Discussion:Serveur d'exploration sur la grippe en France

Covid et épidémies grippales / Serveurs / La grippe en France

Génération

NlmPubMedExplorCorpus -q "(influenza) AND (france[MeSH Terms])" -s 2000 -d GrippeFranceV1 -t "Serveur d'exploration sur la grippe en France"
tar -cvf GrippeFranceV1.tar GrippeFranceV1
gzip GrippeFranceV1.tar

scp GrippeFranceV1.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Sante/explor/GrippeFrance.storage

Sur la machine lorexplor

gunzip GrippeFranceV1.tar.gz
tar -xvf GrippeFranceV1.tar
gzip GrippeFranceV1.tar

Génération des cartes

EXPLOR_AREA=$WICRI_ROOT/Sante/explor/GrippeFrance.storage/GrippeFranceV1
export EXPLOR_AREA
export LC_ALL='C'

MediaWikiExportCommand -c fileBegin > $EXPLOR_AREA/exportMapsFrance.xml

HfdCat $EXPLOR_AREA/Data/Main/Exploration/AffRegion.i.hfd \
    | SxmlCut idx/l        \
    | MediaWikiGeoStatMap -o w -g $DILIB/data/Wicri/France/localisationRegionFrance.dict \
            -m France -f "France location map-Regions.svg" -s 650  \
            -a GrippeFranceV1 -t "Carte France"                        \
            -h https://lorexplor.istex.fr/Wicri/Sante/explor \
     >> $EXPLOR_AREA/exportMapsFrance.xml

HfdCat $EXPLOR_AREA/Data/Main/Exploration/AffRegion.i.hfd \
    | SxmlCut idx/l        \
    | MediaWikiGeoStatMap -o w -g $DILIB/data/Wicri/France/localisationRegionFrance2016.dict \
            -m France -f "France location map-Regions-2016.svg" -s 650  \
            -a GrippeFranceV1 -t "Carte France Regions 2016"                        \
            -h https://lorexplor.istex.fr/Wicri/Sante/explor \
     >> $EXPLOR_AREA/exportMapsFrance.xml

MediaWikiExportCommand -c fileEnd >> $EXPLOR_AREA/exportMapsFrance.xml

Génération de pages bibliographiques

EXPLOR_AREA=$WICRI_ROOT/Sante/explor/GrippeFrance.storage/GrippeFranceV1

HfdIndexSelect -h $EXPLOR_AREA/Data/Main/Exploration/RBID.i  \
                -Sk "pubmed:24947110" \
         | HfdSelect -Kh $EXPLOR_AREA/Data/Main/Exploration/biblio.hfd \
         | NlmPubMed2Wicri -a GrippeFranceV1

Faits épidémiologiques

Voir :

• [Viral epidemiology and clinical severity during the peak of the influenza A(H1N1) variant epidemic in febrile respiratory diseases of children.]
  • Cette étude a été menée à Bordeaux à propos de la grippe H1N1 de 2009.
  • Voir : Arch Pediatr (2014) Feret