Wicri:MucoImmuCovidV1
De Wicri Santé
Cette page introduit les aspects techniques de la version MucoImmuCovidV1 du « Serveur d'exploration sur l'immunologie des muqueuses et le covid ».
Voir aussi :
- Wicri:MucoImmuCovidV1/Paramètres, corpus - création des corpus
- Wicri:MucoImmuCovidV1/Paramètres, data - génération des données
- Wicri:MucoImmuCovidV1/Paramètres, fr - paramètres de navigation.
- Wicri:MucoImmuCovidV1/Paramètres, size - génération des modèles liés aux valeurs numériques
- Wicri:MucoImmuCovidV1/Paramètres, maps - génération de cartes géographiques
- Wicri:MucoImmuCovidV1/Paramètres, include - génération du modèle d'affichage des résultats bruts
Initialisation
Ce serveur a probablement été initialisé par la commande NlmPubMedExplorCorpus avec le script suivant :
cd $WICRI_ROOT/Sante/explor/MucoImmuCovid.storage
NlmPubMedExplorCorpus -d MucoImmuCovidV1 \
-q "mucosal AND immunity AND covid" -s 2000 \
-l %wicriLink -p wicriPath \
-t "Serveur d'exploration sur l'immunologie des muqueuses et le covid"Installation
Installation des données sur LorExplor, initialisation
Dans tous les cas, sur le site LorExplor, le serveur sera installé sur le répertoire :
$WICRI_ROOT/Sante/explor/MucoImmuCovid.storage
Le protocole d'initialisation est donc le suivant :
source /applis/Dilib/init.sh
mkdir $WICRI_ROOT/Sante/explor/MucoImmuCovid.storage
cd $WICRI_ROOT/Sante/explor/MucoImmuCovid.storage
Génération à partir d'une machine locale
A l'issue de la commande NlmPubMedExplorCorpus.
- Sur la machine locale
tar -cvf MucoImmuCovidV1.tar MucoImmuCovidV1
gzip MucoImmuCovidV1.tar
scp $ISTEX_PAR MucoImmuCovidV1.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Sante/explor/MucoImmuCovid.storage
- Sur la machine Démo.Istex
cd $WICRI_ROOT/Sante/explor/MucoImmuCovid.storage
gunzip MucoImmuCovidV1.tar.gz
tar -xvf MucoImmuCovidV1.tar
gzip MucoImmuCovidV1.tar
Définition des liens pour visibilité Web
- Sur la machine LorExplor
source /applis/Dilib/init.sh
cd $WICRI_ROOT/Sante/explor
ln -s MucoImmuCovid.storage/MucoImmuCovidV1 .
cd /var/www/html/Wicri/Sante/explor
ln -s $WICRI_ROOT/Sante/explor/MucoImmuCovidV1 .
Mise à jour
Définition EXPLOR_AREA
EXPLOR_AREA=$WICRI_ROOT/Sante/explor/MucoImmuCovid.storage/MucoImmuCovidV1
export EXPLOR_AREA
export LC_ALL='C'
Chargement d'une nouvelle version des données
cd $EXPLOR_AREA
mkdir Import/Archive
mv Import/pubmed_result.xml Import/Archive/.
NlmPubMedGetCorpus -q "mucosal AND immunity AND covid" -s 1000 -x > Import/pubmed_result.xml
Restauration complète
- Solution 1
cd $EXPLOR_AREA
ExplorAreaRestart -l 3
- En pas à pas
sh $EXPLOR_AREA/bin/AreaReset.sh
ExplorAreaDataCreate -d $EXPLOR_AREA
make -f $EXPLOR_AREA/bin/area.mk
sh $EXPLOR_AREA/bin/AreaCreateSite.fr.sh
cat $EXPLOR_AREA/Import/ListKeys.wiki \
| MediaWikiCleanTable \
| MediaWikiTable2SxmlRowCol \
| MediaWikiTableTransformCol -t 123 -T 4 \
> $EXPLOR_AREA/Input/ListKeys.xml
ExplorGenerTemplateSize -f $EXPLOR_AREA/Input/ListKeys.xml > $EXPLOR_AREA/exportSize.xml
MediaWikiExportCommand -c fileBegin > $EXPLOR_AREA/exportMaps.xml
source $EXPLOR_AREA/FixBin/AreaGenerWikiTemplateMaps.sh >> $EXPLOR_AREA/exportMaps.xml
MediaWikiExportCommand -c fileEnd >> $EXPLOR_AREA/exportMaps.xml
MediaWikiExportCommand -c fileBegin > $EXPLOR_AREA/exportInclude.xml
source $EXPLOR_AREA/FixBin/AreaGenerWikiTemplateInclude.sh >> $EXPLOR_AREA/exportInclude.xml
MediaWikiExportCommand -c fileEnd >> $EXPLOR_AREA/exportInclude.xml
Installation de la nouvelle version
- Sur la machine LorExplor
source /applis/lorexplor/Dilib/init.sh
cd $WICRI_ROOT/Sante/explor/MucoImmuCovid.storage
rm MucoImmuCovidV1.tar.gz
- Sur la machine de développement
cd $WICRI_ROOT/Sante/explor/MucoImmuCovid.storage
rm MucoImmuCovidV1.tar.gz
tar -cvf MucoImmuCovidV1.tar MucoImmuCovidV1
gzip MucoImmuCovidV1.tar
scp $ISTEX_PAR MucoImmuCovidV1.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Sante/explor/MucoImmuCovid.storage
Voir aussi
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