Espace Interactions Arbres Microorganismes/Serveurs : Différence entre versions

De Wicri Bois
imported>Jacques Ducloy
(Une première vague)
imported>Jacques Ducloy
(Une première vague)
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#* [[Serveur d'exploration sur la détoxication des champignons]]
 
#* [[Serveur d'exploration sur la détoxication des champignons]]
 
#* [[Serveur d'exploration sur la génomique des pucciniales]]
 
#* [[Serveur d'exploration sur la génomique des pucciniales]]
#Limité à 500 (avant transfert de machine virtuelle)
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#Limité à 250 (avant transfert de machine virtuelle)
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#* [[Serveur d'exploration sur le transcriptome phytopathogène]]
  
 
==Les demandes initiales==
 
==Les demandes initiales==

Version du 21 novembre 2020 à 12:31

Cette page présente les aspects techniques d'une expérimentation sur l'utilisation de serveurs d'exploration par une équipe de chercheurs.

Une trentaine de sujets ont été identifiés.

Les serveurs opérationnels

Cette section décrit les étapes de travail déjà réalisées.

Le premier serveur

La coopération a démarré par une présentation du réseau Wicri et des serveurs d'exploration. Plus précisément, Jacques Ducloy a notamment présenté à Benjamin Pêtre la génération rapide de serveurs PubMed en Santé (voir sur Wicri/Santé).

En fin de réunion, un essai d'application à une problématique du laboratoire a été lancé.

Une première vague

Suite à cette réunion, une liste de sujets a été élaborée par le laboratoire. Elle est présentée dans la section suivante.

A partir de cette liste les étapes suivantes ont été réalisées :

  1. Adaptation de la procédure mise au point pour la Santé à la thématique du Bois sur des corpus de faible taille.
  2. Montée en charge volumétrique (le nombre donne la taille du corpus)
  3. Un test de génération sur le site lorexplor.istex.fr (au lieu d'une génération sur MacBook). Cet essai n'a pas été très satisfaisant.
  4. Un ensemble de génération en quelques heures:
  5. Vers la complétude
  6. Limité à 250 (avant transfert de machine virtuelle)

Les demandes initiales

Dans la colonne volume, les nombres négatifs indiquent la volume approximatif des serveurs à traiter.

requête proposée code Serveur date volume ISTEX
plant glutathione transferases -5000
plant pathogen effector -4000
rapamycin fungus RapamycinFungusV1 Serveur d'exploration sur la rapamycine et les champignons 20201118 2761 744[1]
wood degradation fungi -4700
rust fungi RustFungiV1 Serveur d'exploration sur les pucciniales 20201120 2237 2995
iron-sulfur cluster -5000
glutaredoxin GlutaredoxinV1 Serveur d'exploration sur la glutarédoxine 20201118 1988 3228
sulfur transferase -4700
white rot WhiteRotV1 Serveur d'exploration sur la pourriture ligneuse 20201117 3189
biopesticide peptide BiopestPeptidV1 Serveur d'exploration sur les peptides biopesticides 20201119 6992
plant defense peptide -4300
detoxification fungi DetoxFungiV1 Serveur d'exploration sur la détoxication des champignons 20201120 4636
plant immune receptor -6600
thaumatin ThaumatinV1 Serveur d'exploration Thomatine 20201103 585
Phanerochaete PhanerochaeteV1 Serveur d'exploration sur le phanerochaete 20201113 1696
poplar PoplarV1 Serveur d'exploration sur le peuplier 20201103 7973
Melampsora MelampsoraV1 Serveur d'exploration Melampsora 20201103 223
willow WillowV1 Serveur d'exploration sur le saule 20201117 3902
Phytophthora PhytophthoraV1 Serveur d'exploration Phytophthora 20201120 4849
mitochondria plant redox -1800
chloroplast plant redox -3800
grapevine disease GrapevineDiseaseV1 Serveur d'exploration sur les maladies des plantes grimpantes 20201118 1029
plant pathogen transcriptome -3000
agrobacterium transient AgrobacTransV1 Serveur d'exploration sur l'agrobacterium et la transgénèse 20201120 974
tree microbe interactions TreeMicInterV1 Serveur d'exploration sur les interactions arbre microorganisme 20201119 296
mycorrhizae MycorrhizaeV1 Serveur d'exploration sur la mycorhize 20201118 6033
phytophthora effector PhytophthoraEffectorV1 Serveur d'exploration sur les effecteurs du phytophthora 20201110 305
rust effector RustEffectorV1 Serveur d'exploration sur les effecteurs de la rouille 20201110 162
rust fungi genomics RustFungiGenomicsV1 Serveur d'exploration sur la génomique des pucciniales 20201120 1167
metal-binding protein plant MetalBindProtPlantV1 Serveur d'exploration sur les protéines de liaison chez les plantes 20201120 551

Récapitulatif numérique

 PubMed
Serveur d'exploration Glutathion S-transférase végétale250
Serveur d'exploration Melampsora223
Serveur d'exploration Phytophthora4 849
Serveur d'exploration Sulfur Transférase250
Serveur d'exploration Thomatine585
Serveur d'exploration cluster fer-soufre249
Serveur d'exploration sur l'agrobacterium et la transgénèse974
Serveur d'exploration sur la détoxication des champignons4 632
Serveur d'exploration sur la glutarédoxine1 988
Serveur d'exploration sur la génomique des pucciniales1 167
Serveur d'exploration sur la mycorhize6 033
Serveur d'exploration sur la pourriture ligneuse3 189
Serveur d'exploration sur la rapamycine et les champignons2 761
Serveur d'exploration sur la rouille du peuplier109
Serveur d'exploration sur le peuplier7 973
Serveur d'exploration sur le phanerochaete1 696
Serveur d'exploration sur le saule3 902
Serveur d'exploration sur le transcriptome phytopathogène250
Serveur d'exploration sur les champignons de dégradation du bois249
Serveur d'exploration sur les chloroplastes dans l'oxydoréduction chez les plantes250
Serveur d'exploration sur les effecteurs de la rouille162
Serveur d'exploration sur les effecteurs de phytopathogènes250
Serveur d'exploration sur les effecteurs du phytophthora305
Serveur d'exploration sur les interactions arbre microorganisme296
Serveur d'exploration sur les maladies des plantes grimpantes1 029
Serveur d'exploration sur les mitochondries dans l'oxydoréduction chez les plantes250
Serveur d'exploration sur les peptides biopesticides6 992
Serveur d'exploration sur les peptides de défense des plantes250
Serveur d'exploration sur les protéines de liaison chez les plantes551
Serveur d'exploration sur les pucciniales2 237
Serveur d'exploration sur les récepteurs immunitaires végétaux250

Voir aussi

Notes
  1. critère : rapamycin AND fungus