Wicri:LymphedemaV1
De Wicri Santé
Cette page introduit les aspects techniques de la version LymphedemaV1 du « Serveur d'exploration sur le lymphœdème ».
Voir aussi :
- Wicri:LymphedemaV1/Paramètres, data - génération des données
- Wicri:LymphedemaV1/Paramètres, fr - génération de l'interface
- Wicri:LymphedemaV1/Paramètres, génération des cartes - génération de cartes géographiques
- Wicri:LymphedemaV1/Paramètres, templates size - paramétrage des modèles liés aux valeurs numériques
- Wicri:LymphedemaV1/Paramètres, template include - génération du modèle d'affichage des résultats bruts
Sommaire
Mise en œuvre
Sur la machine de développement
Initialisations
- Génération des pages wikis
source IstexGetCorpusSize -q "lymphoedema OR lymphedema"
IstexGenerAreaPages \
-a LymphedemaV1 \
-m \
-g Lymphedema \
-p Wicri/Sante \
-w wicri-sante.fr \
-W Wicri/Sante \
-s PascalFrancis \
-s PubMed \
-s Pmc \
-s Ncbi \
-s Hal \
-z Allemagne \
-z UK \
-z USA \
-z France \
-q "lymphoedema OR lymphedema" \
-d "2" \
-D "2000" \
-t "Serveur d'exploration sur le lymphœdème"
- Définition $EXPLOR_AREA
EXPLOR_AREA=$WICRI_ROOT/Wicri/Sante/explor/Lymphedema.storage/LymphedemaV1
export EXPLOR_AREA
export LC_ALL='C'
- Création des répertoires
mkdir $WICRI_ROOT/Wicri/Sante/explor/Lymphedema.storage
mkdir $EXPLOR_AREA
mkdir $EXPLOR_AREA/Import
Sur la machine LorExplor
- Définition $EXPLOR_AREA
newgrp wicri
source /applis/lorexplor/Dilib/init.sh
EXPLOR_AREA=$WICRI_ROOT/Sante/explor/Lymphedema.storage/LymphedemaV1.20171104
export EXPLOR_AREA
export LC_ALL='C'
cd $EXPLOR_AREA
Construction du Repository ISTEX
En cas de reprise au niveau du téléchargement
rm -rf $EXPLOR_AREA/Import/IstexRepository.h*
time (
IstexGetCorpus -q lymphedema -s 4999 -l
IstexGetCorpus -q lymphedema -s 4999 -f 4000 -l
IstexGetCorpus -q lymphoedema -s 4999 -l
IstexGetCorpus -q lymphoedema -s 4999 -f 4000 -l
) | sort -u > Import/IstexRepository.list
time head -2000 Import/IstexRepository.list \
| IstexGetCorpusById -A \
| SxmlUnIndent \
| HfdBuild -bh $EXPLOR_AREA/Import/IstexPart00000
time head -4000 Import/IstexRepository.list | tail -2000 \
| IstexGetCorpusById -A \
| SxmlUnIndent \
| HfdBuild -bh $EXPLOR_AREA/Import/IstexPart02000
time head -6000 Import/IstexRepository.list | tail -2000 \
| IstexGetCorpusById -A \
| SxmlUnIndent \
| HfdBuild -bh $EXPLOR_AREA/Import/IstexPart04000
time head -8000 Import/IstexRepository.list | tail -2000 \
| IstexGetCorpusById -A \
| SxmlUnIndent \
| HfdBuild -bh $EXPLOR_AREA/Import/IstexPart06000
time head -10000 Import/IstexRepository.list | tail -2000 \
| IstexGetCorpusById -A \
| SxmlUnIndent \
| HfdBuild -bh $EXPLOR_AREA/Import/IstexPart08000
time tail -2025 Import/IstexRepository.list \
| IstexGetCorpusById -A \
| SxmlUnIndent \
| HfdBuild -bh $EXPLOR_AREA/Import/IstexPart10000
(
HfdCat $EXPLOR_AREA/Import/IstexPart00000.hfd
HfdCat $EXPLOR_AREA/Import/IstexPart02000.hfd
HfdCat $EXPLOR_AREA/Import/IstexPart04000.hfd
HfdCat $EXPLOR_AREA/Import/IstexPart06000.hfd
HfdCat $EXPLOR_AREA/Import/IstexPart08000.hfd
HfdCat $EXPLOR_AREA/Import/IstexPart10000.hfd
) | SgmlFast -c1 | HfdBuild -bh $EXPLOR_AREA/Import/IstexRepository
Construction des métadonnées ISTEX
- ISTEX, création du HFD Corpus Biblio
- En cas de reprise:
rm -rf $EXPLOR_AREA/Import/IstexMetadata.h*
- Construction corpus biblio
time HfdCat $EXPLOR_AREA/Import/IstexRepository.hfd \
| IstexCleanFullText \
| SgmlFast -c1 \
| IstexToTei \
| TeiPutRefToIdno -t wicri:Area/Istex/Corpus -c ISTEX -s Corpus -S Istex \
| HfdBuild -h $EXPLOR_AREA/Import/IstexMetadata
Téléchargement des autres corpus
- PubMed
Site : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed
Requête :
lymphedema
Ranger le résultat dans $EXPLOR_AREA/Import/pubmed_result.xml
Envoyer sur machine LorExplor par :
scp Import/pubmed_result.xml $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Sante/explor/Lymphedema.storage/LymphedemaV1/Import
- PubMed Central
Site : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc
Requête :
lymphedema
Ranger le résultat dans $EXPLOR_AREA/Import/pmc_result.xml
Envoyer sur machine LorExplor par :
scp Import/pmc_result.xml $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Sante/explor/Lymphedema.storage/LymphedemaV1/Import
- PascalFrancis
Site :http://stan2.demo.inist.fr/fr/
Requête :
Télécharger avec les onglets : Serveur / SGML / SGML / LF
- résultat dans $EXPLOR_AREA/Import
mv $EXPLOR_AREA/Import/corpus.txt $EXPLOR_AREA/Import/inistServer.txt
Télécharger avec les onglets : SGML / SGML / SGML / LF
- résultat dans $EXPLOR_AREA/Import
mv $EXPLOR_AREA/Import/corpus.txt $EXPLOR_AREA/Import/inistStandard.txt
- Hal
Sur : https://hal.archives-ouvertes.fr/
Sur la machine de développement
Récupération des modèles
scp $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Sante/explor/Lymphedema.storage/LymphedemaV1/exportSize.xml .
scp $ISTEX_PAR $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Sante/explor/Lymphedema.storage/LymphedemaV1/exportMaps.xml .
scp $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Sante/explor/Lymphedema.storage/LymphedemaV1/exportInclude.xml .