Espace Interactions Arbres Microorganismes/Serveurs
Cette page présente les aspects techniques d'une expérimentation sur l'utilisation de serveurs d'exploration par une équipe de chercheurs.
Une trentaine de sujets ont été identifiés.
Sommaire
Les serveurs opérationnels
Cette section décrit les étapes de travail déjà réalisées.
Le premier serveur
La coopération a démarré par une présentation du réseau Wicri et des serveurs d'exploration. Plus précisément, Jacques Ducloy a notamment présenté à Benjamin Pêtre la génération rapide de serveurs PubMed en Santé (voir sur Wicri/Santé).
En fin de réunion, un essai d'application à une problématique du laboratoire a été lancé.
Une première vague
Suite à cette réunion, une liste de sujets a été élaborée par le laboratoire. Elle est présentée dans la section suivante.
A partir de cette liste les étapes suivantes ont été réalisées :
- Adaptation de la procédure mise au point pour la Santé à la thématique du Bois sur des corpus de faible taille.
- Serveur d'exploration Melampsora - tests de portage d'un protocole santé sur le bois
- Serveur d'exploration Thomatine - idem
- Serveur d'exploration sur les effecteurs de la rouille - idem
- Montée en charge volumétrique (le nombre donne la taille du corpus)
- Un test de génération sur le site lorexplor.istex.fr (au lieu d'une génération sur MacBook). Cet essai n'a pas été très satisfaisant.
- Un ensemble de génération en quelques heures:
- Vers la complétude
Les demandes initiales
Dans la colonne volume, les nombres négatifs indiquent la volume approximatif des serveurs à traiter.
| requête proposée | code | Serveur | date | volume |
|---|---|---|---|---|
| plant glutathione transferases | -5000 | |||
| plant pathogen effector | -4000 | |||
| rapamycin fungus | -2700 | |||
| wood degradation fungi | -4700 | |||
| rust fungi | -2500 | |||
| iron-sulfur cluster | -5000 | |||
| glutaredoxin | GlutaredoxinV1 | Serveur d'exploration sur la glutarédoxine | 20201118 | 1988 |
| sulfur transferase | -4700 | |||
| white rot | WhiteRotV1 | Serveur d'exploration sur la pourriture ligneuse | 20201117 | 3189 |
| biopesticide peptide | BiopestPeptidV1 | Serveur d'exploration sur les peptides biopesticides | 20201119 | 6992 |
| plant defense peptide | -4300 | |||
| detoxification fungi | -4600 | |||
| plant immune receptor | -6600 | |||
| thaumatin | ThaumatinV1 | Serveur d'exploration Thomatine | 20201103 | 585 |
| Phanerochaete | PhanerochaeteV1 | Serveur d'exploration sur le phanerochaete | 20201113 | 1696 |
| poplar | PoplarV1 | Serveur d'exploration sur le peuplier | 20201103 | 7973 |
| Melampsora | MelampsoraV1 | Serveur d'exploration Melampsora | 20201103 | 223 |
| willow | WillowV1 | Serveur d'exploration sur le saule | 20201117 | 3902 |
| Phytophthora | -4800 | |||
| mitochondria plant redox | -1800 | |||
| chloroplast plant redox | -3800 | |||
| grapevine disease | GrapevineDiseaseV1 | Serveur d'exploration sur les maladies des plantes grimpantes | 20201118 | 1029 |
| plant pathogen transcriptome | -3000 | |||
| agrobacterium transient | -1000 | |||
| tree microbe interactions | TreeMicInterV1 | Serveur d'exploration sur les interactions arbre microorganisme | 20201119 | 296 |
| mycorrhizae | MycorrhizaeV1 | Serveur d'exploration sur la mycorhize | 20201118 | 6033 |
| phytophthora effector | PhytophthoraEffectorV1 | Serveur d'exploration sur les effecteurs du phytophthora | 20201110 | 305 |
| rust effector | RustEffectorV1 | Serveur d'exploration sur les effecteurs de la rouille | 20201110 | 162 |
| rust fungi genomics | -1100 | |||
| metal-binding protein plant | -550 |
