Wicri:CovidV2 : Différence entre versions
De Wicri Santé
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(→Transfert vers la machine LorExplor) |
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− | scp Site.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Sante/explor/Covid.storage/CovidV2.new | + | scp $ISTEX_PAR Site.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Sante/explor/Covid.storage/CovidV2.new |
− | scp Data.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Sante/explor/Covid.storage/CovidV2.new | + | scp $ISTEX_PAR Data.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Sante/explor/Covid.storage/CovidV2.new |
− | scp ImportMetadata.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Sante/explor/Covid.storage/CovidV2.new | + | scp $ISTEX_PAR ImportMetadata.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Sante/explor/Covid.storage/CovidV2.new |
</source> | </source> | ||
Version actuelle datée du 31 janvier 2021 à 16:38
Cette page introduit les aspects techniques de la version CovidV2 du « Serveur d'exploration Covid (26 mars) ».
Voir aussi :
- Wicri:CovidV2/Paramètres, data - génération des données
- Wicri:CovidV2/Paramètres, fr - génération de l'interface
- Wicri:CovidV2/Paramètres, génération des cartes - génération de cartes géographiques
- Wicri:CovidV2/Paramètres, templates size - paramétrage des modèles liés aux valeurs numériques
- Wicri:CovidV2/Paramètres, template include - génération du modèle d'affichage des résultats bruts
Sommaire
Mise en œuvre
Sur la machine de développement
Initialisations
- Génération des pages wikis
IstexGenerAreaPages \
-a CovidV2 \
-m \
-g Covid \
-x 1 \
-p Sante \
-w wicri-sante.fr \
-W Sante \
-s PubMed \
-s Pmc \
-s Ncbi \
-s Hal \
-s PascalFrancis \
-z France \
-z an2020 \
-z new \
-q '"corona virus" OR covid' \
-t "Serveur d'exploration Covid (26 mars)"
- Définition $EXPLOR_AREA
EXPLOR_AREA=$WICRI_ROOT/Sante/explor/Covid.storage/CovidV2
export EXPLOR_AREA
export LC_ALL='C'
- Création des répertoires
mkdir $WICRI_ROOT/Sante/explor/Covid.storage
mkdir $EXPLOR_AREA
mkdir $EXPLOR_AREA/Import
Sur la machine LorExplor
newgrp wicri
source /applis/lorexplor/Dilib/init.sh
- Définition $EXPLOR_AREA
EXPLOR_AREA=$WICRI_ROOT/Sante/explor/Covid.storage/CovidV2
export EXPLOR_AREA
export LC_ALL='C'
- Création des répertoires
mkdir $WICRI_ROOT/Sante/explor/Covid.storage/CovidV2.20200326
cd $WICRI_ROOT/Sante/explor/Covid.storage/
ln -s CovidV2.20200326/ CovidV2.new
ln -s CovidV2.20200326/ CovidV2
Retour machine de développement
Liens vers la version initiale pour ISTEX, Pascal et HAL
cd $EXPLOR_AREA/Import
ln -s ../../CovidV1/Import/IstexMetadata.hcs .
ln -s ../../CovidV1/Import/IstexMetadata.hfd .
ln -s ../../CovidV1/Import/IstexRepository.hcs .
ln -s ../../CovidV1/Import/IstexRepository.hfd .
ln -s ../../CovidV1/Import/api.archives-ouvertes.fr.xml .
ln -s ../../CovidV1/Import/inistStandard.txt .
ln -s ../../CovidV1/Import/inistServer.txt .
Téléchargement des autres corpus
- PubMed
Site : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed
Requête :
covid OR "corona virus"
Ranger le résultat dans $EXPLOR_AREA/Import/pubmed_result.xml
- PubMed Central
Site : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc
Requête :
covid OR "corona virus"
Génération des FTP
cd $EXPLOR_AREA
rm Site.tar.gz
tar -cvf Site.tar Site
gzip Site.tar
rm Data.tar.gz
tar -cvf Data.tar Data
gzip Data.tar
rm ImportMetadata.tar.gz
tar -cvf ImportMetadata.tar Import/istexMetadata.hcs Import/istexMetadata.hfd
gzip ImportMetadata.tar
Transfert vers la machine LorExplor
scp $ISTEX_PAR Site.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Sante/explor/Covid.storage/CovidV2.new
scp $ISTEX_PAR Data.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Sante/explor/Covid.storage/CovidV2.new
scp $ISTEX_PAR ImportMetadata.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Sante/explor/Covid.storage/CovidV2.new
Finalisation sur le machine LorExplor
- Installation
cd $EXPLOR_AREA
gunzip Site.tar.gz
tar -xvf Site.tar
gzip Site.tar
gunzip Data.tar.gz
tar -xvf Data.tar
gzip Data.tar
gunzip ImportMetadata.tar.gz
tar -xvf ImportMetadata.tar
gzip ImportMetadata.tar
cd Data/Istex/Corpus
rm biblio.hcs
rm biblio.hfd
ln -s ../../../Import/istexMetadata.hcs biblio.hcs
ln -s ../../../Import/istexMetadata.hfd biblio.hfd