Espace Covid et épidémies grippales
Cette page introduit un ensemble de démonstrations numériques autour des maladies à coronavirus, avec des compléments sur les épidémies grippales.
Sommaire
Un atelier flexible pour la fouille de corpus scientifiques
Des plateformes multi-sources
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| Exemple de résultat, productions scientifiques françaises autour du virus H2N2 |
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Le principal outil d'analyse de corpus est constitué par des serveurs d'explorations. Plus précisément, sur un sujet donné une plateforme de curation et d'exploration permet d'explorer et d'améliorer un corpus. Elles utilisent 4 sources d'information : ISTEX, Pascal, PubMed et HAL.
Deux plateformes ont dédiées à l'actualité autour du Covid-19 au début de la crise.
- Serveur d'exploration Covid - version du 17 mars ; 2700 documents :
- Serveur d'exploration Covid (26 mars) ; 3702 documents.
Puis nous avons traité des sujets dans les différents axes d'investigation des pandémies grippales.
Par exemple une plateforme permet de remonter sur les travaux autour de la chloroquine (et de l'hydroxychloroquine).
- Serveur d'exploration Chloroquine ; 6600 documents
Du côté des thérapies potentielles, un autre serveur traire du tocilizumab :
- Serveur d'exploration Tocilizumab ; 7459 documents
Une plateforme traite du virus H2N2 (en relation notamment avec l'épidémie de 1957 1958.
- Serveur d'exploration H2N2 ; 5107 documents
Deux plateformes traitent d'épidémies en relation avec le Covid-19 :
- Serveur d'exploration MERS ; 10519 documents
- Serveur d'exploration SRAS : 12 827 documents
- et de façon plus systématique sur les pandémies :
- Serveur d'exploration sur les pandémies grippales : 12849 documents
Enfin nous venons d'ouvrir une plateforme en relation avec la psychologie :
- Serveur d'exploration Stress et Covid : 6 300 documents.
Des serveurs rapides sur PubMed
A l'occasion d'un stage impliquant 2 étudiants d'une licence de l'Université de Lorraine, nous avons mis au point un protocole dit « rapide » qui permet de mettre en ligne un serveur d'exploration en quelques minutes. La procédure décrite au paragraphe précédent demande quelques heures pour installer un serveur qui demande en plus un travail de curation conséquent.
Pour ces actions rapides nous travaillons sur la base PubMed et mettant en valeur son indexation de haut niveau : les descripteurs qualifiés du MeSH.
Le résultat est un peu moins complet mais immédiatement exploitable.
Pour mettre au point ce protocoles, nous avons lancé une série d'expériences autour de la recherche de faits épidémiques dans différents pays. Par exemple :
- Serveur d'exploration sur la grippe en Allemagne
- Serveur d'exploration sur la grippe en Belgique
- Serveur d'exploration sur la grippe au Canada
- Serveur d'exploration sur la grippe en France
Concernant la COVID, il existe un serveur focalisé sur l'activité de la recherche en France :
Pour explorer ces serveurs
Ces plateformes peuvent être explorées de différentes façons :
- sur le wiki, (exemple la carte de droite)
- sur internet, les experts peuvent explorer les corpus du serveur[1]
- sous unix, avec par exemple des outils de filtrage.
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Des rééditions numériques d'ouvrages de référence
Cet atelier flexible repose sur une bibliothèque numérique (Wicri/Santé) sur laquelle on peut également rééditer des documents en numérique (avec des annotations sémantiques).
Plusieurs ouvrages sont en cours de réédition.
- Sur les épidémies grippales
- un ouvrage rédigé en 1909 par Gustave André : La grippe ou influenza ;
- Il traite notamment de l'épidémie de l'épidémie de 1889-1890
- Une version est accessible sur Gallica. Elle est rééditée avec un texte corrigé, et surtout annoté.
- Une étude, réalisée en 2006, par le service Veille de l'INIST (et plus précisément par Thérèse Delvallée) :
- Avec un point de vue plus épistémologique
- Introduction à l’étude de la médecine expérimentale (Claude Bernard - 1865)
=> Pour en savoir plus =>
Un ensemble encyclopédique et sémantique
Toutes ces applications traitent de sujets complémentaires. Elles reposent sur une infrastructure encyclopédique structurée par des relations sémantiques.
=> Pour en savoir plus =>
Voir aussi
- Notes
- ↑ En fait un serveur est un ensemble de systèmes d'exploration utilisant des listes inverses et des mécanismes de classification.
