Wicri:GrippeBelgiqueV5
De Wicri Santé
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Cette page introduit les aspects techniques de la version GrippeBelgiqueV5 du « Serveur d'exploration GrippeBelgiqueV5 ».
Voir aussi :
- Wicri:GrippeBelgiqueV5/Paramètres, data - génération des données
- Wicri:GrippeBelgiqueV5/Paramètres, fr - paramètres de navigation.
- Wicri:GrippeBelgiqueV5/Paramètres, size - génération des modèles liés aux valeurs numériques
- Wicri:GrippeBelgiqueV5/Paramètres, maps - génération de cartes géographiques
- Wicri:GrippeBelgiqueV5/Paramètres, include - génération du modèle d'affichage des résultats bruts
Initialisation
Ce serveur a probablement été initialisé par les commandes :
cd $WICRI_ROOT/Sante/explor/GrippeBelgique.storage
NlmPubMedExplorCorpus -d GrippeBelgiqueV5 \
-q "(influenza) AND (belgium[MeSH Terms])]" -s 2000 \
-t "Serveur d'exploration GrippeBelgiqueV5"Installation
Installation des données
Dans tous les cas, sur le site LorExplor, le serveur sera installé sur le répertoire :
$WICRI_ROOT/Sante/explor/GrippeBelgique.storageSur le site LorExplor il n'y a rien à faire à l'issue de la commande NlmPubMedExplorCorpus
Génération à partir d'une machine locale
- Sur la machine locale
tar -cvf GrippeBelgiqueV5.tar GrippeBelgiqueV5
gzip GrippeBelgiqueV5.tar
scp GrippeBelgiqueV5.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Sante/explor/GrippeBelgique.storage
- Sur la machine LorExplor
cd $WICRI_ROOT/Sante/explor/GrippeBelgique.storage
gunzip GrippeBelgiqueV5.tar.gz
tar -xvf GrippeBelgiqueV5.tar
gzip GrippeBelgiqueV5.tar
Définition des liens pour visibilité Web
- Sur la machine LorExplor
source /applis/lorexplor/Dilib/init.sh
cd $WICRI_ROOT/Sante/explor
ln -s GrippeBelgique.storage/GrippeBelgiqueV5 .
cd /applis/lorexplor/www/html/Wicri/Sante/explor
ln -s $WICRI_ROOT/Sante/explor/GrippeBelgiqueV5 .
Installation des pages wikis
Importer les pages suivantes à partir du répertoire .../Wicri/Sante/explor/GrippeBelgique.storage :
- wikiParam.xml, exportSize.xml, exportInclude.xml, exportMaps.xml
Créer la page Serveur d'exploration GrippeBelgiqueV5 à partir de :
- mainPage.wiki
Mise à jour
Définition EXPLOR_AREA
EXPLOR_AREA=$WICRI_ROOT/Sante/explor/GrippeBelgique.storage/GrippeBelgiqueV5
export EXPLOR_AREA
export LC_ALL='C'
Chargement d'une nouvelle version des données
cd $EXPLOR_AREA
mkdir Import/Archive
mv Import/pubmed_result.xml Import/Archive/.
NlmPubMedGetCorpus -q "(influenza) AND (belgium[MeSH Terms])]" -s 2000 -x > Import/pubmed_result.xml
Restauration complète
sh $EXPLOR_AREA/bin/AreaReset.sh
ExplorAreaDataCreate -d $EXPLOR_AREA
make -f $EXPLOR_AREA/bin/area.mk
sh $EXPLOR_AREA/bin/AreaCreateSite.fr.sh
cat $EXPLOR_AREA/Import/ListKeys.wiki \
| MediaWikiCleanTable \
| MediaWikiTable2SxmlRowCol \
| MediaWikiTableTransformCol -t 123 -T 4 \
> $EXPLOR_AREA/Input/ListKeys.xml
ExplorGenerTemplateSize -f $EXPLOR_AREA/Input/ListKeys.xml > $EXPLOR_AREA/exportSize.xml
MediaWikiExportCommand -c fileBegin > $EXPLOR_AREA/exportMaps.xml
source $EXPLOR_AREA/FixBin/AreaGenerWikiTemplateMaps.sh >> $EXPLOR_AREA/exportMaps.xml
MediaWikiExportCommand -c fileEnd >> $EXPLOR_AREA/exportMaps.xml
MediaWikiExportCommand -c fileBegin > $EXPLOR_AREA/exportInclude.xml
source $EXPLOR_AREA/FixBin/AreaGenerWikiTemplateInclude.sh >> $EXPLOR_AREA/exportInclude.xml
MediaWikiExportCommand -c fileEnd >> $EXPLOR_AREA/exportInclude.xml
Installation de la nouvelle version
- Sur la machine LorExplor
source /applis/lorexplor/Dilib/init.sh
cd $WICRI_ROOT/Sante/explor/GrippeBelgique.storage
rm GrippeBelgiqueV5.tar.gz
- Sur la machine de développement
cd $WICRI_ROOT/Sante/explor/GrippeBelgique.storage
rm GrippeBelgiqueV5.tar.gz
tar -cvf GrippeBelgiqueV5.tar GrippeBelgiqueV5
gzip GrippeBelgiqueV5.tar
scp GrippeBelgiqueV5.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Sante/explor/GrippeBelgique.storage
Voir aussi
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