Wicri:ChloroPlantRedoxV1
De Wicri Bois
Cette page introduit les aspects techniques de la version ChloroPlantRedoxV1 du « Serveur d'exploration sur les chloroplastes dans l'oxydoréduction chez les plantes ».
Voir aussi :
- Wicri:ChloroPlantRedoxV1/Paramètres, corpus - création des corpus
- Wicri:ChloroPlantRedoxV1/Paramètres, data - génération des données
- Wicri:ChloroPlantRedoxV1/Paramètres, fr - paramètres de navigation.
- Wicri:ChloroPlantRedoxV1/Paramètres, size - génération des modèles liés aux valeurs numériques
- Wicri:ChloroPlantRedoxV1/Paramètres, maps - génération de cartes géographiques
- Wicri:ChloroPlantRedoxV1/Paramètres, include - génération du modèle d'affichage des résultats bruts
Initialisation
Ce serveur a probablement été initialisé par la commande NlmPubMedExplorCorpus avec le script suivant :
cd $WICRI_ROOT/Bois/explor/ChloroPlantRedox.storage
NlmPubMedExplorCorpus -d ChloroPlantRedoxV1 \
-q "chloroplast plant redox" -s 2000 \
-l %wicriLink -p wicriPath \
-t "Serveur d'exploration sur les chloroplastes dans l'oxydoréduction chez les plantes"Installation
Installation des données sur LorExplor, initialisation
Dans tous les cas, sur le site LorExplor, le serveur sera installé sur le répertoire :
$WICRI_ROOT/Bois/explor/ChloroPlantRedox.storage
Le protocole d'initialisation est donc le suivant :
source /applis/lorexplor/Dilib/init.sh
mkdir $WICRI_ROOT/Bois/explor/ChloroPlantRedox.storage
cd $WICRI_ROOT/Bois/explor/ChloroPlantRedox.storage
Génération à partir d'une machine locale
A l'issue de la commande NlmPubMedExplorCorpus.
- Sur la machine locale
tar -cvf ChloroPlantRedoxV1.tar ChloroPlantRedoxV1
gzip ChloroPlantRedoxV1.tar
scp ChloroPlantRedoxV1.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Bois/explor/ChloroPlantRedox.storage
- Sur la machine LorExplor
cd $WICRI_ROOT/Bois/explor/ChloroPlantRedox.storage
gunzip ChloroPlantRedoxV1.tar.gz
tar -xvf ChloroPlantRedoxV1.tar
gzip ChloroPlantRedoxV1.tar
Définition des liens pour visibilité Web
- Sur la machine LorExplor
source /applis/lorexplor/Dilib/init.sh
cd $WICRI_ROOT/Bois/explor
ln -s ChloroPlantRedox.storage/ChloroPlantRedoxV1 .
cd /applis/lorexplor/www/html/Wicri/Bois/explor
ln -s $WICRI_ROOT/Bois/explor/ChloroPlantRedoxV1 .
Mise à jour
Définition EXPLOR_AREA
EXPLOR_AREA=$WICRI_ROOT/Bois/explor/ChloroPlantRedox.storage/ChloroPlantRedoxV1
export EXPLOR_AREA
export LC_ALL='C'
Chargement d'une nouvelle version des données
cd $EXPLOR_AREA
mkdir Import/Archive
mv Import/pubmed_result.xml Import/Archive/.
NlmPubMedGetCorpus -q "chloroplast plant redox" -s 250 -x > Import/pubmed_result.xml
Restauration complète
- Solution 1
cd $EXPLOR_AREA
ExplorAreaRestart -l 3
- En pas à pas
sh $EXPLOR_AREA/bin/AreaReset.sh
ExplorAreaDataCreate -d $EXPLOR_AREA
make -f $EXPLOR_AREA/bin/area.mk
sh $EXPLOR_AREA/bin/AreaCreateSite.fr.sh
cat $EXPLOR_AREA/Import/ListKeys.wiki \
| MediaWikiCleanTable \
| MediaWikiTable2SxmlRowCol \
| MediaWikiTableTransformCol -t 123 -T 4 \
> $EXPLOR_AREA/Input/ListKeys.xml
ExplorGenerTemplateSize -f $EXPLOR_AREA/Input/ListKeys.xml > $EXPLOR_AREA/exportSize.xml
MediaWikiExportCommand -c fileBegin > $EXPLOR_AREA/exportMaps.xml
source $EXPLOR_AREA/FixBin/AreaGenerWikiTemplateMaps.sh >> $EXPLOR_AREA/exportMaps.xml
MediaWikiExportCommand -c fileEnd >> $EXPLOR_AREA/exportMaps.xml
MediaWikiExportCommand -c fileBegin > $EXPLOR_AREA/exportInclude.xml
source $EXPLOR_AREA/FixBin/AreaGenerWikiTemplateInclude.sh >> $EXPLOR_AREA/exportInclude.xml
MediaWikiExportCommand -c fileEnd >> $EXPLOR_AREA/exportInclude.xml
Installation de la nouvelle version
- Sur la machine LorExplor
source /applis/lorexplor/Dilib/init.sh
cd $WICRI_ROOT/Bois/explor/ChloroPlantRedox.storage
rm ChloroPlantRedoxV1.tar.gz
- Sur la machine de développement
cd $WICRI_ROOT/Bois/explor/ChloroPlantRedox.storage
rm ChloroPlantRedoxV1.tar.gz
tar -cvf ChloroPlantRedoxV1.tar ChloroPlantRedoxV1
gzip ChloroPlantRedoxV1.tar
scp ChloroPlantRedoxV1.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Bois/explor/ChloroPlantRedox.storage
Voir aussi
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