Wicri:MaghrebDataLibMedV1

Cette page introduit les aspects techniques de la version MaghrebDataLibMedV1 du « Serveur sur les données et bibliothèques médicales au Maghreb ».

Voir aussi :

• Wicri:MaghrebDataLibMedV1/Paramètres, corpus - création des corpus
• Wicri:MaghrebDataLibMedV1/Paramètres, data - génération des données
• Wicri:MaghrebDataLibMedV1/Paramètres, fr - paramètres de navigation.
• Wicri:MaghrebDataLibMedV1/Paramètres, size - génération des modèles liés aux valeurs numériques
• Wicri:MaghrebDataLibMedV1/Paramètres, maps - génération de cartes géographiques
• Wicri:MaghrebDataLibMedV1/Paramètres, include - génération du modèle d'affichage des résultats bruts

Initialisation

Ce serveur a été initialisé par la commande NlmPubMedExplorCorpus avec le script suivant :

cd $WICRI_ROOT/Sante/explor/MaghrebDataLibMed.storage

NlmPubMedExplorCorpus  -d MaghrebDataLibMedV1  \
          -q "(algerie OR algiers OR algeria OR tunis OR Tunisia OR Maroc OR Morocco) AND (database OR library)" -s 2000    \
          -l %wicriLink -p wicriPath \
          -t "Serveur sur les données et bibliothèques médicales au Maghreb"

Installation

Installation des données sur LorExplor, initialisation

Dans tous les cas, sur le site LorExplor, le serveur sera installé sur le répertoire :

$WICRI_ROOT/Sante/explor/MaghrebDataLibMed.storage

Le protocole d'initialisation est donc le suivant :

source /applis/Dilib/init.sh

mkdir $WICRI_ROOT/Sante/explor/MaghrebDataLibMed.storage

cd $WICRI_ROOT/Sante/explor/MaghrebDataLibMed.storage

Génération à partir d'une machine locale

A l'issue de la commande NlmPubMedExplorCorpus.

Sur la machine locale

 tar -cvf MaghrebDataLibMedV1.tar MaghrebDataLibMedV1
 gzip MaghrebDataLibMedV1.tar

 scp $ISTEX_PAR MaghrebDataLibMedV1.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Sante/explor/MaghrebDataLibMed.storage

Sur la machine Démo.Istex

cd $WICRI_ROOT/Sante/explor/MaghrebDataLibMed.storage

gunzip MaghrebDataLibMedV1.tar.gz
tar -xvf MaghrebDataLibMedV1.tar
gzip MaghrebDataLibMedV1.tar

Définition des liens pour visibilité Web

Sur la machine LorExplor

source /applis/Dilib/init.sh
cd $WICRI_ROOT/Sante/explor
ln -s MaghrebDataLibMed.storage/MaghrebDataLibMedV1 .
cd /var/www/html/Wicri/Sante/explor
ln -s $WICRI_ROOT/Sante/explor/MaghrebDataLibMedV1 .

Mise à jour

Définition EXPLOR_AREA

EXPLOR_AREA=$WICRI_ROOT/Sante/explor/MaghrebDataLibMed.storage/MaghrebDataLibMedV1
export EXPLOR_AREA
export LC_ALL='C'

Chargement d'une nouvelle version des données

cd $EXPLOR_AREA
mkdir Import/Archive
mv Import/pubmed_result.xml Import/Archive/.
NlmPubMedGetCorpus -q "(algerie OR algiers OR algeria OR tunis OR Tunisia OR Maroc OR Morocco) AND (database OR library)" -s 1500 -x  > Import/pubmed_result.xml

Restauration complète

Solution 1

cd $EXPLOR_AREA
ExplorAreaRestart -l 3

En pas à pas

sh $EXPLOR_AREA/bin/AreaReset.sh
ExplorAreaDataCreate -d $EXPLOR_AREA
make -f $EXPLOR_AREA/bin/area.mk
sh $EXPLOR_AREA/bin/AreaCreateSite.fr.sh
cat $EXPLOR_AREA/Import/ListKeys.wiki       \
  |  MediaWikiCleanTable                     \
  | MediaWikiTable2SxmlRowCol                \
  | MediaWikiTableTransformCol -t 123 -T 4   \
  > $EXPLOR_AREA/Input/ListKeys.xml
ExplorGenerTemplateSize -f $EXPLOR_AREA/Input/ListKeys.xml > $EXPLOR_AREA/exportSize.xml
MediaWikiExportCommand -c fileBegin > $EXPLOR_AREA/exportMaps.xml
source $EXPLOR_AREA/FixBin/AreaGenerWikiTemplateMaps.sh >> $EXPLOR_AREA/exportMaps.xml
MediaWikiExportCommand -c fileEnd >> $EXPLOR_AREA/exportMaps.xml
MediaWikiExportCommand -c fileBegin > $EXPLOR_AREA/exportInclude.xml
source $EXPLOR_AREA/FixBin/AreaGenerWikiTemplateInclude.sh >> $EXPLOR_AREA/exportInclude.xml
MediaWikiExportCommand -c fileEnd >> $EXPLOR_AREA/exportInclude.xml

Installation de la nouvelle version

Sur la machine LorExplor

source /applis/lorexplor/Dilib/init.sh
cd $WICRI_ROOT/Sante/explor/MaghrebDataLibMed.storage
rm MaghrebDataLibMedV1.tar.gz

Sur la machine de développement

cd $WICRI_ROOT/Sante/explor/MaghrebDataLibMed.storage
rm MaghrebDataLibMedV1.tar.gz
tar -cvf MaghrebDataLibMedV1.tar MaghrebDataLibMedV1
gzip MaghrebDataLibMedV1.tar
scp  $ISTEX_PAR MaghrebDataLibMedV1.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Sante/explor/MaghrebDataLibMed.storage

Voir aussi

Cette page est générée à partir de

• wicri-outils.fr:Dilib, module Nlm, Commande NlmPubMedExplorCorpus