Wicri:MetalBindProtPlantV1

Cette page introduit les aspects techniques de la version MetalBindProtPlantV1 du « Serveur d'exploration sur les protéines de liaison chez les plantes ».

Voir aussi :

• Wicri:MetalBindProtPlantV1/Paramètres, corpus - création des corpus
• Wicri:MetalBindProtPlantV1/Paramètres, data - génération des données
• Wicri:MetalBindProtPlantV1/Paramètres, fr - paramètres de navigation.
• Wicri:MetalBindProtPlantV1/Paramètres, size - génération des modèles liés aux valeurs numériques
• Wicri:MetalBindProtPlantV1/Paramètres, maps - génération de cartes géographiques
• Wicri:MetalBindProtPlantV1/Paramètres, include - génération du modèle d'affichage des résultats bruts

Initialisation

Ce serveur a probablement été initialisé par la commande NlmPubMedExplorCorpus avec le script suivant :

cd $WICRI_ROOT/Bois/explor/MetalBindProtPlant.storage

NlmPubMedExplorCorpus  -d MetalBindProtPlantV1  \
          -q "metal-binding protein plant" -s 2000    \
          -l %wicriLink -p wicriPath \
          -t "Serveur d'exploration sur les protéines de liaison chez les plantes"

Installation

Installation des données sur LorExplor, initialisation

Dans tous les cas, sur le site LorExplor, le serveur sera installé sur le répertoire :

$WICRI_ROOT/Bois/explor/MetalBindProtPlant.storage

Le protocole d'initialisation est donc le suivant :

source /applis/lorexplor/Dilib/init.sh

mkdir $WICRI_ROOT/Bois/explor/MetalBindProtPlant.storage

cd $WICRI_ROOT/Bois/explor/MetalBindProtPlant.storage

Génération à partir d'une machine locale

A l'issue de la commande NlmPubMedExplorCorpus.

Sur la machine locale

 tar -cvf MetalBindProtPlantV1.tar MetalBindProtPlantV1
 gzip MetalBindProtPlantV1.tar

 scp MetalBindProtPlantV1.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Bois/explor/MetalBindProtPlant.storage

Sur la machine LorExplor

cd $WICRI_ROOT/Bois/explor/MetalBindProtPlant.storage

gunzip MetalBindProtPlantV1.tar.gz
tar -xvf MetalBindProtPlantV1.tar
gzip MetalBindProtPlantV1.tar

Définition des liens pour visibilité Web

Sur la machine LorExplor

source /applis/lorexplor/Dilib/init.sh
cd $WICRI_ROOT/Bois/explor
ln -s MetalBindProtPlant.storage/MetalBindProtPlantV1 .
cd /applis/lorexplor/www/html/Wicri/Bois/explor
ln -s $WICRI_ROOT/Bois/explor/MetalBindProtPlantV1 .

Mise à jour

Définition EXPLOR_AREA

EXPLOR_AREA=$WICRI_ROOT/Bois/explor/MetalBindProtPlant.storage/MetalBindProtPlantV1
export EXPLOR_AREA
export LC_ALL='C'

Chargement d'une nouvelle version des données

cd $EXPLOR_AREA
mkdir Import/Archive
mv Import/pubmed_result.xml Import/Archive/.
NlmPubMedGetCorpus -q "metal-binding protein plant" -s 8000 -x  > Import/pubmed_result.xml

Restauration complète

Solution 1

cd $EXPLOR_AREA
ExplorAreaRestart -l 3

En pas à pas

sh $EXPLOR_AREA/bin/AreaReset.sh
ExplorAreaDataCreate -d $EXPLOR_AREA
make -f $EXPLOR_AREA/bin/area.mk
sh $EXPLOR_AREA/bin/AreaCreateSite.fr.sh
cat $EXPLOR_AREA/Import/ListKeys.wiki       \
  |  MediaWikiCleanTable                     \
  | MediaWikiTable2SxmlRowCol                \
  | MediaWikiTableTransformCol -t 123 -T 4   \
  > $EXPLOR_AREA/Input/ListKeys.xml
ExplorGenerTemplateSize -f $EXPLOR_AREA/Input/ListKeys.xml > $EXPLOR_AREA/exportSize.xml
MediaWikiExportCommand -c fileBegin > $EXPLOR_AREA/exportMaps.xml
source $EXPLOR_AREA/FixBin/AreaGenerWikiTemplateMaps.sh >> $EXPLOR_AREA/exportMaps.xml
MediaWikiExportCommand -c fileEnd >> $EXPLOR_AREA/exportMaps.xml
MediaWikiExportCommand -c fileBegin > $EXPLOR_AREA/exportInclude.xml
source $EXPLOR_AREA/FixBin/AreaGenerWikiTemplateInclude.sh >> $EXPLOR_AREA/exportInclude.xml
MediaWikiExportCommand -c fileEnd >> $EXPLOR_AREA/exportInclude.xml

Installation de la nouvelle version

Sur la machine LorExplor

source /applis/lorexplor/Dilib/init.sh
cd $WICRI_ROOT/Bois/explor/MetalBindProtPlant.storage
rm MetalBindProtPlantV1.tar.gz

Sur la machine de développement

cd $WICRI_ROOT/Bois/explor/MetalBindProtPlant.storage
rm MetalBindProtPlantV1.tar.gz
tar -cvf MetalBindProtPlantV1.tar MetalBindProtPlantV1
gzip MetalBindProtPlantV1.tar
scp MetalBindProtPlantV1.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Bois/explor/MetalBindProtPlant.storage

Voir aussi

Cette page est générée à partir de

• wicri-outils.fr:Dilib, module Nlm, Commande NlmPubMedExplorCorpus