Wicri:BioMatMimV1

Cette page introduit les aspects techniques de la version BioMatMimV1 du « Serveur d'exploration biomatériau et biomimétisme ».

Voir aussi :

• Wicri:BioMatMimV1/Paramètres, data - génération des données
• Wicri:BioMatMimV1/Paramètres, fr - génération de l'interface
• Wicri:BioMatMimV1/Paramètres, génération des cartes - génération de cartes géographiques

Mise en œuvre

Sur la machine de développement

Initialisations

Génération des pages wikis

source IstexGetCorpusSize -q "query"
 IstexGenerAreaPages \
       -a BioMatMimV1   \
       -m   \
       -g BioMatMim   \
       -w wicri-sante.fr  \
       -W Wicri/Santé   \
       -t "Serveur d'exploration biomatériau et biomimétisme"

Définition $EXPLOR_AREA

EXPLOR_AREA=$WICRI_ROOT/Wicri/Sante/corpus/BioMatMim.storage/BioMatMimV1
export EXPLOR_AREA
export LC_ALL='C'

Création des répertoires

mkdir $WICRI_ROOT/Wicri/Sante/corpus/BioMatMim.storage
mkdir $EXPLOR_AREA
mkdir $EXPLOR_AREA/Import

Récupération des corpus

En cas de reprise au niveau du téléchargement

rm -rf $EXPLOR_AREA/Import/IstexRepository.h*

time IstexGetCorpus -q "biomimetic* AND biomateria*" -s 5000 -A \
     | IstexToSxml     \
     | HfdBuild -bh    $EXPLOR_AREA/Import/IstexRepository

En cas de reprise

rm -rf $EXPLOR_AREA/Import/IstexMetadata.h*

Construction corpus biblio

HfdCat $EXPLOR_AREA/Import/IstexRepository.hfd   \
  | IstexCleanFullText                           \
  | SgmlFast -c1                                 \
  | IstexToTei                                   \
  | TeiPutRefToIdno -t wicri:Area/Istex/Corpus \
  | HfdBuild -h $EXPLOR_AREA/Import/IstexMetadata

Téléchargement des autres corpus

PubMed

Pour PubMed/MEDLINE, lancer la requête biomimetic* AND biomateria* dans la boîte de dialogue.

Le résultat est rangé dans $EXPLOR_AREA/Import/pubmed_result.xml

PubMed Central

Même requête que pour PubMed, le résultat est rangé dans $EXPLOR_ARE/Import/pmc_result.xml

Pascal/Francis

requête (Stanalyst) :

hypertext* ou hypermedia*

Résultats

• format Serveur : $EXPLOR_AREA/Import/inistServer.txt
• format Standard/SGML : $EXPLOR_AREA/Import/inistStandard.txt

HAL

Sur CCSD/HAL Critère :

hypertexte OR hypertext OR hypermedia

Génération des données

Importation des paramètres de génération

WicriGetPage -l wicri-sante.fr -p "Wicri:BioMatMimV1/Paramètres, data"\
      > $EXPLOR_AREA/Import/WicriAreaParam.data.wiki

Si reprise

sh $EXPLOR_AREA/bin/AreaReset.sh

ExplorAreaDataCreate -d $EXPLOR_AREA
make -f $EXPLOR_AREA/bin/area.mk

Génération de l'interface de navigation

Importation des paramètres de génération

WicriGetPage -l wicri-sante.fr -p "Wicri:BioMatMimV1/Paramètres, data"\
      > $EXPLOR_AREA/Import/WicriAreaParam.data.wiki

Génération de la navigation

En cas de reprise :

sh $EXPLOR_AREA/bin/AreaResetSite.sh

Puis :

sh $EXPLOR_AREA/bin/AreaCreateSite.fr.sh

Génération des FTP

cd $EXPLOR_AREA
rm Site.tar.gz 
tar -cvf Site.tar Site 
gzip Site.tar 
rm Data.tar.gz 
tar -cvf Data.tar Data 
gzip Data.tar 

rm ImportMetadata.tar.gz
tar -cvf ImportMetadata.tar Import/istexMetadata.hcs Import/istexMetadata.hfd
gzip ImportMetadata.tar

Sur la machine cible

Aller sur le répertoire corpus correspondant au wiki cible

. ... Dilib/init.sh  
newgrp ticri
EXPLOR_AREA=$WICRI_ROOT/Wicri/France/corpus/Aussois.storage/AussoisV1.20150722

Si nouveau code générique :

mkdir $WICRI_ROOT/Ticri/H2ptm/corpus/HypertextV6.storage

Création du répertoire plateforme

mkdir $EXPLOR_AREA

Transfert par FileZilla

Transférer les fichiers Site.tar.gz, Data.tar.gz de AussoisV1 (émetteur) vers AussoisV1 (cible).

Installation

cd $EXPLOR_AREA
gunzip Site.tar.gz 
tar -xvf Site.tar 
gzip Site.tar 

gunzip Data.tar.gz 
tar -xvf Data.tar 
gzip Data.tar 

gunzip ImportMetadata.tar.gz
tar -xvf ImportMetadata.tar
gzip ImportMetadata.tar

cd Data/ISTEX/Corpus
rm biblio.hcs
rm biblio.hfd
ln -s ../../../Import/istexMetadata.hcs biblio.hcs
ln -s ../../../Import/istexMetadata.hfd biblio.hfd