Medical Subject Headings

Bibliothèque Dilib (ressources numériques) Module Nlm

Le MeSH ou Medical Subject Headings est le vocabulaire d'indexation utilisé par la NLM.

Liste des modules Dilib Noyau Unix... CharSet, Buffer, , RegExp, StrDict, Utf8 Modules SRI, infométrie Explor, Hfd, Infometrics, Index, Tei Modules Sxml SxmlNode, SxmlProc, SxPath, SgmlFast Flux de données ArXiv, Atilf, BnF, Ccsd, Getty, Inist, Inra, Istex, Loria, Marc, Nlm, Wicri Interfaces avec logiciels MediaWiki Installation, versions... Dilib V0.6.3, DilibMake, installation et compilation   Module Nlm Paramétrage flux MEDLINE/PubMed data, en, fr Paramétrage flux PubMed Central data, en, fr Paramétrage flux NCBI data, en, fr Dilib, module Nlm, outils MEDLINE/PubMed NlmPubMedGetCorpus, NlmPubMedGetCorpusSize, NlmPubMedGetCorpusById, NlmPubMedFlashCorpus, NlmPubMedExplorCorpus, NlmPubMedExplorCorpusWithPmc, NlmPubMed2Wicri PubMed Central NlmPmcResultSelect, NlmPmcGetCorpusById, NlmPmcAffiliationSetPays Medical Subject Headings (MeSH) NlmMeshFreToWicri

Récupération du MeSH en français

Pour récupérer le thesaurus en XML

• http://mesh.inserm.fr/mesh/

Version 2017:

 SxmlSelect -s DescriptorRecordSet/DescriptorRecord -p @s1 < $DILIB_BOTTOM/ImportBases/Nlm/fredesc2017.xml | SxmlUnIndent | wc

 SxmlSelect -s DescriptorRecordSet/DescriptorRecord -p @s1 < $DILIB_BOTTOM/ImportBases/Nlm/fredesc2017.xml \
  | SxmlUnIndent  \
  | HfdBuild -h $DILIB_BOTTOM/Bases/Nlm/fredesc2017

Version 2019:

cd $DILIB_BOTTOM/Bases/Nlm/MeshFre2019

cat $DILIB_BOTTOM/ImportBases/Nlm/fredesc2019.xml  \
  | SxmlSelect -s DescriptorRecordSet/DescriptorRecord -p @s1  | SxmlUnIndent | wc

 cat $DILIB_BOTTOM/ImportBases/Nlm/fredesc2019.xml  \
  | SxmlSelect -s DescriptorRecordSet/DescriptorRecord -p @s1  | SxmlUnIndent   \
  | HfdBuild -h $DILIB_BOTTOM/Bases/Nlm/fredesc2019

Outils de traitement du MeSH

• commmande NlmMeshFreToWiki.

Outils dérivés

Création du HFD $DILIB_BOTTOM//Bases/Nlm/MeshFre.hfd

 HfdCat $DILIB_BOTTOM/Bases/Nlm/fredesc2017.hfd \
  | NlmMeshFreInsermToWicri                           \
  | SgmlFast -c1                                \
  | HfdBuild -h $DILIB_BOTTOM/Bases/Nlm/MeshFre.hfd

HfdCat $DILIB_BOTTOM/Bases/Nlm/MeshFre.hfd      \
  | SxmlSelect -g DescriptorRecord/concept@type=preferred -p @g1  \
  | SxmlSelect -g concept/term@xml:lang=en/string/1 -p @g1        \
               -g concept/term@xml:lang=fr/string/1 -p @g2        \
  |  sort -u > $DILIB_BOTTOM/Bases/Nlm/MeshEnToFr.dict

HfdCat $DILIB_BOTTOM/Bases/Nlm/MeshFre.hfd                   \
  | SxmlSelect -g DescriptorRecord/DescriptorUI/1 -p @g1 -p@1  \
  |  sort -u                                                 \
  | IndexFastBuildRec  \
     | HfdBuild -h $DILIB_BOTTOM/Bases/Nlm/MeshFreIndexDUI.i 

IndexBuildHid -h  $DILIB_BOTTOM/Bases/Nlm/MeshFreIndexDUI.i -e kw

HfdCat $DILIB_BOTTOM/Bases/Nlm/MeshFre.hfd                   \
  | SxmlSelect -g DescriptorRecord/TreeNumberList/TreeNumber/1 -p @g1 -p@1  \
  |  sort -u                                                 \
  | IndexFastBuildRec  \
     | HfdBuild -h $DILIB_BOTTOM/Bases/Nlm/MeshFreIndexTreeNumber.i 

IndexBuildHid -h  $DILIB_BOTTOM/Bases/Nlm/MeshFreIndexTreeNumber.i -e kw

HfdCat $DILIB_BOTTOM/Bases/Nlm/MeshFre.hfd                   \
  | SxmlSelect -g DescriptorRecord/concept@type=preferred/term@type=preferred@xml:lang=fr/string/1 -p @g1 -p@1  \
  |  sort -u                                                 \
  | IndexFastBuildRec  \
     | HfdBuild -h $DILIB_BOTTOM/Bases/Nlm/MeshFreIndexFrePrefTerm.i 

IndexBuildHid -h  $DILIB_BOTTOM/Bases/Nlm/MeshFreIndexFrePrefTerm.i -e kw

Installation

Sous : $DILIB_BOTTOM/ImportBases/Nlm

Voir aussi

Dans le réseau Wicri :

La page de référence « Medical Subject Headings » est sur le wiki Wicri/Ticri.

Liens externes

• Wikipédia