Dilib, module Nlm, commande NlmPubMedExplorCorpus

De Wicri Outils
LogoDilib.gif
Panneau travaux.png
Bibliothèque Dilib (ressources numériques)
Module Nlm

Cette page introduit la commande NlmPubMedExplorCorpus qui permet de télécharger des corpus PubMed/MEDLINE et de créer un serveur d'exploration.

 

Synopsis

NlmPubMedExplorCorpus [-d directory ] -q query [ -s size ] [ -l link ] [ -p path ] [-t titre]]

Options

-d directory
Cette option donne le nom de la racine du serveur (valeur implicite : ExplorPubmed)
Le nom de ce directory est également le code (areaCode) du serveur.
Exemples : CovidFranceV1
-l link
Cette option donne le lien interwiki du wiki d'hébergement (valeur implicite wicri-sante.fr)
-p path
Cette option donne le chemin du wiki par rapport à la racine Wicri (valeur implicite Sante)
-q query
Cette option (obligatoire) permet de donner la requête d'extraction du corpus.
-s size
Cette option donne la taille du corpus ) télécharger (valeur implicite 10).
-t titre
Cette option donne le titre de la page d'accueil du serveur (valeur « Serveur d'exploration directory »).

Utilisation avancée

expérimentations avec la version V0.6.35

Sur machine de développement

Exemple, sur Wicri/Santé avec le Serveur d'exploration sur la grippe en Allemagne.

Génération de la version GrippeAllemagneV2 :

mkdir $WICRI_ROOT/Sante/explor/GrippeAllemagne.storage
cd $WICRI_ROOT/Sante/explor/GrippeAllemagne.storage

NlmPubMedExplorCorpus -q "(influenza) AND (germany[MeSH Terms])" -s 2000 -d GrippeAllemagneV2

tar -cvf GrippeAllemagneV2.tar GrippeAllemagneV2
gzip GrippeAllemagneV2.tar

scp $ISTEX_PAR GrippeAllemagneV2.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Sante/explor/GrippeAllemagne.storage
Sur la machine lorexplor
gunzip GrippeAllemagneV2.tar.gz
tar -xvf GrippeAllemagneV2.tar
gzip GrippeAllemagneV2.tar
Sur le wiki;
  • importer les modèles : exportInclude.xml et explorMaps.xml
  • copier coller le contenu du fichier mainPage.wiki

Extensions

Ajouter un zoom

Exemple ajout d'un Zoom France sur wicri-sante.fr:Serveur d'exploration sur la COVID en France

Dans la page Wicri:CovidFranceV1/Paramètres, data

  • Ligne : listStreams
    • ajouter ; France
  • Ajouter une ligne : typeStream | Area/France | Explor:IndexSelect
  • Ajouter une section « Les zooms » avec les paramètres de sélection.

Modèles de pages wiki

Ces modèles sont utilisés pour générer une version initiale, modifiable ultérieurement.

Voir aussi

Sur ce wiki
Liens externes