Recherche et signalement de faits épidémiques régionaux
Cette page introduit un thème d'expérimentation et de formation sur ce wiki.
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Espace dédié à un travail pédagogique
Les premières expérimentations ont été menées par Asma Lahssini et William Tardot. |
Fait épidémique régional
L'ensemble de données et de documents de recherche offert par le ministère chargé de la recherche aux États-Unis (NCBI) est d'une très grande richesse. Avec le système PubMed, la National Library a su définir un ensemble informationnel susceptible d'être étudié par toutes les disciplines scientifiques.
La problématique des faits épidémiques a été introduite dans un objectif pédagogique : permettre à des chercheurs non spécialistes en médecine ou en science de la vie d'expérimenter cet ensemble.
Un fait épidémique régional est caractérisé par 3 éléments relativement faciles à appréhender :
- un type d'épidémie (exemple : COVID, Dengue, Malaria),
- une époque (exemple 1918 pour la grippe espagnole),
- une région où s'est produit un évènement pertinent.
Repérage de faits épidémiques
Compte tenu du contexte sanitaire lié au COVID-19, les expérimentations sont essentiellement centrées sur les épidémies grippales
Dans des ouvrages spécialisés, anciens ou actuels
Les ouvrages spécialisés, en version hypertexte (avec des liens sémantiques) permettent de mener des premières expérimentations sans avoir à connaître en profondeur le monde des publications scientifiques.
Rééditions numériques hypertextes à partir de Gallica
Dans un processus d'apprentissage du numérique la rééditions de textes issus notamment de Gallica permet d'acquérir une première maîtrise de la syntaxe wiki (en corrigeant les erreurs d'OCR). Puis les apprenants vont pouvoir expérimenter des démarches d'identification, par exemple sur les personnes citées dans les textes.
On peut ensuite passer à des recherches de faits, par simple lecture, dans des ouvrages spécialement choisis pour cette formation.
Par exemple, sur ce wiki, l'ouvrage de Gustave André sur l'épidémie de 1889 contient un chapitre qui donne un historique des épidémies de grippe.
Dans des ouvrages contemporains
Sur ce wiki, le rapport « Actualités sur la grippe aviaire et sa transmission chez l’homme », écrit en 2006 par Thérèse Delvallée (INIST), constitue un ensemble très intéressant.
En effet, il contient un nombre important de références bibliographiques qui peuvent être repérées dans les serveurs d'exploration.
Un exemple caractéristique est donné par une transmission chez l'homme d'un virus aviaire aux Pays-Bas en 2003.
Dans les corpus
3 corpus ont été créés dans une première phase de l'expérimentation.
Plus précisément, le travail a démarré sur un corpus de petite taille : la grippe en Belgique.
Puis 2 autres serveurs sur l'Allemagne et le Canada ont été ouverts.
Enfin, dans la perspective de mise au point de services, des serveurs ont été ouverts pour d'autres pays.
En explorant les serveurs
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En filtrant des données avec GeoNames
La démonstration la plus avancée est sur le Serveur d'exploration sur la grippe au Canada.
Signalement
La section précédente a énuméré des stratégies et outils de repérage de faits épidémiques.
Cette section précise maintenant comment les signaler.
Modèle sémantique
De nouveaux attributs sémantiques ont été introduits pour préciser des relation de type géographique. Par analogie avec le MeSH, le terme épidémiologie entre parenthèses a été ajouté à l'attribut initial.
Trois attributs ont été ainsi qualifiés :
