Wicri:PlantDefPeptideV1
De Wicri Bois
Cette page introduit les aspects techniques de la version PlantDefPeptideV1 du « Serveur d'exploration sur les peptides de défense des plantes ».
Voir aussi :
- Wicri:PlantDefPeptideV1/Paramètres, corpus - création des corpus
- Wicri:PlantDefPeptideV1/Paramètres, data - génération des données
- Wicri:PlantDefPeptideV1/Paramètres, fr - paramètres de navigation.
- Wicri:PlantDefPeptideV1/Paramètres, size - génération des modèles liés aux valeurs numériques
- Wicri:PlantDefPeptideV1/Paramètres, maps - génération de cartes géographiques
- Wicri:PlantDefPeptideV1/Paramètres, include - génération du modèle d'affichage des résultats bruts
Initialisation
Ce serveur a probablement été initialisé par la commande NlmPubMedExplorCorpus
avec le script suivant :
cd $WICRI_ROOT/Bois/explor/PlantDefPeptide.storage
NlmPubMedExplorCorpus -d PlantDefPeptideV1 \
-q "("plant s"[All Fields] OR "planted"[All Fields] OR "planting"[All Fields] OR "plantings"[All Fields] OR "plants"[MeSH Terms] OR "plants"[All Fields] OR "plant"[All Fields]) AND ("defence"[All Fields] OR "defences"[All Fields] OR "defense"[All Fields] OR "defenses"[All Fields] OR "defensing"[All Fields] OR "defensive"[All Fields] OR "defensively"[All Fields] OR "defensiveness"[All Fields] OR "defensives"[All Fields]) AND ("peptid"[All Fields] OR "peptidal"[All Fields] OR "peptide s"[All Fields] OR "peptides"[MeSH Terms] OR "peptides"[All Fields] OR "peptide"[All Fields] OR "peptidic"[All Fields])" -s 2000 \
-l %wicriLink -p wicriPath \
-t "Serveur d'exploration sur les peptides de défense des plantes"
Installation
Installation des données sur LorExplor, initialisation
Dans tous les cas, sur le site LorExplor, le serveur sera installé sur le répertoire :
$WICRI_ROOT/Bois/explor/PlantDefPeptide.storage
Le protocole d'initialisation est donc le suivant :
source /applis/lorexplor/Dilib/init.sh
mkdir $WICRI_ROOT/Bois/explor/PlantDefPeptide.storage
cd $WICRI_ROOT/Bois/explor/PlantDefPeptide.storage
Génération à partir d'une machine locale
A l'issue de la commande NlmPubMedExplorCorpus
.
- Sur la machine locale
tar -cvf PlantDefPeptideV1.tar PlantDefPeptideV1
gzip PlantDefPeptideV1.tar
scp PlantDefPeptideV1.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Bois/explor/PlantDefPeptide.storage
- Sur la machine LorExplor
cd $WICRI_ROOT/Bois/explor/PlantDefPeptide.storage
gunzip PlantDefPeptideV1.tar.gz
tar -xvf PlantDefPeptideV1.tar
gzip PlantDefPeptideV1.tar
Définition des liens pour visibilité Web
- Sur la machine LorExplor
source /applis/lorexplor/Dilib/init.sh
cd $WICRI_ROOT/Bois/explor
ln -s PlantDefPeptide.storage/PlantDefPeptideV1 .
cd /applis/lorexplor/www/html/Wicri/Bois/explor
ln -s $WICRI_ROOT/Bois/explor/PlantDefPeptideV1 .
Mise à jour
Définition EXPLOR_AREA
EXPLOR_AREA=$WICRI_ROOT/Bois/explor/PlantDefPeptide.storage/PlantDefPeptideV1
export EXPLOR_AREA
export LC_ALL='C'
Chargement d'une nouvelle version des données
cd $EXPLOR_AREA
mkdir Import/Archive
mv Import/pubmed_result.xml Import/Archive/.
NlmPubMedGetCorpus -q "("plant s"[All Fields] OR "planted"[All Fields] OR "planting"[All Fields] OR "plantings"[All Fields] OR "plants"[MeSH Terms] OR "plants"[All Fields] OR "plant"[All Fields]) AND ("defence"[All Fields] OR "defences"[All Fields] OR "defense"[All Fields] OR "defenses"[All Fields] OR "defensing"[All Fields] OR "defensive"[All Fields] OR "defensively"[All Fields] OR "defensiveness"[All Fields] OR "defensives"[All Fields]) AND ("peptid"[All Fields] OR "peptidal"[All Fields] OR "peptide s"[All Fields] OR "peptides"[MeSH Terms] OR "peptides"[All Fields] OR "peptide"[All Fields] OR "peptidic"[All Fields])" -s 250 -x > Import/pubmed_result.xml
Restauration complète
- Solution 1
cd $EXPLOR_AREA
ExplorAreaRestart -l 3
- En pas à pas
sh $EXPLOR_AREA/bin/AreaReset.sh
ExplorAreaDataCreate -d $EXPLOR_AREA
make -f $EXPLOR_AREA/bin/area.mk
sh $EXPLOR_AREA/bin/AreaCreateSite.fr.sh
cat $EXPLOR_AREA/Import/ListKeys.wiki \
| MediaWikiCleanTable \
| MediaWikiTable2SxmlRowCol \
| MediaWikiTableTransformCol -t 123 -T 4 \
> $EXPLOR_AREA/Input/ListKeys.xml
ExplorGenerTemplateSize -f $EXPLOR_AREA/Input/ListKeys.xml > $EXPLOR_AREA/exportSize.xml
MediaWikiExportCommand -c fileBegin > $EXPLOR_AREA/exportMaps.xml
source $EXPLOR_AREA/FixBin/AreaGenerWikiTemplateMaps.sh >> $EXPLOR_AREA/exportMaps.xml
MediaWikiExportCommand -c fileEnd >> $EXPLOR_AREA/exportMaps.xml
MediaWikiExportCommand -c fileBegin > $EXPLOR_AREA/exportInclude.xml
source $EXPLOR_AREA/FixBin/AreaGenerWikiTemplateInclude.sh >> $EXPLOR_AREA/exportInclude.xml
MediaWikiExportCommand -c fileEnd >> $EXPLOR_AREA/exportInclude.xml
Installation de la nouvelle version
- Sur la machine LorExplor
source /applis/lorexplor/Dilib/init.sh
cd $WICRI_ROOT/Bois/explor/PlantDefPeptide.storage
rm PlantDefPeptideV1.tar.gz
- Sur la machine de développement
cd $WICRI_ROOT/Bois/explor/PlantDefPeptide.storage
rm PlantDefPeptideV1.tar.gz
tar -cvf PlantDefPeptideV1.tar PlantDefPeptideV1
gzip PlantDefPeptideV1.tar
scp PlantDefPeptideV1.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Bois/explor/PlantDefPeptide.storage
Voir aussi
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