PLoS One (2019) Bergeron

Détection et identification améliorées par le génome des agents pathogènes fongiques responsables des maladies de la rouille du pin et du peuplier

Genome-enhanced detection and identification of fungal pathogens responsible for pine and poplar rust diseases.

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Auteurs Marie-Josée Bergeron(1), Nicolas Feau(2), Don Stewart(1), Philippe Tanguay(1), Richard C. Hamelin(2,3) Affiliations (1) Centre de foresterie des Laurentides, Canadian Forest Service, Natural Resources Canada, Québec, Québec, Canada. (2) Forest Sciences Centre, Department of Forest and Conservation Sciences, University of British Columbia, Vancouver, British Columbia, Canada. (3) Institut de Biologie Intégrative des Systèmes, Université Laval, Québec, Québec, Canada. In PloS one, (2019) En ligne

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Résumé

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La biosurveillance est une approche proactive qui peut aider à limiter la propagation des pathogènes fongiques envahissants des arbres, tels que les champignons de la rouille, qui sont à l'origine de certaines des maladies les plus dommageables au monde des pins et des peupliers. La plupart de ces champignons ont un cycle de vie complexe, avec jusqu'à cinq stades de spores, qui est complété sur deux hôtes différents. Ils ont un mode de vie biotrophe et peuvent être propagés par du matériel végétal asymptomatique, ce qui complique leur détection et leur identification. Une approche bioinformatique, basée sur la comparaison du génome entier, a été utilisée pour identifier les régions du génome qui sont uniques au champignon de la rouille vésiculeuse du pin blanc, Cronartium ribicola, aux champignons de la rouille des feuilles du peuplier Melampsora medusae et Melampsora larici-populina ou aux membres du Cronartium et Genres Melampsora. Des tests PCR en temps réel spécifiques aux espèces et aux genres, ciblant ces régions uniques, ont été conçus dans le but de détecter chacun de ces cinq groupes taxonomiques. Au total, douze tests ont été développés et testés sur une large gamme d'échantillons, y compris différents types de spores, différentes parties de plantes infectées sur l'hôte pycnio-écial ou urédinio-télial et des insectes vecteurs capturés. Une précision de détection de cent pour cent a été obtenue pour les trois espèces et deux genres ciblés avec un seul test ou une combinaison de deux tests. Cette expérience de preuve de concept sur les champignons de la rouille des feuilles du pin et du peuplier démontre que l'approche de détection et d'identification améliorées par le génome peut être traduite en tests PCR efficaces en temps réel pour surveiller les champignons pathogènes des arbres.

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Information de gestion

• Date de mise en lecture : 28 octobre 2020