Wicri:SanteChoraleV4
De Wicri Santé
Révision datée du 10 octobre 2020 à 10:34 par imported>Jacques Ducloy (→Chargement d'une nouvelle version des données)
Cette page introduit les aspects techniques de la version SanteChoraleV4 du « Serveur d'exploration sur le chant choral et la santé ».
Voir aussi :
- Wicri:SanteChoraleV4/Paramètres, corpus - création des corpus
- Wicri:SanteChoraleV4/Paramètres, data - génération des données
- Wicri:SanteChoraleV4/Paramètres, fr - paramètres de navigation.
- Wicri:SanteChoraleV4/Paramètres, size - génération des modèles liés aux valeurs numériques
- Wicri:SanteChoraleV4/Paramètres, maps - génération de cartes géographiques
- Wicri:SanteChoraleV4/Paramètres, include - génération du modèle d'affichage des résultats bruts
Initialisation
Ce serveur a probablement été initialisé par la commande NlmPubMedExplorCorpus
avec le script suivant :
cd $WICRI_ROOT/Sante/explor/SanteChorale.storage
NlmPubMedExplorCorpus -d SanteChoraleV4 \
-q "choir[Title/Abstract]" -s 2000 \
-t "Serveur d'exploration sur le chant choral et la santé"
Installation
Installation des données sur LorExplor, initialisation
Dans tous les cas, sur le site LorExplor, le serveur sera installé sur le répertoire :
$WICRI_ROOT/Sante/explor/SanteChorale.storage
Le protocole d'initialisation est donc le suivant :
source /applis/lorexplor/Dilib/init.sh
mkdir $WICRI_ROOT/Sante/explor/SanteChorale.storage
cd $WICRI_ROOT/Sante/explor/SanteChorale.storage
Génération à partir d'une machine locale
A l'issue de la commande NlmPubMedExplorCorpus
.
- Sur la machine locale
tar -cvf SanteChoraleV4.tar SanteChoraleV4
gzip SanteChoraleV4.tar
scp SanteChoraleV4.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Sante/explor/SanteChorale.storage
- Sur la machine LorExplor
cd $WICRI_ROOT/Sante/explor/SanteChorale.storage
gunzip SanteChoraleV4.tar.gz
tar -xvf SanteChoraleV4.tar
gzip SanteChoraleV4.tar
Définition des liens pour visibilité Web
- Sur la machine LorExplor
source /applis/lorexplor/Dilib/init.sh
cd $WICRI_ROOT/Sante/explor
ln -s SanteChorale.storage/SanteChoraleV4 .
cd /applis/lorexplor/www/html/Wicri/Sante/explor
ln -s $WICRI_ROOT/Sante/explor/SanteChoraleV4 .
Mise à jour
Définition EXPLOR_AREA
EXPLOR_AREA=$WICRI_ROOT/Sante/explor/SanteChorale.storage/SanteChoraleV4
export EXPLOR_AREA
export LC_ALL='C'
Chargement d'une nouvelle version des données
cd $EXPLOR_AREA
mkdir Import/Archive
mv Import/pubmed_result.xml Import/Archive/.
NlmPubMedGetCorpus -q "choir*[Title/Abstract]" -s 2000 -x > Import/pubmed_result.xml
Restauration complète
- Solution 1
cd $EXPLOR_AREA
ExplorAreaRestart -l 3
- En pas à pas
sh $EXPLOR_AREA/bin/AreaReset.sh
ExplorAreaDataCreate -d $EXPLOR_AREA
make -f $EXPLOR_AREA/bin/area.mk
sh $EXPLOR_AREA/bin/AreaCreateSite.fr.sh
cat $EXPLOR_AREA/Import/ListKeys.wiki \
| MediaWikiCleanTable \
| MediaWikiTable2SxmlRowCol \
| MediaWikiTableTransformCol -t 123 -T 4 \
> $EXPLOR_AREA/Input/ListKeys.xml
ExplorGenerTemplateSize -f $EXPLOR_AREA/Input/ListKeys.xml > $EXPLOR_AREA/exportSize.xml
MediaWikiExportCommand -c fileBegin > $EXPLOR_AREA/exportMaps.xml
source $EXPLOR_AREA/FixBin/AreaGenerWikiTemplateMaps.sh >> $EXPLOR_AREA/exportMaps.xml
MediaWikiExportCommand -c fileEnd >> $EXPLOR_AREA/exportMaps.xml
MediaWikiExportCommand -c fileBegin > $EXPLOR_AREA/exportInclude.xml
source $EXPLOR_AREA/FixBin/AreaGenerWikiTemplateInclude.sh >> $EXPLOR_AREA/exportInclude.xml
MediaWikiExportCommand -c fileEnd >> $EXPLOR_AREA/exportInclude.xml
Installation de la nouvelle version
- Sur la machine LorExplor
source /applis/lorexplor/Dilib/init.sh
cd $WICRI_ROOT/Sante/explor/SanteChorale.storage
rm SanteChoraleV4.tar.gz
- Sur la machine de développement
cd $WICRI_ROOT/Sante/explor/SanteChorale.storage
rm SanteChoraleV4.tar.gz
tar -cvf SanteChoraleV4.tar SanteChoraleV4
gzip SanteChoraleV4.tar
scp SanteChoraleV4.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Sante/explor/SanteChorale.storage
Voir aussi
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