Dilib, module Nlm, commande NlmPubMedExplorCorpus : Différence entre versions
De Wicri Outils
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::Cette option (obligatoire) permet de donner la requête d'extraction du corpus. | ::Cette option (obligatoire) permet de donner la requête d'extraction du corpus. | ||
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::Cette option donne la taille du corpus ) télécharger (valeur implicite 10). | ::Cette option donne la taille du corpus ) télécharger (valeur implicite 10). | ||
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::Cette option donne le titre de la page d'accueil du serveur (valeur « Serveur d'exploration ''directory'' »). | ::Cette option donne le titre de la page d'accueil du serveur (valeur « Serveur d'exploration ''directory'' »). | ||
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gzip GrippeAllemagneV2.tar | gzip GrippeAllemagneV2.tar | ||
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* importer les modèles : exportInclude.xml et explorMaps.xml | * importer les modèles : exportInclude.xml et explorMaps.xml | ||
* copier coller le contenu du fichier mainPage.wiki | * copier coller le contenu du fichier mainPage.wiki | ||
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==Extensions== | ==Extensions== | ||
===Ajouter un zoom=== | ===Ajouter un zoom=== | ||
Version actuelle datée du 8 février 2024 à 10:40
  Module Nlm |
Cette page introduit la commande NlmPubMedExplorCorpus qui permet de télécharger des corpus PubMed/MEDLINE et de créer un serveur d'exploration.
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Liste des modules Dilib
Module Nlm
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Synopsis
NlmPubMedExplorCorpus [-d directory ] -q query [ -s size ] [ -l link ] [ -p path ] [-t titre]]
Options
- -d directory
- Cette option donne le nom de la racine du serveur (valeur implicite : ExplorPubmed)
- Le nom de ce directory est également le code (areaCode) du serveur.
- Exemples :
CovidFranceV1
- -l link
- Cette option donne le lien interwiki du wiki d'hébergement (valeur implicite
wicri-sante.fr)
- Cette option donne le lien interwiki du wiki d'hébergement (valeur implicite
- -p path
- Cette option donne le chemin du wiki par rapport à la racine Wicri (valeur implicite
Sante)
- Cette option donne le chemin du wiki par rapport à la racine Wicri (valeur implicite
- -q query
- Cette option (obligatoire) permet de donner la requête d'extraction du corpus.
- -s size
- Cette option donne la taille du corpus ) télécharger (valeur implicite 10).
- -t titre
- Cette option donne le titre de la page d'accueil du serveur (valeur « Serveur d'exploration directory »).
Utilisation avancée
expérimentations avec la version V0.6.35
- Sur machine de développement
Exemple, sur Wicri/Santé avec le Serveur d'exploration sur la grippe en Allemagne.
Génération de la version GrippeAllemagneV2 :
mkdir $WICRI_ROOT/Sante/explor/GrippeAllemagne.storage
cd $WICRI_ROOT/Sante/explor/GrippeAllemagne.storage
NlmPubMedExplorCorpus -q "(influenza) AND (germany[MeSH Terms])" -s 2000 -d GrippeAllemagneV2
tar -cvf GrippeAllemagneV2.tar GrippeAllemagneV2
gzip GrippeAllemagneV2.tar
scp $ISTEX_PAR GrippeAllemagneV2.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Sante/explor/GrippeAllemagne.storage
- Sur la machine lorexplor
gunzip GrippeAllemagneV2.tar.gz
tar -xvf GrippeAllemagneV2.tar
gzip GrippeAllemagneV2.tar
- Sur le wiki;
- importer les modèles : exportInclude.xml et explorMaps.xml
- copier coller le contenu du fichier mainPage.wiki
Extensions
Ajouter un zoom
Exemple ajout d'un Zoom France sur wicri-sante.fr:Serveur d'exploration sur la COVID en France
Dans la page Wicri:CovidFranceV1/Paramètres, data
- Ligne : listStreams
- ajouter
; France
- ajouter
- Ajouter une ligne :
typeStream | Area/France | Explor:IndexSelect - Ajouter une section « Les zooms » avec les paramètres de sélection.
Modèles de pages wiki
Ces modèles sont utilisés pour générer une version initiale, modifiable ultérieurement.
- Wicri:ExplorPubmed/Modèles/Paramètres, main
- Wicri:ExplorPubmed/Modèles/Paramètres, corpus
- Wicri:ExplorPubmed/Modèles/Paramètres, data
- Wicri:ExplorPubmed/Modèles/Paramètres, fr
- Wicri:ExplorPubmed/Modèles/Paramètres, maps
- Wicri:ExplorPubmed/Modèles/Paramètres, size
- Wicri:ExplorPubmed/Modèles/Paramètres, include
- Wicri:ExplorPubmed/Modèles/Page wiki
Voir aussi
- Sur ce wiki
- Liens externes
