Dilib, module Nlm, commande NlmPubMedExplorCorpus
De Wicri Outils
Révision datée du 5 août 2020 à 16:35 par imported>Jacques Ducloy (→Synopsis)
Module Nlm |
Cette page introduit la commande NlmPubMedExplorCorpus
qui permet de télécharger des corpus PubMed/MEDLINE et de créer un serveur d'exploration.
Liste des modules Dilib
Module Nlm
|
Synopsis
NlmPubMedExplorCorpus -q query [ -s size ] [-d directory ] [-t titre
Options
- -d directory
- Cette option donne le nom de la racine du serveur (valeur implicite : ExplorPubmed)
- -q query
- Cette option (obligatoire) permet de donner la requête d'extraction du corpus.
- -s size
- Cette option donne la taille du corpus ) télécharger (valeur implicite 10).
Utilisation avancée
expérimentations avec la version V0.6.35
- Sur machine de développement
Exemple, sur Wicri/Santé avec le Serveur d'exploration sur la grippe en Allemagne.
Génération de la version GrippeAllemagneV2 :
mkdir $WICRI_ROOT/Sante/explor/GrippeAllemagne.storage
cd $WICRI_ROOT/Sante/explor/GrippeAllemagne.storage
NlmPubMedExplorCorpus -q "(influenza) AND (germany[MeSH Terms])" -s 2000 -d GrippeAllemagneV2
tar -cvf GrippeAllemagneV2.tar GrippeAllemagneV2
gzip GrippeAllemagneV2.tar
scp GrippeAllemagneV2.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Sante/explor/GrippeAllemagne.storage
- Sur la machine lorexplor
gunzip GrippeAllemagneV2.tar.gz
tar -xvf GrippeAllemagneV2.tar
gzip GrippeAllemagneV2.tar
- Sur le wiki;
- importer les modèles : exportInclude.xml et explorMaps.xml
- copier coller le contenu du fichier mainPage.wiki
Modèles de pages wiki
Ces modèles sont utilisés pour générer une version initiale, modifiable ultérieurement.
- Wicri:ExplorPubmed/Modèles/Paramètres, main
- Wicri:ExplorPubmed/Modèles/Paramètres, data
- Wicri:ExplorPubmed/Modèles/Paramètres, fr
- Wicri:ExplorPubmed/Modèles/Paramètres, maps
- Wicri:ExplorPubmed/Modèles/Paramètres, size
- Wicri:ExplorPubmed/Modèles/Paramètres, include
- Wicri:ExplorPubmed/Modèles/Page wiki
Voir aussi
- Sur ce wiki
- Liens externes