animaux (28)
  11. Épidémies de maladies (27)
  12. Adolescent (25)
  13. Jeune adulte (24)
  14. Sujet âgé de 80 ans ou plus (23)
  15. Virus de la grippe A (22)
  16. Vaccination (22)
  17. Enfant (21)
  18. Enfant d'âge préscolaire (20)
  19. Sous-type H1N1 du virus de la grippe A (18)
  20. Nourrisson (16)
MeSH qualifié (anglais)

Lien vers l'index complet

  1. Humans (MeSH) (110)
  2. Belgium (epidemiology) (70)
  3. Male (MeSH) (67)
  4. Female (MeSH) (66)
  5. Belgium (MeSH) (60)
  6. Adult (MeSH) (48)
  7. Middle Aged (MeSH) (47)
  8. Aged (MeSH) (46)
  9. Influenza, Human (epidemiology) (45)
  10. Influenza, Human (prevention & control) (33)
  11. Animals (MeSH) (28)
  12. Adolescent (MeSH) (25)
  13. Young Adult (MeSH) (24)
  14. Aged, 80 and over (MeSH) (23)
  15. Child (MeSH) (21)
  16. Influenza Vaccines (administration & dosage) (20)
  17. Child, Preschool (MeSH) (20)
  18. Infant (MeSH) (16)
  19. Surveys and Questionnaires (MeSH) (14)
  20. Seasons (MeSH) (14)
  
MeSH qualifié (français)

Lien vers l'index complet (avec classification)

  1. Humains (MeSH) (110)
  2. Belgique (épidémiologie) (70)
  3. Mâle (MeSH) (67)
  4. Femelle (MeSH) (66)
  5. Belgique (MeSH) (60)
  6. Adulte (MeSH) (48)
  7. Adulte d'âge moyen (MeSH) (47)
  8. Sujet âgé (MeSH) (46)
  9. Grippe humaine (épidémiologie) (45)
  10. Grippe humaine (prévention et contrôle) (33)
  11. Animaux (MeSH) (28)
  12. Adolescent (MeSH) (25)
  13. Jeune adulte (MeSH) (24)
  14. Sujet âgé de 80 ans ou plus (MeSH) (23)
  15. Enfant (MeSH) (21)
  16. Vaccins antigrippaux (administration et posologie) (20)
  17. Enfant d'âge préscolaire (MeSH) (20)
  18. Nourrisson (MeSH) (16)
  19. Saisons (MeSH) (14)
  20. Grippe humaine (virologie) (14)
Mots des abstracts

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  1. influenza (103)
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Mots des titres

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  1. influenza (89)
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  13. during (9)
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  15. analysis (8)
  
Revues (ISSN)

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  1. 1873-2518 (6)
  2. Euro surveillance : bulletin Européen sur les maladies transmissibles (6)
  3. 1471-2334 (6)
  4. PLoS ONE (5)
  5. 1784-3286 (5)
  6. Vaccine (revue) (5)
  7. 0047-2166 (4)
  8. 0035-3639 (4)
  9. 1865-1682 (3)
  10. 1471-2296 (3)
  11. 0005-2086 (3)
  12. 1938-4351 (2)
  13. 1879-0070 (2)
  14. British Medical Journal (recherche clinique) (2)
  15. 1660-9379 (2)

Expérimentation pédagogique sur les faits épidémiques régionaux

Une expérimentation pédagogique sur la recherche de faits épistémologiques par exploration de corpus a été initialisée avec ce serveur.

Voir : Serveur d'exploration sur la grippe en Belgique/Faits épidémiques

Expérimentation sur la génération de pages wiki

Un document a été repéré car il présente quelques éléments intéressants pour la génération de pages wikis à partir de notices PubMeb :

Recherche de faits épidémiques régionaux

Deux documents ont été repérés :

Paramétrage

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