Wicri:MitoPlantRedoxV1
De Wicri Bois
Cette page introduit les aspects techniques de la version MitoPlantRedoxV1 du « Serveur d'exploration sur les mitochondries dans l'oxydoréduction chez les plantes ».
Voir aussi :
- Wicri:MitoPlantRedoxV1/Paramètres, corpus - création des corpus
- Wicri:MitoPlantRedoxV1/Paramètres, data - génération des données
- Wicri:MitoPlantRedoxV1/Paramètres, fr - paramètres de navigation.
- Wicri:MitoPlantRedoxV1/Paramètres, size - génération des modèles liés aux valeurs numériques
- Wicri:MitoPlantRedoxV1/Paramètres, maps - génération de cartes géographiques
- Wicri:MitoPlantRedoxV1/Paramètres, include - génération du modèle d'affichage des résultats bruts
Initialisation
Ce serveur a probablement été initialisé par la commande NlmPubMedExplorCorpus avec le script suivant :
cd $WICRI_ROOT/Bois/explor/MitoPlantRedox.storage
NlmPubMedExplorCorpus -d MitoPlantRedoxV1 \
-q "mitochondria plant redox" -s 2000 \
-l %wicriLink -p wicriPath \
-t "Serveur d'exploration sur les mitochondries dans l'oxydoréduction chez les plantes"Installation
Installation des données sur LorExplor, initialisation
Dans tous les cas, sur le site LorExplor, le serveur sera installé sur le répertoire :
$WICRI_ROOT/Bois/explor/MitoPlantRedox.storage
Le protocole d'initialisation est donc le suivant :
source /applis/lorexplor/Dilib/init.sh
mkdir $WICRI_ROOT/Bois/explor/MitoPlantRedox.storage
cd $WICRI_ROOT/Bois/explor/MitoPlantRedox.storage
Génération à partir d'une machine locale
A l'issue de la commande NlmPubMedExplorCorpus.
- Sur la machine locale
tar -cvf MitoPlantRedoxV1.tar MitoPlantRedoxV1
gzip MitoPlantRedoxV1.tar
scp MitoPlantRedoxV1.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Bois/explor/MitoPlantRedox.storage
- Sur la machine LorExplor
cd $WICRI_ROOT/Bois/explor/MitoPlantRedox.storage
gunzip MitoPlantRedoxV1.tar.gz
tar -xvf MitoPlantRedoxV1.tar
gzip MitoPlantRedoxV1.tar
Définition des liens pour visibilité Web
- Sur la machine LorExplor
source /applis/lorexplor/Dilib/init.sh
cd $WICRI_ROOT/Bois/explor
ln -s MitoPlantRedox.storage/MitoPlantRedoxV1 .
cd /applis/lorexplor/www/html/Wicri/Bois/explor
ln -s $WICRI_ROOT/Bois/explor/MitoPlantRedoxV1 .
Mise à jour
Définition EXPLOR_AREA
EXPLOR_AREA=$WICRI_ROOT/Bois/explor/MitoPlantRedox.storage/MitoPlantRedoxV1
export EXPLOR_AREA
export LC_ALL='C'
Chargement d'une nouvelle version des données
cd $EXPLOR_AREA
mkdir Import/Archive
mv Import/pubmed_result.xml Import/Archive/.
NlmPubMedGetCorpus -q "mitochondria plant redox" -s 250 -x > Import/pubmed_result.xml
Restauration complète
- Solution 1
cd $EXPLOR_AREA
ExplorAreaRestart -l 3
- En pas à pas
sh $EXPLOR_AREA/bin/AreaReset.sh
ExplorAreaDataCreate -d $EXPLOR_AREA
make -f $EXPLOR_AREA/bin/area.mk
sh $EXPLOR_AREA/bin/AreaCreateSite.fr.sh
cat $EXPLOR_AREA/Import/ListKeys.wiki \
| MediaWikiCleanTable \
| MediaWikiTable2SxmlRowCol \
| MediaWikiTableTransformCol -t 123 -T 4 \
> $EXPLOR_AREA/Input/ListKeys.xml
ExplorGenerTemplateSize -f $EXPLOR_AREA/Input/ListKeys.xml > $EXPLOR_AREA/exportSize.xml
MediaWikiExportCommand -c fileBegin > $EXPLOR_AREA/exportMaps.xml
source $EXPLOR_AREA/FixBin/AreaGenerWikiTemplateMaps.sh >> $EXPLOR_AREA/exportMaps.xml
MediaWikiExportCommand -c fileEnd >> $EXPLOR_AREA/exportMaps.xml
MediaWikiExportCommand -c fileBegin > $EXPLOR_AREA/exportInclude.xml
source $EXPLOR_AREA/FixBin/AreaGenerWikiTemplateInclude.sh >> $EXPLOR_AREA/exportInclude.xml
MediaWikiExportCommand -c fileEnd >> $EXPLOR_AREA/exportInclude.xml
Installation de la nouvelle version
- Sur la machine LorExplor
source /applis/lorexplor/Dilib/init.sh
cd $WICRI_ROOT/Bois/explor/MitoPlantRedox.storage
rm MitoPlantRedoxV1.tar.gz
- Sur la machine de développement
cd $WICRI_ROOT/Bois/explor/MitoPlantRedox.storage
rm MitoPlantRedoxV1.tar.gz
tar -cvf MitoPlantRedoxV1.tar MitoPlantRedoxV1
gzip MitoPlantRedoxV1.tar
scp MitoPlantRedoxV1.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Bois/explor/MitoPlantRedox.storage
Voir aussi
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