Discussion:Serveur d'exploration sur la grippe en France : Différence entre versions

De Wicri Santé
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==Génération==
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NlmPubMedExplorCorpus -q "(influenza) AND (france[MeSH Terms])" -s 2000 -d GrippeFranceV1 -t "Serveur d'exploration sur la grippe en France"
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tar -cvf GrippeFranceV1.tar GrippeFranceV1
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gzip GrippeFranceV1.tar
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scp GrippeFranceV1.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Sante/explor/GrippeFrance.storage
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</source>
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;Sur la machine lorexplor:
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<source lang="sh">
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gunzip GrippeFranceV1.tar.gz
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tar -xvf GrippeFranceV1.tar
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gzip GrippeFranceV1.tar
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</source>
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===Génération des cartes===
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<source lang="sh">
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EXPLOR_AREA=$WICRI_ROOT/Sante/explor/GrippeFrance.storage/GrippeFranceV1
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export EXPLOR_AREA
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export LC_ALL='C'
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</source>
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<source lang="sh" ">
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MediaWikiExportCommand -c fileBegin > $EXPLOR_AREA/exportMapsFrance.xml
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HfdCat $EXPLOR_AREA/Data/Main/Exploration/AffRegion.i.hfd \
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    | SxmlCut idx/l        \
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    | MediaWikiGeoStatMap -o w -g $DILIB/data/Wicri/France/localisationRegionFrance.dict \
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            -m France -f "France location map-Regions.svg" -s 650  \
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            -a GrippeFranceV1 -t "Carte France"                        \
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            -h https://lorexplor.istex.fr/Wicri/Sante/explor \
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    >> $EXPLOR_AREA/exportMapsFrance.xml
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HfdCat $EXPLOR_AREA/Data/Main/Exploration/AffRegion.i.hfd \
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    | SxmlCut idx/l        \
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    | MediaWikiGeoStatMap -o w -g $DILIB/data/Wicri/France/localisationRegionFrance2016.dict \
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            -m France -f "France location map-Regions-2016.svg" -s 650  \
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            -a GrippeFranceV1 -t "Carte France Regions 2016"                        \
 +
            -h https://lorexplor.istex.fr/Wicri/Sante/explor \
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    >> $EXPLOR_AREA/exportMapsFrance.xml
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MediaWikiExportCommand -c fileEnd >> $EXPLOR_AREA/exportMapsFrance.xml
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</source>
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==Génération de pages bibliographiques==
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<source lang="sh">
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HfdIndexSelect -h $EXPLOR_AREA/Data/Main/Exploration/RBID.i  \
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                -Sk "pubmed:24947110" \
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        | HfdSelect -Kh $EXPLOR_AREA/Data/Main/Exploration/biblio.hfd \
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        | NlmPubMed2Wicri -a GrippeFranceV1
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</source>
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==Faits épidémiologiques==
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Voir :
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* {{Explor lien
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  |wiki=    Wicri/Sante
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  |area=    GrippeFranceV1
 +
  |flux=    Main
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  |étape=  Exploration
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  |type=    RBID
 +
  |clé=    pubmed:24947110
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  |texte=  [Viral epidemiology and clinical severity during the peak of the influenza A(H1N1) variant epidemic in febrile respiratory diseases of children].
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}}
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** Cette étude a été menée à Bordeaux à propos de la grippe H1N1 de 2009.
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** Voir : [[Arch Pediatr (2014) Feret]]

Version actuelle datée du 9 août 2020 à 07:29

Génération

NlmPubMedExplorCorpus -q "(influenza) AND (france[MeSH Terms])" -s 2000 -d GrippeFranceV1 -t "Serveur d'exploration sur la grippe en France"
tar -cvf GrippeFranceV1.tar GrippeFranceV1
gzip GrippeFranceV1.tar

scp GrippeFranceV1.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Sante/explor/GrippeFrance.storage
Sur la machine lorexplor
gunzip GrippeFranceV1.tar.gz
tar -xvf GrippeFranceV1.tar
gzip GrippeFranceV1.tar

Génération des cartes

EXPLOR_AREA=$WICRI_ROOT/Sante/explor/GrippeFrance.storage/GrippeFranceV1
export EXPLOR_AREA
export LC_ALL='C'

MediaWikiExportCommand -c fileBegin > $EXPLOR_AREA/exportMapsFrance.xml

HfdCat $EXPLOR_AREA/Data/Main/Exploration/AffRegion.i.hfd \
    | SxmlCut idx/l        \
    | MediaWikiGeoStatMap -o w -g $DILIB/data/Wicri/France/localisationRegionFrance.dict \
            -m France -f "France location map-Regions.svg" -s 650  \
            -a GrippeFranceV1 -t "Carte France"                        \
            -h https://lorexplor.istex.fr/Wicri/Sante/explor \
     >> $EXPLOR_AREA/exportMapsFrance.xml

HfdCat $EXPLOR_AREA/Data/Main/Exploration/AffRegion.i.hfd \
    | SxmlCut idx/l        \
    | MediaWikiGeoStatMap -o w -g $DILIB/data/Wicri/France/localisationRegionFrance2016.dict \
            -m France -f "France location map-Regions-2016.svg" -s 650  \
            -a GrippeFranceV1 -t "Carte France Regions 2016"                        \
            -h https://lorexplor.istex.fr/Wicri/Sante/explor \
     >> $EXPLOR_AREA/exportMapsFrance.xml

MediaWikiExportCommand -c fileEnd >> $EXPLOR_AREA/exportMapsFrance.xml

Génération de pages bibliographiques

EXPLOR_AREA=$WICRI_ROOT/Sante/explor/GrippeFrance.storage/GrippeFranceV1

HfdIndexSelect -h $EXPLOR_AREA/Data/Main/Exploration/RBID.i  \
                -Sk "pubmed:24947110" \
         | HfdSelect -Kh $EXPLOR_AREA/Data/Main/Exploration/biblio.hfd \
         | NlmPubMed2Wicri -a GrippeFranceV1


Faits épidémiologiques

Voir :

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