Wicri:MovDisordV2
Cette page introduit les aspects techniques de la version MovDisordV2 du Serveur d'exploration « Movement Disorders (revue - test multibase) ».
Voir aussi :
- Wicri:MovDisordV2/Paramètres, data - génération des données
- Wicri:MovDisordV2/Paramètres, fr - génération de l'interface
- Wicri:MovDisordV2/Paramètres, génération des cartes - génération de cartes géographiques
Sommaire
Mise en œuvre
Sur la machine de développement
Initialisations
- Génération des pages wikis
source IstexGetCorpusSize -q 'host.issn:"0885-3185" AND title:gait'
IstexGenerAreaPages \
-a MovDisordV2 \
-m \
-g MovDisord \
-p Wicri/Sante \
-w wicri-sante.fr \
-W Wicri/Santé \
-s PascalFrancis \
-s HalV3 \
-s PubMed \
-s Pmc \
-s Ncbi \
-z France \
-z USA \
-t "Movement Disorders (revue - test multibase)"
- Définition $EXPLOR_AREA
EXPLOR_AREA=$WICRI_ROOT/Wicri/Sante/corpus/MovDisord.storage/MovDisordV2
export EXPLOR_AREA
export LC_ALL='C'
- Création des répertoires
mkdir $WICRI_ROOT/Wicri/Sante/corpus/MovDisord.storage
mkdir $EXPLOR_AREA
mkdir $EXPLOR_AREA/Import
Récupération des corpus
- En cas de reprise au niveau du téléchargement
rm -rf $EXPLOR_AREA/Import/IstexRepository.h*
IstexGetCorpus -q 'host.issn:"0885-3185" AND title:gait' -s 2000 -A \
| IstexToSxml \
| HfdBuild -bh $EXPLOR_AREA/Import/IstexRepository
- En cas de reprise
rm -rf $EXPLOR_AREA/Import/IstexMetadata.h*
- Construction corpus biblio
HfdCat $EXPLOR_AREA/Import/IstexRepository.hfd \
| IstexCleanFullText \
| SgmlFast -c1 \
| IstexToTei \
| TeiPutRefToIdno -t wicri:Area/Istex/Corpus \
| HfdBuild -h $EXPLOR_AREA/Import/IstexMetadata
Téléchargement des autres corpus
- PubMed
Site : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed
Requête :
"0885-3185"[Journal] AND gait[title]
Ranger le résultat dans $EXPLOR_AREA/Import/pubmed_result.xml
- PubMed Central
Site : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc
Requête :
"0885-3185"[Journal] AND gait[title]
Ranger le résultat dans $EXPLOR_AREA/Import/pmc_result.xml
- Stanalyst
Site :http://stan2.demo.inist.fr/fr/
Requête :
( sn = "0885-3185" ) et ( ti = gait)
Télécharger avec les onglets : Serveur / SGML / SGML / LF
- résultat dans $EXPLOR_AREA/Import
mv $EXPLOR_AREA/Import/corpus.txt $EXPLOR_AREA/Import/inistServer.txt
Télécharger avec les onglets : SGML / SGML / SGML / LF
- résultat dans $EXPLOR_AREA/Import
mv $EXPLOR_AREA/Import/corpus.txt $EXPLOR_AREA/Import/inistStandard.txt
- Hal
https://hal.archives-ouvertes.fr/search/index/?qa[journalIssn_s][]=0885-3185+&qa[title_t][]=gait&qa[text][]=&submit_advanced=Rechercher&rows=30
Génération de la plateforme
- Importation des paramètres de génération
WicriGetPage -l wicri-sante.fr -p "Wicri:MovDisordV2/Paramètres, data"\
> $EXPLOR_AREA/Import/WicriAreaParam.data.wiki
Si reprise
sh $EXPLOR_AREA/bin/AreaReset.sh
ExplorAreaDataCreate -d $EXPLOR_AREA
make -f $EXPLOR_AREA/bin/area.mk
- Importation des paramètres de navigation
WicriGetPage -l wicri-sante.fr -p "Wicri:MovDisordV2/Paramètres, fr"\
> $EXPLOR_AREA/Import/WicriAreaSiteParam.fr.wiki
- Génération de l'interface
sh $EXPLOR_AREA/bin/AreaCreateSite.fr.sh
Génération des FTP
cd $EXPLOR_AREA
rm Site.tar.gz
tar -cvf Site.tar Site
gzip Site.tar
rm Data.tar.gz
tar -cvf Data.tar Data
gzip Data.tar
rm ImportMetadata.tar.gz
tar -cvf ImportMetadata.tar Import/istexMetadata.hcs Import/istexMetadata.hfd
gzip ImportMetadata.tar
Sur la machine cible
Aller sur le répertoire corpus correspondant au wiki cible
. ... Dilib/init.sh
newgrp ticri
EXPLOR_AREA=$WICRI_ROOT/Wicri/Santé/corpus/MovDisord.storage/MovDisordV2.20151205
Si nouveau code générique :
mkdir $WICRI_ROOT/Wicri/Santé/corpus/MovDisord.storage
Création du répertoire plateforme
mkdir $EXPLOR_AREA
- Transfert par FileZilla
Transférer les fichiers Site.tar.gz, Data.tar.gz de MovDisordV2 (émetteur) vers MovDisordV2 (cible).
- Installation
cd $EXPLOR_AREA
gunzip Site.tar.gz
tar -xvf Site.tar
gzip Site.tar
gunzip Data.tar.gz
tar -xvf Data.tar
gzip Data.tar
gunzip ImportMetadata.tar.gz
tar -xvf ImportMetadata.tar
gzip ImportMetadata.tar
cd Data/Istex/Corpus
rm biblio.hcs
rm biblio.hfd
ln -s ../../../Import/istexMetadata.hcs biblio.hcs
ln -s ../../../Import/istexMetadata.hfd biblio.hfd