Dilib, module Nlm, commande NlmPubMedExplorCorpus

Bibliothèque Dilib (ressources numériques) Module Nlm

Cette page introduit la commande NlmPubMedExplorCorpus qui permet de télécharger des corpus PubMed/MEDLINE et de créer un serveur d'exploration.

Liste des modules Dilib Noyau Unix... CharSet, Buffer, , RegExp, StrDict, Utf8 Modules SRI, infométrie Explor, Hfd, Infometrics, Index, Tei Modules Sxml SxmlNode, SxmlProc, SxPath, SgmlFast Flux de données ArXiv, Atilf, BnF, Ccsd, Getty, Inist, Inra, Istex, Loria, Marc, Nlm, Wicri Interfaces avec logiciels MediaWiki Installation, versions... Dilib V0.6.3, DilibMake, installation et compilation   Module Nlm Paramétrage flux MEDLINE/PubMed data, en, fr Paramétrage flux PubMed Central data, en, fr Paramétrage flux NCBI data, en, fr Dilib, module Nlm, outils MEDLINE/PubMed NlmPubMedGetCorpus, NlmPubMedGetCorpusSize, NlmPubMedGetCorpusById, NlmPubMedFlashCorpus, NlmPubMedExplorCorpus, NlmPubMedExplorCorpusWithPmc, NlmPubMed2Wicri PubMed Central NlmPmcResultSelect, NlmPmcGetCorpusById, NlmPmcAffiliationSetPays Medical Subject Headings (MeSH) NlmMeshFreToWicri

Synopsis

NlmPubMedExplorCorpus [-d directory ] -q query [ -s size ] [ -l link ] [ -p path ] [-t titre]]

Options

-d directory

Cette option donne le nom de la racine du serveur (valeur implicite : ExplorPubmed)

Le nom de ce directory est également le code (areaCode) du serveur.

Exemples : CovidFranceV1

-l link

Cette option donne le lien interwiki du wiki d'hébergement (valeur implicite wicri-sante.fr)

-p path

Cette option donne le chemin du wiki par rapport à la racine Wicri (valeur implicite Sante)

-q query

Cette option (obligatoire) permet de donner la requête d'extraction du corpus.

-s size

Cette option donne la taille du corpus ) télécharger (valeur implicite 10).

-t titre

Cette option donne le titre de la page d'accueil du serveur (valeur « Serveur d'exploration directory »).

Utilisation avancée

expérimentations avec la version V0.6.35

Sur machine de développement

Exemple, sur Wicri/Santé avec le Serveur d'exploration sur la grippe en Allemagne.

Génération de la version GrippeAllemagneV2 :

mkdir $WICRI_ROOT/Sante/explor/GrippeAllemagne.storage
cd $WICRI_ROOT/Sante/explor/GrippeAllemagne.storage

NlmPubMedExplorCorpus -q "(influenza) AND (germany[MeSH Terms])" -s 2000 -d GrippeAllemagneV2

tar -cvf GrippeAllemagneV2.tar GrippeAllemagneV2
gzip GrippeAllemagneV2.tar

scp $ISTEX_PAR GrippeAllemagneV2.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Sante/explor/GrippeAllemagne.storage

Sur la machine lorexplor

gunzip GrippeAllemagneV2.tar.gz
tar -xvf GrippeAllemagneV2.tar
gzip GrippeAllemagneV2.tar

Sur le wiki;

• importer les modèles : exportInclude.xml et explorMaps.xml
• copier coller le contenu du fichier mainPage.wiki

Extensions

Ajouter un zoom

Exemple ajout d'un Zoom France sur wicri-sante.fr:Serveur d'exploration sur la COVID en France

Dans la page Wicri:CovidFranceV1/Paramètres, data

• Ligne : listStreams
  • ajouter ; France
• Ajouter une ligne : typeStream | Area/France | Explor:IndexSelect
• Ajouter une section « Les zooms » avec les paramètres de sélection.

Modèles de pages wiki

Ces modèles sont utilisés pour générer une version initiale, modifiable ultérieurement.

• Wicri:ExplorPubmed/Modèles/Paramètres, main
• Wicri:ExplorPubmed/Modèles/Paramètres, corpus
• Wicri:ExplorPubmed/Modèles/Paramètres, data
• Wicri:ExplorPubmed/Modèles/Paramètres, fr
• Wicri:ExplorPubmed/Modèles/Paramètres, maps
• Wicri:ExplorPubmed/Modèles/Paramètres, size
• Wicri:ExplorPubmed/Modèles/Paramètres, include
• Wicri:ExplorPubmed/Modèles/Page wiki

Voir aussi

Sur ce wiki

• Dilib, module Nlm, Commande NlmPubMedGetCorpus
• Dilib, module Nlm, Commande NlmPubMedFlashCorpus

• Wicri:ExplorPubmed/Parameter data
• Wicri:ExplorPubmed/Parameter fr
• Wicri:ExplorPubmed/Templates size

Liens externes

• http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK25500/