Wicri:PercaFluV4

Cette page introduit les aspects techniques de la version PercaFluV4 du « Serveur d'exploration Perca fluviatilis ».

Voir aussi :

• Wicri:PercaFluV4/Paramètres, data - génération des données
• Wicri:PercaFluV4/Paramètres, fr - génération de l'interface
• Wicri:PercaFluV4/Paramètres, génération des cartes - génération de cartes géographiques

Mise en œuvre

Sur la machine de développement

Initialisations

Génération des pages wikis

source IstexGetCorpusSize -q "perca AND fluviatilis"
  IstexGenerAreaPages \
       -a PercaFluV4   \
       -m   \
       -g PercaFlu   \
       -p Wicri/Eau   \
       -w wicri-eau.fr  \
       -W Wicri/Eau   \
       -s PascalFrancis   \
       -s Hal   \
       -s HalInra      \
       -s PubMed   \
       -s Pmc   \
       -s Ncbi   \
       -z France   \
       -z UK   \
       -z USA   \
       -z Allemagne   \
       -t "Serveur d'exploration Perca fluviatilis"

Définition $EXPLOR_AREA

EXPLOR_AREA=$WICRI_ROOT/Wicri/Eau/corpus/PercaFlu.storage/PercaFluV4
export EXPLOR_AREA
export LC_ALL='C'

Création des répertoires

mkdir $WICRI_ROOT/Wicri/Eau/corpus/PercaFlu.storage
mkdir $EXPLOR_AREA
mkdir $EXPLOR_AREA/Import

Récupération des corpus

Téléchargement ISTEX

Voir Wicri:PercaFluV2

cd $EXPLOR_AREA/Import
ln -s ../../PercaFluV2/Import/IstexRepository.hfd .
ln -s ../../PercaFluV2/Import/IstexRepository.hcs .

En cas de reprise

rm -rf $EXPLOR_AREA/Import/IstexMetadata.h*

Construction corpus biblio

HfdCat $EXPLOR_AREA/Import/IstexRepository.hfd   \
  | IstexCleanFullText                           \
  | SgmlFast -c1                                 \
  | IstexToTei                                   \
  | TeiPutRefToIdno -t wicri:Area/Istex/Corpus \
  | HfdBuild -h $EXPLOR_AREA/Import/IstexMetadata

Autres corpus

Toujours à partir du répertoire PercaFluV4

PubMed

ln -s ../../PercaFluV2/Import/pubmed_result.xml .

PubMed Central

ln -s ../../PercaFluV2/Import/pmc_result.xml .

PascalFrancis

ln -s ../../PercaFluV2/Import/inistServer.txt .
ln -s ../../PercaFluV2/Import/inistStandard.txt .

Hal

ln -s ../../PercaFluV2/Import/api.archives-ouvertes.fr.xml .

HalInra

ln -s ../../PercaFluV3/Import/PRD_201512201742.xml .
ln -s ../../PercaFluV3/Import/PRD_201512201743.xml .

Génération de la plateforme

Importation des paramètres de génération

WicriGetPage -l wicri-eau.fr -p "Wicri:PercaFluV4/Paramètres, data"\
      > $EXPLOR_AREA/Import/WicriAreaParam.data.wiki

Si reprise

sh $EXPLOR_AREA/bin/AreaReset.sh

ExplorAreaDataCreate -d $EXPLOR_AREA
make -f $EXPLOR_AREA/bin/area.mk

Importation des paramètres de navigation

WicriGetPage -l wicri-eau.fr -p "Wicri:PercaFluV4/Paramètres, fr"\
      > $EXPLOR_AREA/Import/WicriAreaSiteParam.fr.wiki

Génération de l'interface 

sh $EXPLOR_AREA/bin/AreaCreateSite.fr.sh

Génération des FTP

cd $EXPLOR_AREA
rm Site.tar.gz 
tar -cvf Site.tar Site 
gzip Site.tar 
rm Data.tar.gz 
tar -cvf Data.tar Data 
gzip Data.tar 

rm ImportMetadata.tar.gz
tar -cvf ImportMetadata.tar Import/istexMetadata.hcs Import/istexMetadata.hfd
gzip ImportMetadata.tar

Sur la machine cible

Transfert par scp

scp $ISTEX_PAR Site.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Eau/explor/PercaFlu.storage/PercaFluV4

Aller sur le répertoire corpus correspondant au wiki cible

. ... Dilib/init.sh  
newgrp ticri
EXPLOR_AREA=$WICRI_ROOT/Wicri/Eau/corpus/PercaFlu.storage/PercaFluV4.20151207

Si nouveau code générique :

mkdir $WICRI_ROOT/Wicri/Eau/corpus/PercaFlu.storage

Création du répertoire plateforme

mkdir $EXPLOR_AREA

Transfert par FileZilla

Transférer les fichiers Site.tar.gz, Data.tar.gz de PercaFluV4 (émetteur) vers PercaFluV4 (cible).

Installation

cd $EXPLOR_AREA
gunzip Site.tar.gz 
tar -xvf Site.tar 
gzip Site.tar 

gunzip Data.tar.gz 
tar -xvf Data.tar 
gzip Data.tar

gunzip ImportMetadata.tar.gz 
tar -xvf ImportMetadata.tar 
gzip ImportMetadata.tar 

cd Data/Istex/Corpus 
rm biblio.hcs 
rm biblio.hfd 
ln -s ../../../Import/istexMetadata.hcs biblio.hcs 
ln -s ../../../Import/istexMetadata.hfd biblio.hfd