Wicri:CovidV2

Cette page introduit les aspects techniques de la version CovidV2 du « Serveur d'exploration Covid (26 mars) ».

Voir aussi :

• Wicri:CovidV2/Paramètres, data - génération des données
• Wicri:CovidV2/Paramètres, fr - génération de l'interface
• Wicri:CovidV2/Paramètres, génération des cartes - génération de cartes géographiques
• Wicri:CovidV2/Paramètres, templates size - paramétrage des modèles liés aux valeurs numériques
• Wicri:CovidV2/Paramètres, template include - génération du modèle d'affichage des résultats bruts

Mise en œuvre

Sur la machine de développement

Initialisations

Génération des pages wikis

 IstexGenerAreaPages \
       -a CovidV2   \
       -m   \
       -g Covid   \
         -x  1 \
       -p Sante   \
       -w wicri-sante.fr  \
       -W Sante   \
       -s PubMed   \
       -s Pmc   \
       -s Ncbi   \
       -s Hal   \
       -s PascalFrancis   \
       -z France   \
       -z an2020    \
       -z  new  \
       -q '"corona virus" OR covid'   \
       -t "Serveur d'exploration Covid (26 mars)"

Définition $EXPLOR_AREA

EXPLOR_AREA=$WICRI_ROOT/Sante/explor/Covid.storage/CovidV2
export EXPLOR_AREA
export LC_ALL='C'

Création des répertoires

mkdir $WICRI_ROOT/Sante/explor/Covid.storage
mkdir $EXPLOR_AREA
mkdir $EXPLOR_AREA/Import

Sur la machine LorExplor

newgrp wicri
source /applis/lorexplor/Dilib/init.sh

Définition $EXPLOR_AREA

EXPLOR_AREA=$WICRI_ROOT/Sante/explor/Covid.storage/CovidV2
export EXPLOR_AREA
export LC_ALL='C'

Création des répertoires

mkdir $WICRI_ROOT/Sante/explor/Covid.storage/CovidV2.20200326
cd $WICRI_ROOT/Sante/explor/Covid.storage/
ln -s CovidV2.20200326/ CovidV2.new
ln -s CovidV2.20200326/ CovidV2

Retour machine de développement

Liens vers la version initiale pour ISTEX, Pascal et HAL

cd $EXPLOR_AREA/Import
ln -s ../../CovidV1/Import/IstexMetadata.hcs .
ln -s ../../CovidV1/Import/IstexMetadata.hfd .
ln -s ../../CovidV1/Import/IstexRepository.hcs .
ln -s ../../CovidV1/Import/IstexRepository.hfd .
ln -s ../../CovidV1/Import/api.archives-ouvertes.fr.xml .
ln -s ../../CovidV1/Import/inistStandard.txt .
ln -s ../../CovidV1/Import/inistServer.txt .

Téléchargement des autres corpus

PubMed

Site : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed

Requête :

covid OR "corona virus" 

Ranger le résultat dans $EXPLOR_AREA/Import/pubmed_result.xml

PubMed Central

Site : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc

Requête :

covid OR "corona virus"

Génération des FTP

cd $EXPLOR_AREA
rm Site.tar.gz 
tar -cvf Site.tar Site 
gzip Site.tar 
rm Data.tar.gz 
tar -cvf Data.tar Data 
gzip Data.tar 

rm ImportMetadata.tar.gz
tar -cvf ImportMetadata.tar Import/istexMetadata.hcs Import/istexMetadata.hfd
gzip ImportMetadata.tar

Transfert vers la machine LorExplor

scp $ISTEX_PAR Site.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Sante/explor/Covid.storage/CovidV2.new
scp $ISTEX_PAR Data.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Sante/explor/Covid.storage/CovidV2.new
scp $ISTEX_PAR ImportMetadata.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Sante/explor/Covid.storage/CovidV2.new

Finalisation sur le machine LorExplor

Installation

cd $EXPLOR_AREA
gunzip Site.tar.gz 
tar -xvf Site.tar 
gzip Site.tar 

gunzip Data.tar.gz 
tar -xvf Data.tar 
gzip Data.tar

gunzip ImportMetadata.tar.gz 
tar -xvf ImportMetadata.tar 
gzip ImportMetadata.tar 

cd Data/Istex/Corpus 
rm biblio.hcs 
rm biblio.hfd 
ln -s ../../../Import/istexMetadata.hcs biblio.hcs 
ln -s ../../../Import/istexMetadata.hfd biblio.hfd