Medical Subject Headings : Différence entre versions

Version actuelle datée du 3 août 2020 à 16:31

Bibliothèque Dilib (ressources numériques)
Module Nlm

Le MeSH ou Medical Subject Headings est le vocabulaire d'indexation utilisé par la NLM.

Sommaire

1 Récupération du MeSH en français
2 Outils de traitement du MeSH
3 Outils dérivés
4 Installation
5 Voir aussi

Liste des modules Dilib

Noyau Unix...

CharSet, Buffer, , RegExp, StrDict, Utf8

Modules SRI, infométrie

Explor, Hfd, Infometrics, Index, Tei

Modules Sxml

SxmlNode, SxmlProc, SxPath, SgmlFast

Flux de données

ArXiv, Atilf, BnF, Ccsd, Getty, Inist, Inra, Istex, Loria, Marc, Nlm, Wicri

Interfaces avec logiciels

MediaWiki

Installation, versions...

Dilib V0.6.3, DilibMake, installation et compilation

Module Nlm

Paramétrage flux MEDLINE/PubMed

data, en, fr

Paramétrage flux PubMed Central

data, en, fr

Paramétrage flux NCBI

data, en, fr

Dilib, module Nlm, outils

MEDLINE/PubMed
- NlmPubMedGetCorpus, NlmPubMedGetCorpusSize, NlmPubMedGetCorpusById, NlmPubMedFlashCorpus, NlmPubMedExplorCorpus, NlmPubMedExplorCorpusWithPmc, NlmPubMed2Wicri
PubMed Central
- NlmPmcResultSelect, NlmPmcGetCorpusById, NlmPmcAffiliationSetPays
Medical Subject Headings (MeSH)
- NlmMeshFreToWicri

Récupération du MeSH en français

Pour récupérer le thesaurus en XML

http://mesh.inserm.fr/mesh/

Version 2017:

 SxmlSelect -s DescriptorRecordSet/DescriptorRecord -p @s1 < $DILIB_BOTTOM/ImportBases/Nlm/fredesc2017.xml | SxmlUnIndent | wc

 SxmlSelect -s DescriptorRecordSet/DescriptorRecord -p @s1 < $DILIB_BOTTOM/ImportBases/Nlm/fredesc2017.xml \
  | SxmlUnIndent  \
  | HfdBuild -h $DILIB_BOTTOM/Bases/Nlm/fredesc2017

Version 2019:

cd $DILIB_BOTTOM/Bases/Nlm/MeshFre2019

cat $DILIB_BOTTOM/ImportBases/Nlm/fredesc2019.xml  \
  | SxmlSelect -s DescriptorRecordSet/DescriptorRecord -p @s1  | SxmlUnIndent | wc

 cat $DILIB_BOTTOM/ImportBases/Nlm/fredesc2019.xml  \
  | SxmlSelect -s DescriptorRecordSet/DescriptorRecord -p @s1  | SxmlUnIndent   \
  | HfdBuild -h $DILIB_BOTTOM/Bases/Nlm/fredesc2019

Outils de traitement du MeSH

commmande NlmMeshFreToWiki.

Outils dérivés

Création du HFD $DILIB_BOTTOM//Bases/Nlm/MeshFre.hfd

Sous $DILIB_BOTTOM/Bases/Nlm/MeshFre2019

 HfdCat fredesc2019.hfd \
  | NlmMeshFreInsermToWicri                           \
  | SgmlFast -c1                                \
  | HfdBuild -h MeshFre.hfd

HfdCat MeshFre.hfd      \
  | SxmlSelect -g DescriptorRecord/concept@type=preferred -p @g1  \
  | SxmlSelect -g concept/term@xml:lang=en/string/1 -p @g1        \
               -g concept/term@xml:lang=fr/string/1 -p @g2        \
  |  sort -u > MeshEnToFr.dict

HfdCat MeshFre.hfd                   \
  | SxmlSelect -g DescriptorRecord/DescriptorUI/1 -p @g1 -p@1  \
  |  sort -u                                                 \
  | IndexFastBuildRec  \
     | HfdBuild -h MeshFreIndexDUI.i 

IndexBuildHid -h  MeshFreIndexDUI.i -e kw

HfdCat MeshFre.hfd                   \
  | SxmlSelect -g DescriptorRecord/TreeNumberList/TreeNumber/1 -p @g1 -p@1  \
  |  sort -u                                                 \
  | IndexFastBuildRec  \
     | HfdBuild -h MeshFreIndexTreeNumber.i 

IndexBuildHid -h  MeshFreIndexTreeNumber.i -e kw

HfdCat MeshFre.hfd                   \
  | SxmlSelect -g DescriptorRecord/concept@type=preferred/term@type=preferred@xml:lang=fr/string/1 -p @g1 -p@1  \
  |  sort -u                                                 \
  | IndexFastBuildRec  \
     | HfdBuild -h MeshFreIndexFrePrefTerm.i 

IndexBuildHid -h  MeshFreIndexFrePrefTerm.i -e kw

Installation

Sous : $DILIB_BOTTOM/ImportBases/Nlm

Voir aussi

Dans le réseau Wicri :

La page de référence « Medical Subject Headings » est sur le wiki Wicri/Ticri.

Liens externes

Wikipédia

@@ Ligne 1 : / Ligne 1 : @@
 {{Dilib header|module=Nlm}}
 Le '''MeSH''' ou '''''Medical Subject Headings''''' est le vocabulaire d'indexation utilisé par la [[NLM]].
+{{Début 2 colonnes}}
+__TOC__
+{{Saut 2 colonnes}}
+{{Dilib,  boîte déroulante
+ |titre=Liste des modules Dilib
+ |contenu={{Dilib, liste des modules}}
+}}
+{{Dilib,  boîte déroulante
+ |titre=Module Nlm
+ |contenu={{Dilib, module Nlm}}
+}}
+{{Fin 2 colonnes}}
 ==Récupération du MeSH en français==
-Sur le site : http://mesh.inserm.fr/mesh/
+Pour récupérer le thesaurus en XML
+* http://mesh.inserm.fr/mesh/
+Version 2017:
 <source lang="sh">
   SxmlSelect -s DescriptorRecordSet/DescriptorRecord -p @s1 < $DILIB_BOTTOM/ImportBases/Nlm/fredesc2017.xml | SxmlUnIndent | wc
@@ Ligne 11 : / Ligne 25 : @@
    | HfdBuild -h $DILIB_BOTTOM/Bases/Nlm/fredesc2017
 </source>
+Version 2019:
+<source lang="sh">
+cd $DILIB_BOTTOM/Bases/Nlm/MeshFre2019
+cat $DILIB_BOTTOM/ImportBases/Nlm/fredesc2019.xml  \
+  | SxmlSelect -s DescriptorRecordSet/DescriptorRecord -p @s1  | SxmlUnIndent | wc
+</source>
+<source lang="sh">
+ cat $DILIB_BOTTOM/ImportBases/Nlm/fredesc2019.xml  \
+  | SxmlSelect -s DescriptorRecordSet/DescriptorRecord -p @s1  | SxmlUnIndent   \
+  | HfdBuild -h $DILIB_BOTTOM/Bases/Nlm/fredesc2019
+</source>
 ==Outils de traitement du MeSH==
 * commmande [[Dilib, module Nlm, commande NlmMeshFreToWiki|NlmMeshFreToWiki]].
@@ Ligne 16 : / Ligne 45 : @@
 ==Outils dérivés==
 Création du HFD <code>$DILIB_BOTTOM//Bases/Nlm/MeshFre.hfd</code>
+Sous $DILIB_BOTTOM/Bases/Nlm/MeshFre2019
 <source lang="sh">
-  HfdCat $DILIB_BOTTOM/Bases/Nlm/fredesc2017.hfd \
+  HfdCat fredesc2019.hfd \
    | NlmMeshFreInsermToWicri                           \
    | SgmlFast -c1                                \
-   | HfdBuild -h $DILIB_BOTTOM/Bases/Nlm/MeshFre.hfd
+   | HfdBuild -h MeshFre.hfd
 </source>
@@ Ligne 27 : / Ligne 58 : @@
 <source lang="sh">
-HfdCat $DILIB_BOTTOM/Bases/Nlm/MeshFre.hfd      \
+HfdCat MeshFre.hfd      \
    | SxmlSelect -g DescriptorRecord/concept@type=preferred -p @g1  \
    | SxmlSelect -g concept/term@xml:lang=en/string/1 -p @g1        \
                 -g concept/term@xml:lang=fr/string/1 -p @g2        \
-   |  sort -u > $DILIB_BOTTOM/Bases/Nlm/MeshEnToFr.dict
+   |  sort -u > MeshEnToFr.dict
 </source>
 <source lang="sh">
-HfdCat $DILIB_BOTTOM/Bases/Nlm/MeshFre.hfd                   \
+HfdCat MeshFre.hfd                   \
    | SxmlSelect -g DescriptorRecord/DescriptorUI/1 -p @g1 -p@1  \
    |  sort -u                                                 \
    | IndexFastBuildRec  \
-      | HfdBuild -h $DILIB_BOTTOM/Bases/Nlm/MeshFreIndexDUI.i
+      | HfdBuild -h MeshFreIndexDUI.i
-IndexBuildHid -h  $DILIB_BOTTOM/Bases/Nlm/MeshFreIndexDUI.i -e kw
+IndexBuildHid -h  MeshFreIndexDUI.i -e kw
 </source>
 <source lang="sh">
-HfdCat $DILIB_BOTTOM/Bases/Nlm/MeshFre.hfd                   \
+HfdCat MeshFre.hfd                   \
    | SxmlSelect -g DescriptorRecord/TreeNumberList/TreeNumber/1 -p @g1 -p@1  \
    |  sort -u                                                 \
    | IndexFastBuildRec  \
-      | HfdBuild -h $DILIB_BOTTOM/Bases/Nlm/MeshFreIndexTreeNumber.i
+      | HfdBuild -h MeshFreIndexTreeNumber.i
-IndexBuildHid -h  $DILIB_BOTTOM/Bases/Nlm/MeshFreIndexTreeNumber.i -e kw
+IndexBuildHid -h  MeshFreIndexTreeNumber.i -e kw
 </source>
 <source lang="sh">
-HfdCat $DILIB_BOTTOM/Bases/Nlm/MeshFre.hfd                   \
+HfdCat MeshFre.hfd                   \
    | SxmlSelect -g DescriptorRecord/concept@type=preferred/term@type=preferred@xml:lang=fr/string/1 -p @g1 -p@1  \
    |  sort -u                                                 \
    | IndexFastBuildRec  \
-      | HfdBuild -h $DILIB_BOTTOM/Bases/Nlm/MeshFreIndexFrePrefTerm.i
+      | HfdBuild -h MeshFreIndexFrePrefTerm.i
-IndexBuildHid -h  $DILIB_BOTTOM/Bases/Nlm/MeshFreIndexFrePrefTerm.i -e kw
+IndexBuildHid -h  MeshFreIndexFrePrefTerm.i -e kw
 </source>

Medical Subject Headings : Différence entre versions

Version actuelle datée du 3 août 2020 à 16:31

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