Dilib, module Nlm, Commande NlmPubMedGetCorpus

Bibliothèque Dilib (ressources numériques) Module Nlm

Cette page introduit la commande NlmPubMedGetCorpus qui permet de télécharger des corpus PubMed/MEDLINE, à partir d'une requête, pour alimenter un flot de traitement.

Liste des modules Dilib Noyau Unix... CharSet, Buffer, , RegExp, StrDict, Utf8 Modules SRI, infométrie Explor, Hfd, Infometrics, Index, Tei Modules Sxml SxmlNode, SxmlProc, SxPath, SgmlFast Flux de données ArXiv, Atilf, BnF, Ccsd, Getty, Inist, Inra, Istex, Loria, Marc, Nlm, Wicri Interfaces avec logiciels MediaWiki Installation, versions... Dilib V0.6.3, DilibMake, installation et compilation   Module Nlm Paramétrage flux MEDLINE/PubMed data, en, fr Paramétrage flux PubMed Central data, en, fr Paramétrage flux NCBI data, en, fr Dilib, module Nlm, outils MEDLINE/PubMed NlmPubMedGetCorpus, NlmPubMedGetCorpusSize, NlmPubMedGetCorpusById, NlmPubMedFlashCorpus, NlmPubMedExplorCorpus, NlmPubMedExplorCorpusWithPmc, NlmPubMed2Wicri PubMed Central NlmPmcResultSelect, NlmPmcGetCorpusById, NlmPmcAffiliationSetPays Medical Subject Headings (MeSH) NlmMeshFreToWicri

Synopsis

NlmPubMedGetCorpus -q query -x -T level -s size

Options

-q query

Cette option (obligatoire) permet de donner la requête d'extraction du corpus.

-s size

Cette option donne la taille du corpus ) téléchargé (valeur implicite 10).

-x

Cette option donne la réponse à la requête en format XML

-T traceLevel

Cette option précise le niveau de trace.

Résultat

Depuis octobre 2021 (version Dilib V0.6.39) le résultat est un ensemble de paquets de 100 notices.

Pour les récupérer, faire :

SxmlSelect -s PubmedArticleSet/PubmedArticle -p @s1

Exemple :

NlmPubMedGetCorpus -q dentist -s110 -x | SxmlSelect -s PubmedArticleSet/PubmedArticle -p @s1 | wc

Voir aussi

Sur ce wiki

• sur PubMed :
  • Dilib, module Nlm, Commande NlmPubMedFlashCorpus
  • Dilib, module Nlm, Commande NlmPubMedExplorCorpus
• sur ISTEX :
  • Dilib, module Istex, commande IstexGetCorpus

Liens externes

• http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK25500/