Dilib, module Nlm, commande NlmPubMedExplorCorpus : Différence entre versions
De Wicri Outils
imported>Jacques Ducloy (→Options) |
(→Utilisation avancée) |
||
(38 révisions intermédiaires par 2 utilisateurs non affichées) | |||
Ligne 14 : | Ligne 14 : | ||
{{Fin 2 colonnes}} | {{Fin 2 colonnes}} | ||
==Synopsis== | ==Synopsis== | ||
− | :<code>'''NlmPubMedExplorCorpus -q''' ''query'' [ '''-s''' ''size'' ] ['''- | + | :<code>'''NlmPubMedExplorCorpus ['''-d''' ''directory'' ] -q''' ''query'' [ '''-s''' ''size'' ] [ '''-l''' ''link'' ] [ '''-p''' ''path'' ] ['''-t''' ''titre'']]</code> |
− | |||
==Options== | ==Options== | ||
:'''-d''' ''directory'' | :'''-d''' ''directory'' | ||
::Cette option donne le nom de la racine du serveur (valeur implicite : ExplorPubmed) | ::Cette option donne le nom de la racine du serveur (valeur implicite : ExplorPubmed) | ||
+ | ::Le nom de ce directory est également le code (areaCode) du serveur. | ||
+ | ::Exemples : <code>CovidFranceV1</code> | ||
+ | :'''-l''' ''link'' | ||
+ | ::Cette option donne le lien interwiki du wiki d'hébergement (valeur implicite <code>wicri-sante.fr</code>) | ||
+ | :'''-p''' ''path'' | ||
+ | ::Cette option donne le chemin du wiki par rapport à la racine Wicri (valeur implicite <code>Sante</code>) | ||
:'''-q''' ''query'' | :'''-q''' ''query'' | ||
::Cette option (obligatoire) permet de donner la requête d'extraction du corpus. | ::Cette option (obligatoire) permet de donner la requête d'extraction du corpus. | ||
:'''-s''' ''size'' | :'''-s''' ''size'' | ||
::Cette option donne la taille du corpus ) télécharger (valeur implicite 10). | ::Cette option donne la taille du corpus ) télécharger (valeur implicite 10). | ||
+ | :'''-t''' ''titre'' | ||
+ | ::Cette option donne le titre de la page d'accueil du serveur (valeur « Serveur d'exploration ''directory'' »). | ||
+ | |||
+ | ==Utilisation avancée== | ||
+ | ''expérimentations avec la version V0.6.35'' | ||
+ | ;Sur machine de développement: | ||
+ | Exemple, sur Wicri/Santé avec le [[wicri-sante.fr:Serveur d'exploration sur la grippe en Allemagne|Serveur d'exploration sur la grippe en Allemagne]]. | ||
+ | |||
+ | Génération de la version GrippeAllemagneV2 : | ||
+ | |||
+ | <source lang="sh"> | ||
+ | mkdir $WICRI_ROOT/Sante/explor/GrippeAllemagne.storage | ||
+ | cd $WICRI_ROOT/Sante/explor/GrippeAllemagne.storage | ||
+ | |||
+ | NlmPubMedExplorCorpus -q "(influenza) AND (germany[MeSH Terms])" -s 2000 -d GrippeAllemagneV2 | ||
+ | |||
+ | tar -cvf GrippeAllemagneV2.tar GrippeAllemagneV2 | ||
+ | gzip GrippeAllemagneV2.tar | ||
+ | |||
+ | scp $ISTEX_PAR GrippeAllemagneV2.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Sante/explor/GrippeAllemagne.storage | ||
+ | |||
+ | </source> | ||
+ | |||
+ | ;Sur la machine lorexplor: | ||
+ | <source lang="sh"> | ||
+ | gunzip GrippeAllemagneV2.tar.gz | ||
+ | tar -xvf GrippeAllemagneV2.tar | ||
+ | gzip GrippeAllemagneV2.tar | ||
+ | </source> | ||
+ | |||
+ | ;Sur le wiki; | ||
+ | * importer les modèles : exportInclude.xml et explorMaps.xml | ||
+ | * copier coller le contenu du fichier mainPage.wiki | ||
+ | |||
+ | ==Extensions== | ||
+ | ===Ajouter un zoom=== | ||
+ | ''Exemple ajout d'un Zoom France sur [[wicri-sante.fr:Serveur d'exploration sur la COVID en France]]'' | ||
+ | |||
+ | Dans la page <code>Wicri:CovidFranceV1/Paramètres, data</code> | ||
+ | *Ligne : listStreams | ||
+ | ** ajouter <code>; France</code> | ||
+ | * Ajouter une ligne : <code>typeStream | Area/France | Explor:IndexSelect</code> | ||
+ | * Ajouter une section « '''Les zooms''' » avec les paramètres de sélection. | ||
+ | |||
+ | ==Modèles de pages wiki== | ||
+ | Ces modèles sont utilisés pour générer une version initiale, modifiable ultérieurement. | ||
+ | * [[Wicri:ExplorPubmed/Modèles/Paramètres, main]] | ||
+ | * [[Wicri:ExplorPubmed/Modèles/Paramètres, corpus]] | ||
+ | * [[Wicri:ExplorPubmed/Modèles/Paramètres, data]] | ||
+ | * [[Wicri:ExplorPubmed/Modèles/Paramètres, fr]] | ||
+ | * [[Wicri:ExplorPubmed/Modèles/Paramètres, maps]] | ||
+ | * [[Wicri:ExplorPubmed/Modèles/Paramètres, size]] | ||
+ | * [[Wicri:ExplorPubmed/Modèles/Paramètres, include]] | ||
+ | * [[Wicri:ExplorPubmed/Modèles/Page wiki]] | ||
==Voir aussi== | ==Voir aussi== | ||
Ligne 29 : | Ligne 88 : | ||
* [[Dilib, module Nlm, Commande NlmPubMedGetCorpus]] | * [[Dilib, module Nlm, Commande NlmPubMedGetCorpus]] | ||
* [[Dilib, module Nlm, Commande NlmPubMedFlashCorpus]] | * [[Dilib, module Nlm, Commande NlmPubMedFlashCorpus]] | ||
+ | |||
* [[Wicri:ExplorPubmed/Parameter data]] | * [[Wicri:ExplorPubmed/Parameter data]] | ||
* [[Wicri:ExplorPubmed/Parameter fr]] | * [[Wicri:ExplorPubmed/Parameter fr]] | ||
+ | * [[Wicri:ExplorPubmed/Templates size]] | ||
;Liens externes: | ;Liens externes: | ||
* http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK25500/ | * http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK25500/ |
Version actuelle datée du 8 février 2024 à 10:40
Module Nlm |
Cette page introduit la commande NlmPubMedExplorCorpus
qui permet de télécharger des corpus PubMed/MEDLINE et de créer un serveur d'exploration.
Liste des modules Dilib
Module Nlm
|
Synopsis
NlmPubMedExplorCorpus [-d directory ] -q query [ -s size ] [ -l link ] [ -p path ] [-t titre]]
Options
- -d directory
- Cette option donne le nom de la racine du serveur (valeur implicite : ExplorPubmed)
- Le nom de ce directory est également le code (areaCode) du serveur.
- Exemples :
CovidFranceV1
- -l link
- Cette option donne le lien interwiki du wiki d'hébergement (valeur implicite
wicri-sante.fr
)
- Cette option donne le lien interwiki du wiki d'hébergement (valeur implicite
- -p path
- Cette option donne le chemin du wiki par rapport à la racine Wicri (valeur implicite
Sante
)
- Cette option donne le chemin du wiki par rapport à la racine Wicri (valeur implicite
- -q query
- Cette option (obligatoire) permet de donner la requête d'extraction du corpus.
- -s size
- Cette option donne la taille du corpus ) télécharger (valeur implicite 10).
- -t titre
- Cette option donne le titre de la page d'accueil du serveur (valeur « Serveur d'exploration directory »).
Utilisation avancée
expérimentations avec la version V0.6.35
- Sur machine de développement
Exemple, sur Wicri/Santé avec le Serveur d'exploration sur la grippe en Allemagne.
Génération de la version GrippeAllemagneV2 :
mkdir $WICRI_ROOT/Sante/explor/GrippeAllemagne.storage
cd $WICRI_ROOT/Sante/explor/GrippeAllemagne.storage
NlmPubMedExplorCorpus -q "(influenza) AND (germany[MeSH Terms])" -s 2000 -d GrippeAllemagneV2
tar -cvf GrippeAllemagneV2.tar GrippeAllemagneV2
gzip GrippeAllemagneV2.tar
scp $ISTEX_PAR GrippeAllemagneV2.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Sante/explor/GrippeAllemagne.storage
- Sur la machine lorexplor
gunzip GrippeAllemagneV2.tar.gz
tar -xvf GrippeAllemagneV2.tar
gzip GrippeAllemagneV2.tar
- Sur le wiki;
- importer les modèles : exportInclude.xml et explorMaps.xml
- copier coller le contenu du fichier mainPage.wiki
Extensions
Ajouter un zoom
Exemple ajout d'un Zoom France sur wicri-sante.fr:Serveur d'exploration sur la COVID en France
Dans la page Wicri:CovidFranceV1/Paramètres, data
- Ligne : listStreams
- ajouter
; France
- ajouter
- Ajouter une ligne :
typeStream | Area/France | Explor:IndexSelect
- Ajouter une section « Les zooms » avec les paramètres de sélection.
Modèles de pages wiki
Ces modèles sont utilisés pour générer une version initiale, modifiable ultérieurement.
- Wicri:ExplorPubmed/Modèles/Paramètres, main
- Wicri:ExplorPubmed/Modèles/Paramètres, corpus
- Wicri:ExplorPubmed/Modèles/Paramètres, data
- Wicri:ExplorPubmed/Modèles/Paramètres, fr
- Wicri:ExplorPubmed/Modèles/Paramètres, maps
- Wicri:ExplorPubmed/Modèles/Paramètres, size
- Wicri:ExplorPubmed/Modèles/Paramètres, include
- Wicri:ExplorPubmed/Modèles/Page wiki
Voir aussi
- Sur ce wiki
- Liens externes