Dilib, module Nlm, flux Medline, Explor data

Bibliothèque Dilib (ressources numériques) Module Nlm

Cette page introduit les paramètres de génération des données d'un espace d'exploration (Dilib, module Explor) relatifs à des flux de données provenant la base Medline de la NLM (interface PubMed).

Liste des modules Dilib Noyau Unix... CharSet, Buffer, , RegExp, StrDict, Utf8 Modules SRI, infométrie Explor, Hfd, Infometrics, Index, Tei Modules Sxml SxmlNode, SxmlProc, SxPath, SgmlFast Flux de données ArXiv, Atilf, BnF, Ccsd, Getty, Inist, Inra, Istex, Loria, Marc, Nlm, Wicri Interfaces avec logiciels MediaWiki Installation, versions... Dilib V0.6.3, DilibMake, installation et compilation   Module Nlm Paramétrage flux MEDLINE/PubMed data, en, fr Paramétrage flux PubMed Central data, en, fr Paramétrage flux NCBI data, en, fr Dilib, module Nlm, outils MEDLINE/PubMed NlmPubMedGetCorpus, NlmPubMedGetCorpusSize, NlmPubMedGetCorpusById, NlmPubMedFlashCorpus, NlmPubMedExplorCorpus, NlmPubMedExplorCorpusWithPmc, NlmPubMed2Wicri PubMed Central NlmPmcResultSelect, NlmPmcGetCorpusById, NlmPmcAffiliationSetPays Medical Subject Headings (MeSH) NlmMeshFreToWicri

Les flux de données

• MedLineSolo convient pour des applications à un seul flux (exemple : wicri-lor.fr:Wicri:MetzPubMedV1}

Définitions

type	item	value
list#listSteps	Nlm:MedlineSolo	Corpus ; Curation ; Exploration
list#listSteps	Nlm:Medline	Corpus ; Curation ; Checkpoint
list#listSteps	Nlm:PubMedBig	Corpus ; Curation ; Checkpoint
list#listSteps	Nlm:MedlineSoloBig	Corpus ; Curation ; Exploration
list#listIndexes	Nlm:Medline/Corpus	ISSN.i ; RBID.i ; Author.i ; MedMesh.i; AutAff.i
list#listIndexes	Nlm:MedlineSolo/Corpus	ISSN.i ; RBID.i ; Author.i ; MedMesh.i; AutAff.i
list#listIndexes	Nlm:MedlineSoloBig/Corpus	RBID.i ; ISSN.i ; Author.i ; MedMesh.i; AutAff.i
list#listIndexes	Nlm:PubMedBig/Corpus	RBID.i ; Author.i ; MedMesh.i; AutAff.i
list#listIndexes	Nlm:Medline/Curation	RBID.i ; Author.i ; MedMesh.i ; AffPays.i ; AffPaysInc.i ; AffRegion.i  ; AffVille.i
list#listIndexes	Nlm:MedlineSolo/Curation	RBID.i ; Author.i ; MedMesh.i ; AffPays.i ; AffPaysInc.i ; AffRegion.i  ; AffVille.i
list#listIndexes	Nlm:MedlineSoloBig/Curation	RBID.i ; Author.i ; MedMesh.i ; AffPays.i ; AffPaysInc.i ; AffRegion.i  ; AffVille.i
list#listIndexes	Nlm:PubMedBig/Curation	RBID.i ; Author.i ; MedMesh.i ; AffPays.i ; AffPaysInc.i
list#listIndexes	Nlm:PubMedBig/Checkpoint	RBID.i ; PMID.i ; ISSN.i ; Author.i ; AffPays.i ; MedMesh.i ; Mesh.i ; AffRegion.i ; AffVille.i ; AffOrg.i ; AffRegInc.i
list#listIndexes	Nlm:Medline/Checkpoint	RBID.i ; PMID.i ; ISSN.i ; Author.i ; AffPays.i ; MedMesh.i ; Mesh.i ; AffRegion.i ; AffVille.i ; AffOrg.i ; AffRegInc.i
list#listIndexes	Nlm:MedlineSolo/Exploration	RBID.i ; ISSN.i ; Author.i ; AffPays.i ; AffRegion.i ; AffVille.i ; AffOrg.i ; Mesh.i ; KwdEn.i ; MeshFr.i ; KwdFr.i  ; Title.i ; AbsEn.i ; AffRegInc.i
list#listIndexes	Nlm:MedlineSoloBig/Exploration	RBID.i ; ISSN.i ; Author.i ; AffPays.i ; MedMesh.i ; Mesh.i ; KwdEn.i ; AffRegion.i ; AffVille.i ; AffOrg.i ; AffRegInc.i
list#listAssoc	Nlm:Medline/Analysis	Author.a
list#listCluster	Nlm:Medline/Analysis	Author.cf ; Author.cc
list#listAssoc	Nlm:MedlineSolo/Exploration	Author.a ; TitleEn.a ; KwdFr.a
list#listCluster	Nlm:MedlineSolo/Exploration	Author.cc ; Author.cf ; TitleEn.cc ; TitleEn.cf ; KwdFr.cc ; KwdFr.cf
hasType	Nlm:Medline/*/MedMesh.i	Nlm:MedMesh
hasType	Nlm:MedlineSolo/*/MedMesh.i	Nlm:MedMesh
hasType	Nlm:MedlineSoloBig/*/MedMesh.i	Nlm:MedMesh
hasType	Nlm:PubMedBig/*/MedMesh.i	Nlm:MedMesh
hasType	Nlm/Corpus/AutAff.i	Nlm:AutAff
hasType	*/*/Mesh.i	Nlm:Mesh
hasType	*/*/MeshFr.i	Nlm:MeshFr
list#indexType	Nlm:MedMesh	sxPath ; record/pubmed/MedlineCitation/MeshHeadingList/MeshHeading/DescriptorName/1
list#indexType	Nlm:Mesh	sxPath ; record/TEI/teiHeader/profileDesc/textClass/keywords@scheme=MESH@xml:lang=en/term/1
list#indexType	Nlm:MeshFr	sxPath ; record/TEI/teiHeader/profileDesc/textClass/keywords@scheme=MESH@xml:lang=fr/term/1
list#indexType	Nlm:AutAff	builtin

Paramètres pour le fonctionnement du générateur

Génération des shells et pages Html ou php

type	item	value
generDataShells	Nlm:Medline	NlmMedlineExplorDataShells
generSiteHtmlPhp	Nlm:Medline	NlmMedlineExplorSiteHtmlPhp
generSiteShell	Nlm:Medline	NlmMedlineExplorSiteShell
generDataShells	Nlm:MedlineSolo	NlmMedlineExplorDataShells
generSiteHtmlPhp	Nlm:MedlineSolo	NlmMedlineExplorSiteHtmlPhp
generSiteShell	Nlm:MedlineSolo	NlmMedlineExplorSiteShell
generDataShells	Nlm:MedlineSoloBig	NlmMedlineExplorDataShells
generSiteHtmlPhp	Nlm:MedlineSoloBig	NlmMedlineExplorSiteHtmlPhp
generSiteShell	Nlm:MedlineSoloBig	NlmMedlineExplorSiteShell
generDataShells	Nlm:PubMedBig	NlmMedlineExplorDataShells
generSiteShell	Nlm:PubMedBig	NlmMedlineExplorSiteShell
generSiteHtmlPhp	Nlm:PubMedBig	NlmMedlineExplorSiteHtmlPhp

Déclaration des tables d'options multilingues

type	item	value
langTable/en	Nlm:Medline	$DILIB/data/Nlm/MedlineExplorParam.en.tab
langTable/fr	Nlm:Medline	$DILIB/data/Nlm/MedlineExplorParam.fr.tab
langTable/en	Nlm:MedlineSolo	$DILIB/data/Nlm/MedlineExplorParam.en.tab
langTable/fr	Nlm:MedlineSoloBig	$DILIB/data/Nlm/MedlineExplorParam.fr.tab
langTable/en	Nlm:MedlineSoloBig	$DILIB/data/Nlm/MedlineExplorParam.en.tab
langTable/fr	Nlm:MedlineSolo	$DILIB/data/Nlm/MedlineExplorParam.fr.tab
langTable/en	Nlm:PubMedBig	$DILIB/data/Nlm/MedlineExplorParam.en.tab
langTable/fr	Nlm:PubMedBig	$DILIB/data/Nlm/MedlineExplorParam.fr.tab

Operations

WicriGetPage -l wicri-outils.fr -p "Dilib, module Nlm, flux Medline, Explor data"  \
   > $DILIB_IMPORT/Nlm/Data/NlmMedlineExplorParam.data.wiki

Voir aussi

Sur ce wiki

• Dilib, module Explor, Explor root

Bases test dans le réseau Wicri

• wicri-sarre.fr:Serveur d'exploration sur la Sarre dans PubMed - 130 documents
• wicri-bois.fr:Wicri:FraxinusV2 - 600 documents
• wicri-lor.fr:Wicri:MetzPubMedV1 - version monoflux
• wicri-europe.fr:Wicri:KazakhstanV2 - en association avec Pascal