Espace Interactions Arbres Microorganismes/Serveurs
De Wicri Bois
Révision datée du 21 novembre 2020 à 12:05 par imported>Jacques Ducloy (→Les demandes initiales)
Cette page présente les aspects techniques d'une expérimentation sur l'utilisation de serveurs d'exploration par une équipe de chercheurs.
Une trentaine de sujets ont été identifiés.
Sommaire
Les serveurs opérationnels
Cette section décrit les étapes de travail déjà réalisées.
Le premier serveur
La coopération a démarré par une présentation du réseau Wicri et des serveurs d'exploration. Plus précisément, Jacques Ducloy a notamment présenté à Benjamin Pêtre la génération rapide de serveurs PubMed en Santé (voir sur Wicri/Santé).
En fin de réunion, un essai d'application à une problématique du laboratoire a été lancé.
Une première vague
Suite à cette réunion, une liste de sujets a été élaborée par le laboratoire. Elle est présentée dans la section suivante.
A partir de cette liste les étapes suivantes ont été réalisées :
- Adaptation de la procédure mise au point pour la Santé à la thématique du Bois sur des corpus de faible taille.
- Serveur d'exploration Melampsora - tests de portage d'un protocole santé sur le bois
- Serveur d'exploration Thomatine - idem
- Serveur d'exploration sur les effecteurs de la rouille - idem
- Montée en charge volumétrique (le nombre donne la taille du corpus)
- Un test de génération sur le site lorexplor.istex.fr (au lieu d'une génération sur MacBook). Cet essai n'a pas été très satisfaisant.
- Un ensemble de génération en quelques heures:
- Vers la complétude
- Serveur d'exploration sur les interactions arbre microorganisme
- Serveur d'exploration sur les peptides biopesticides
- Serveur d'exploration sur la rapamycine et les champignons
- Serveur d'exploration sur les pucciniales
- Serveur d'exploration sur les protéines de liaison chez les plantes
- Serveur d'exploration Phytophthora
- Serveur d'exploration sur l'agrobacterium et la transgénèse
- Serveur d'exploration sur la détoxication des champignons
- Serveur d'exploration sur la génomique des pucciniales
- Limité à 250 (avant transfert de machine virtuelle)
Les demandes initiales
Dans la colonne volume, les nombres négatifs indiquent la volume approximatif des serveurs à traiter.
Attention :
la traduction en français de requêtes a été réalisée par une personne totalement ignorante en biologie. Cette situation est temporaire et sera corrigée
Jacques Ducloy (discussion) 20 novembre 2020 à 15:34 (CET)
Jacques Ducloy (discussion) 20 novembre 2020 à 15:34 (CET)
Attention :
la taille des 10 derniers serveurs est limitée à 250 (la volumétrie visée est donnée entre parenthèses)
| requête proposée | code | Serveur | date | volume | ISTEX |
|---|---|---|---|---|---|
| plant glutathione transferases | -5000 | ||||
| plant pathogen effector | -4000 | ||||
| rapamycin fungus | RapamycinFungusV1 | Serveur d'exploration sur la rapamycine et les champignons | 20201118 | 2761 | 744[1] |
| wood degradation fungi | -4700 | ||||
| rust fungi | RustFungiV1 | Serveur d'exploration sur les pucciniales | 20201120 | 2237 | 2995 |
| iron-sulfur cluster | -5000 | ||||
| glutaredoxin | GlutaredoxinV1 | Serveur d'exploration sur la glutarédoxine | 20201118 | 1988 | 3228 |
| sulfur transferase | -4700 | ||||
| white rot | WhiteRotV1 | Serveur d'exploration sur la pourriture ligneuse | 20201117 | 3189 | |
| biopesticide peptide | BiopestPeptidV1 | Serveur d'exploration sur les peptides biopesticides | 20201119 | 6992 | |
| plant defense peptide | -4300 | ||||
| detoxification fungi | DetoxFungiV1 | Serveur d'exploration sur la détoxication des champignons | 20201120 | 4636 | |
| plant immune receptor | -6600 | ||||
| thaumatin | ThaumatinV1 | Serveur d'exploration Thomatine | 20201103 | 585 | |
| Phanerochaete | PhanerochaeteV1 | Serveur d'exploration sur le phanerochaete | 20201113 | 1696 | |
| poplar | PoplarV1 | Serveur d'exploration sur le peuplier | 20201103 | 7973 | |
| Melampsora | MelampsoraV1 | Serveur d'exploration Melampsora | 20201103 | 223 | |
| willow | WillowV1 | Serveur d'exploration sur le saule | 20201117 | 3902 | |
| Phytophthora | PhytophthoraV1 | Serveur d'exploration Phytophthora | 20201120 | 4849 | |
| mitochondria plant redox | MitoPlantRedoxV1 | Serveur d'exploration sur les mitochondries dans l'oxydoréduction chez les plantes | -1800 | ||
| chloroplast plant redox | ChloroPlantRedoxV1 | Serveur d'exploration sur les chloroplastes dans l'oxydoréduction chez les plantes | -3800 | ||
| grapevine disease | GrapevineDiseaseV1 | Serveur d'exploration sur les maladies des plantes grimpantes | 20201118 | 1029 | |
| plant pathogen transcriptome | PlantPathoTransV1 | Serveur d'exploration sur le transcriptome phytopathogène | 20201121 | 250 (3000) | |
| agrobacterium transient | AgrobacTransV1 | Serveur d'exploration sur l'agrobacterium et la transgénèse | 20201120 | 974 | |
| tree microbe interactions | TreeMicInterV1 | Serveur d'exploration sur les interactions arbre microorganisme | 20201119 | 296 | |
| mycorrhizae | MycorrhizaeV1 | Serveur d'exploration sur la mycorhize | 20201118 | 6033 | |
| phytophthora effector | PhytophthoraEffectorV1 | Serveur d'exploration sur les effecteurs du phytophthora | 20201110 | 305 | |
| rust effector | RustEffectorV1 | Serveur d'exploration sur les effecteurs de la rouille | 20201110 | 162 | |
| rust fungi genomics | RustFungiGenomicsV1 | Serveur d'exploration sur la génomique des pucciniales | 20201120 | 1167 | |
| metal-binding protein plant | MetalBindProtPlantV1 | Serveur d'exploration sur les protéines de liaison chez les plantes | 20201120 | 551 |
Récapitulatif numérique
Voir aussi
- Notes
- ↑ critère : rapamycin AND fungus
