Discussion:Serveur d'exploration sur la grippe en France
De Wicri Santé
Révision datée du 9 août 2020 à 07:27 par imported>Jacques Ducloy
Sommaire
Génération
NlmPubMedExplorCorpus -q "(influenza) AND (france[MeSH Terms])" -s 2000 -d GrippeFranceV1
tar -cvf GrippeFranceV1.tar GrippeFranceV1
gzip GrippeFranceV1.tar
scp GrippeFranceV1.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Sante/explor/GrippeFrance.storage
- Sur la machine lorexplor
gunzip GrippeFranceV1.tar.gz
tar -xvf GrippeFranceV1.tar
gzip GrippeFranceV1.tar
Génération des cartes
EXPLOR_AREA=$WICRI_ROOT/Sante/explor/GrippeFrance.storage/GrippeFranceV1
export EXPLOR_AREA
export LC_ALL='C'
MediaWikiExportCommand -c fileBegin > $EXPLOR_AREA/exportMapsFrance.xml
HfdCat $EXPLOR_AREA/Data/Main/Exploration/AffRegion.i.hfd \
| SxmlCut idx/l \
| MediaWikiGeoStatMap -o w -g $DILIB/data/Wicri/France/localisationRegionFrance.dict \
-m France -f "France location map-Regions.svg" -s 650 \
-a GrippeFranceV1 -t "Carte France" \
-h https://lorexplor.istex.fr/Wicri/Sante/explor \
>> $EXPLOR_AREA/exportMapsFrance.xml
HfdCat $EXPLOR_AREA/Data/Main/Exploration/AffRegion.i.hfd \
| SxmlCut idx/l \
| MediaWikiGeoStatMap -o w -g $DILIB/data/Wicri/France/localisationRegionFrance2016.dict \
-m France -f "France location map-Regions-2016.svg" -s 650 \
-a GrippeFranceV1 -t "Carte France Regions 2016" \
-h https://lorexplor.istex.fr/Wicri/Sante/explor \
>> $EXPLOR_AREA/exportMapsFrance.xml
MediaWikiExportCommand -c fileEnd >> $EXPLOR_AREA/exportMapsFrance.xml
Génération de pages bibliographiques
EXPLOR_AREA=$WICRI_ROOT/Sante/explor/GrippeFrance.storage/GrippeFranceV1
HfdIndexSelect -h $EXPLOR_AREA/Data/Main/Exploration/RBID.i \
-Sk "pubmed:24947110" \
| HfdSelect -Kh $EXPLOR_AREA/Data/Main/Exploration/biblio.hfd \
| NlmPubMed2Wicri -a GrippeFranceV1
Faits épidémiologiques
Voir :
- [Viral epidemiology and clinical severity during the peak of the influenza A(H1N1) variant epidemic in febrile respiratory diseases of children.]
- Cette étude a été menée à Bordeaux à propos de la grippe H1N1 de 2009.
- Voir : Arch Pediatr (2014) Feret