Wicri:ExplorPubmed/Modèles/Paramètres, main : Différence entre versions

Version actuelle datée du 2 février 2021 à 15:05

Cette page introduit les aspects techniques de la version %areaCode du « %areaTitle ».

Voir aussi :

Wicri:%areaCode/Paramètres, corpus - création des corpus
Wicri:%areaCode/Paramètres, data - génération des données
Wicri:%areaCode/Paramètres, fr - paramètres de navigation.
Wicri:%areaCode/Paramètres, size - génération des modèles liés aux valeurs numériques
Wicri:%areaCode/Paramètres, maps - génération de cartes géographiques
Wicri:%areaCode/Paramètres, include - génération du modèle d'affichage des résultats bruts

Initialisation

Ce serveur a probablement été initialisé par la commande NlmPubMedExplorCorpus avec le script suivant :

cd $WICRI_ROOT/%wikiPath/explor/%areaGenericName.storage

NlmPubMedExplorCorpus  -d %areaCode  \
          -q "%areaQuery" -s 2000    \
          -l %wicriLink -p wicriPath \
          -t "%areaTitle"

Installation

Installation des données sur LorExplor, initialisation

Dans tous les cas, sur le site LorExplor, le serveur sera installé sur le répertoire :

$WICRI_ROOT/%wikiPath/explor/%areaGenericName.storage

Le protocole d'initialisation est donc le suivant :

source /applis/Dilib/init.sh

mkdir $WICRI_ROOT/%wikiPath/explor/%areaGenericName.storage

cd $WICRI_ROOT/%wikiPath/explor/%areaGenericName.storage

Génération à partir d'une machine locale

A l'issue de la commande NlmPubMedExplorCorpus.

Sur la machine locale

 tar -cvf %areaCode.tar %areaCode
 gzip %areaCode.tar

 scp $ISTEX_PAR %areaCode.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/%wikiPath/explor/%areaGenericName.storage

Sur la machine Démo.Istex

cd $WICRI_ROOT/%wikiPath/explor/%areaGenericName.storage

gunzip %areaCode.tar.gz
tar -xvf %areaCode.tar
gzip %areaCode.tar

Définition des liens pour visibilité Web

Sur la machine LorExplor

source /applis/Dilib/init.sh
cd $WICRI_ROOT/%wikiPath/explor
ln -s %areaGenericName.storage/%areaCode .
cd /var/www/html/Wicri/%wikiPath/explor
ln -s $WICRI_ROOT/%wikiPath/explor/%areaCode .

Mise à jour

Définition EXPLOR_AREA

EXPLOR_AREA=$WICRI_ROOT/%wikiPath/explor/%areaGenericName.storage/%areaCode
export EXPLOR_AREA
export LC_ALL='C'

Chargement d'une nouvelle version des données

cd $EXPLOR_AREA
mkdir Import/Archive
mv Import/pubmed_result.xml Import/Archive/.
NlmPubMedGetCorpus -q "%areaQuery" -s %areaSize -x  > Import/pubmed_result.xml

Restauration complète

Solution 1

cd $EXPLOR_AREA
ExplorAreaRestart -l 3

En pas à pas

sh $EXPLOR_AREA/bin/AreaReset.sh
ExplorAreaDataCreate -d $EXPLOR_AREA
make -f $EXPLOR_AREA/bin/area.mk
sh $EXPLOR_AREA/bin/AreaCreateSite.fr.sh
cat $EXPLOR_AREA/Import/ListKeys.wiki       \
  |  MediaWikiCleanTable                     \
  | MediaWikiTable2SxmlRowCol                \
  | MediaWikiTableTransformCol -t 123 -T 4   \
  > $EXPLOR_AREA/Input/ListKeys.xml
ExplorGenerTemplateSize -f $EXPLOR_AREA/Input/ListKeys.xml > $EXPLOR_AREA/exportSize.xml
MediaWikiExportCommand -c fileBegin > $EXPLOR_AREA/exportMaps.xml
source $EXPLOR_AREA/FixBin/AreaGenerWikiTemplateMaps.sh >> $EXPLOR_AREA/exportMaps.xml
MediaWikiExportCommand -c fileEnd >> $EXPLOR_AREA/exportMaps.xml
MediaWikiExportCommand -c fileBegin > $EXPLOR_AREA/exportInclude.xml
source $EXPLOR_AREA/FixBin/AreaGenerWikiTemplateInclude.sh >> $EXPLOR_AREA/exportInclude.xml
MediaWikiExportCommand -c fileEnd >> $EXPLOR_AREA/exportInclude.xml

Installation de la nouvelle version

Sur la machine LorExplor

source /applis/lorexplor/Dilib/init.sh
cd $WICRI_ROOT/%wikiPath/explor/%areaGenericName.storage
rm %areaCode.tar.gz

Sur la machine de développement

cd $WICRI_ROOT/%wikiPath/explor/%areaGenericName.storage
rm %areaCode.tar.gz
tar -cvf %areaCode.tar %areaCode
gzip %areaCode.tar
scp  $ISTEX_PAR %areaCode.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/%wikiPath/explor/%areaGenericName.storage

Voir aussi

Cette page est générée à partir de

wicri-outils.fr:Dilib, module Nlm, Commande NlmPubMedExplorCorpus

@@ Ligne 2 : / Ligne 2 : @@
 Voir aussi :
+*[[Wicri:%areaCode/Paramètres, corpus]] - ''création des corpus''
 *[[Wicri:%areaCode/Paramètres, data]] - ''génération des données''
 *[[Wicri:%areaCode/Paramètres, fr]] - ''paramètres de navigation''.
@@ Ligne 8 : / Ligne 9 : @@
 *[[Wicri:%areaCode/Paramètres, include]] - ''génération du modèle d'affichage des résultats bruts''
 ==Initialisation==
-Ce serveur a probablement été initialisé par les commandes :
+Ce serveur a probablement été initialisé par la commande [[Dilib, module Nlm, commande NlmPubMedExplorCorpus|<code>NlmPubMedExplorCorpus</code>]] avec le script suivant :
 <source>
 cd $WICRI_ROOT/%wikiPath/explor/%areaGenericName.storage
 NlmPubMedExplorCorpus  -d %areaCode  \
-           -q "%areaQuery" -s 2000
+           -q "%areaQuery" -s 2000    \
+          -l %wicriLink -p wicriPath \
+          -t "%areaTitle"
 </source>
-==Installation des données==
+==Installation==
+===Installation des données sur LorExplor, initialisation===
 Dans tous les cas, sur le site LorExplor, le serveur sera installé sur le répertoire :
-<source>
+:<code>$WICRI_ROOT/%wikiPath/explor/%areaGenericName.storage</code>
- $WICRI_ROOT/%wikiPath/explor/%areaGenericName.storage
+Le protocole d'initialisation est donc le suivant :
+<source lang="sh">
+source /applis/Dilib/init.sh
+mkdir $WICRI_ROOT/%wikiPath/explor/%areaGenericName.storage
+cd $WICRI_ROOT/%wikiPath/explor/%areaGenericName.storage
 </source>
-Sur le site LorExplor il n'y a rien à faire à l'issue de la commande <code>NlmPubMedExplorCorpus</code>
-===Sur une machine locale===
+===Génération à partir d'une machine locale===
+A l'issue de la commande <code>NlmPubMedExplorCorpus</code>.
 ;Sur la machine locale:
 <source lang="sh">
@@ Ligne 28 : / Ligne 39 : @@
   gzip %areaCode.tar
-  scp %areaCode.tar.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/%wikiPath/explor/%areaGenericName.storage
+  scp $ISTEX_PAR %areaCode.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/%wikiPath/explor/%areaGenericName.storage
-;Sur la machine LorExplor:
+</source>
-<source>
+;Sur la machine Démo.Istex
+<source lang="sh">
 cd $WICRI_ROOT/%wikiPath/explor/%areaGenericName.storage
@@ Ligne 37 : / Ligne 50 : @@
 gzip %areaCode.tar
 </source>
 ===Définition des liens pour visibilité Web===
 ;Sur la machine LorExplor:
 <source lang="sh">
+source /applis/Dilib/init.sh
 cd $WICRI_ROOT/%wikiPath/explor
 ln -s %areaGenericName.storage/%areaCode .
-cd /appli/lorexplor/www/html/Wicri/%wikiPath/explor
+cd /var/www/html/Wicri/%wikiPath/explor
 ln -s $WICRI_ROOT/%wikiPath/explor/%areaCode .
 </source>
-===Installation des pages wikis===
 ==Mise à jour==
-;Définition $EXPLOR_AREA:
+===Définition EXPLOR_AREA===
 <source lang="sh">
 EXPLOR_AREA=$WICRI_ROOT/%wikiPath/explor/%areaGenericName.storage/%areaCode
@@ Ligne 54 : / Ligne 68 : @@
 export LC_ALL='C'
 </source>
+===Chargement d'une nouvelle version des données===
+<source lang="sh">
+cd $EXPLOR_AREA
+mkdir Import/Archive
+mv Import/pubmed_result.xml Import/Archive/.
+NlmPubMedGetCorpus -q "%areaQuery" -s %areaSize -x  > Import/pubmed_result.xml
+</source>
+===Restauration complète===
+;Solution 1:
+<source lang="sh">
+cd $EXPLOR_AREA
+ExplorAreaRestart -l 3
+</source>
+;En pas à pas:
+<source lang="sh">
+sh $EXPLOR_AREA/bin/AreaReset.sh
+ExplorAreaDataCreate -d $EXPLOR_AREA
+make -f $EXPLOR_AREA/bin/area.mk
+sh $EXPLOR_AREA/bin/AreaCreateSite.fr.sh
+cat $EXPLOR_AREA/Import/ListKeys.wiki       \
+  |  MediaWikiCleanTable                     \
+  | MediaWikiTable2SxmlRowCol                \
+  | MediaWikiTableTransformCol -t 123 -T 4   \
+  > $EXPLOR_AREA/Input/ListKeys.xml
+ExplorGenerTemplateSize -f $EXPLOR_AREA/Input/ListKeys.xml > $EXPLOR_AREA/exportSize.xml
+MediaWikiExportCommand -c fileBegin > $EXPLOR_AREA/exportMaps.xml
+source $EXPLOR_AREA/FixBin/AreaGenerWikiTemplateMaps.sh >> $EXPLOR_AREA/exportMaps.xml
+MediaWikiExportCommand -c fileEnd >> $EXPLOR_AREA/exportMaps.xml
+MediaWikiExportCommand -c fileBegin > $EXPLOR_AREA/exportInclude.xml
+source $EXPLOR_AREA/FixBin/AreaGenerWikiTemplateInclude.sh >> $EXPLOR_AREA/exportInclude.xml
+MediaWikiExportCommand -c fileEnd >> $EXPLOR_AREA/exportInclude.xml
+</source>
+===Installation de la nouvelle version===
+;Sur la machine LorExplor:
+<source lang="sh">
+source /applis/lorexplor/Dilib/init.sh
+cd $WICRI_ROOT/%wikiPath/explor/%areaGenericName.storage
+rm %areaCode.tar.gz
+</source>
+;Sur la machine de développement:
+<source lang="sh">
+cd $WICRI_ROOT/%wikiPath/explor/%areaGenericName.storage
+rm %areaCode.tar.gz
+tar -cvf %areaCode.tar %areaCode
+gzip %areaCode.tar
+scp  $ISTEX_PAR %areaCode.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/%wikiPath/explor/%areaGenericName.storage
+</source>
 ==Voir aussi==
 Cette page est générée à partir de
 * [[wicri-outils.fr:Dilib, module Nlm, Commande NlmPubMedExplorCorpus]]