Wicri:TreeMicInterV1/Paramètres, corpus

Cette page introduit les éléments pour la création des corpus de la version TreeMicInterV1 du « Serveur d'exploration sur les interactions arbre microorganisme ».

Voir aussi :

• Wicri:TreeMicInterV1/Paramètres, data - génération des données
• Wicri:TreeMicInterV1/Paramètres, fr - paramètres de navigation.
• Wicri:TreeMicInterV1/Paramètres, size - génération des modèles liés aux valeurs numériques
• Wicri:TreeMicInterV1/Paramètres, maps - génération de cartes géographiques
• Wicri:TreeMicInterV1/Paramètres, include - génération du modèle d'affichage des résultats bruts

Définition EXPLOR_AREA

EXPLOR_AREA=$WICRI_ROOT/Bois/explor/TreeMicInter.storage/TreeMicInterV1
export EXPLOR_AREA
export LC_ALL='C'

Corpus PubMed Central

Création du fichier pmc_result.xml par téléchargement

Test initial

nombre de liens vers pmc dans le corpus

HfdCat $EXPLOR_AREA/Data/Main/Exploration/biblio.hfd \
  | SxmlSelect -g record/TEI/teiHeader/fileDesc/publicationStmt/idno@type=pmc/1 -p@g1  \
  | wc

Téléchargement

HfdCat $EXPLOR_AREA/Data/Main/Exploration/biblio.hfd \
  | SxmlSelect -g record/TEI/teiHeader/fileDesc/publicationStmt/idno@type=pmc/1 -p@g1  \
  | NlmPmcGetCorpusById > $EXPLOR_AREA/Import/pmc_result.xml

Vérification

nombre de documents téléchargés

cat $EXPLOR_AREA/Import/pmc_result.xml | grep "</article>" | wc

Voir aussi

Cette page est générée à partir de

• wicri-outils.fr:Dilib, module Nlm, Commande NlmPubMedExplorCorpus