Espace Interactions Arbres Microorganismes/Serveurs : Différence entre versions
De Wicri Bois
imported>Jacques Ducloy (→Une première vague) |
imported>Jacques Ducloy (→Les demandes initiales) |
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| Ligne 126 : | Ligne 126 : | ||
|DetoxFungiV1 | |DetoxFungiV1 | ||
|[[Serveur d'exploration sur la détoxication des champignons]] | |[[Serveur d'exploration sur la détoxication des champignons]] | ||
| − | | | + | |20201120 |
| − | | | + | |4636 |
|- | |- | ||
|plant immune receptor | |plant immune receptor | ||
Version du 20 novembre 2020 à 16:27
Cette page présente les aspects techniques d'une expérimentation sur l'utilisation de serveurs d'exploration par une équipe de chercheurs.
Une trentaine de sujets ont été identifiés.
Sommaire
Les serveurs opérationnels
Cette section décrit les étapes de travail déjà réalisées.
Le premier serveur
La coopération a démarré par une présentation du réseau Wicri et des serveurs d'exploration. Plus précisément, Jacques Ducloy a notamment présenté à Benjamin Pêtre la génération rapide de serveurs PubMed en Santé (voir sur Wicri/Santé).
En fin de réunion, un essai d'application à une problématique du laboratoire a été lancé.
Une première vague
Suite à cette réunion, une liste de sujets a été élaborée par le laboratoire. Elle est présentée dans la section suivante.
A partir de cette liste les étapes suivantes ont été réalisées :
- Adaptation de la procédure mise au point pour la Santé à la thématique du Bois sur des corpus de faible taille.
- Serveur d'exploration Melampsora - tests de portage d'un protocole santé sur le bois
- Serveur d'exploration Thomatine - idem
- Serveur d'exploration sur les effecteurs de la rouille - idem
- Montée en charge volumétrique (le nombre donne la taille du corpus)
- Un test de génération sur le site lorexplor.istex.fr (au lieu d'une génération sur MacBook). Cet essai n'a pas été très satisfaisant.
- Un ensemble de génération en quelques heures:
- Vers la complétude
- Serveur d'exploration sur les interactions arbre microorganisme
- Serveur d'exploration sur les peptides biopesticides
- Serveur d'exploration sur la rapamycine et les champignons
- Serveur d'exploration sur les pucciniales
- Serveur d'exploration sur les protéines de liaison chez les plantes
- Serveur d'exploration Phytophthora
- Serveur d'exploration sur l'agrobacterium et la transgénèse
- Serveur d'exploration sur la détoxication des champignons
Les demandes initiales
Dans la colonne volume, les nombres négatifs indiquent la volume approximatif des serveurs à traiter.
Attention :
la traduction en français de requêtes a été réalisée par une personne totalement ignorante en biologie. Cette situation est temporaire et sera corrigée
Jacques Ducloy (discussion) 20 novembre 2020 à 15:34 (CET)
Jacques Ducloy (discussion) 20 novembre 2020 à 15:34 (CET)
| requête proposée | code | Serveur | date | volume | ISTEX |
|---|---|---|---|---|---|
| plant glutathione transferases | -5000 | ||||
| plant pathogen effector | -4000 | ||||
| rapamycin fungus | RapamycinFungusV1 | Serveur d'exploration sur la rapamycine et les champignons | 20201118 | 2761 | 744[1] |
| wood degradation fungi | -4700 | ||||
| rust fungi | RustFungiV1 | Serveur d'exploration sur les pucciniales | 20201120 | 2237 | 2995 |
| iron-sulfur cluster | -5000 | ||||
| glutaredoxin | GlutaredoxinV1 | Serveur d'exploration sur la glutarédoxine | 20201118 | 1988 | 3228 |
| sulfur transferase | -4700 | ||||
| white rot | WhiteRotV1 | Serveur d'exploration sur la pourriture ligneuse | 20201117 | 3189 | |
| biopesticide peptide | BiopestPeptidV1 | Serveur d'exploration sur les peptides biopesticides | 20201119 | 6992 | |
| plant defense peptide | -4300 | ||||
| detoxification fungi | DetoxFungiV1 | Serveur d'exploration sur la détoxication des champignons | 20201120 | 4636 | |
| plant immune receptor | -6600 | ||||
| thaumatin | ThaumatinV1 | Serveur d'exploration Thomatine | 20201103 | 585 | |
| Phanerochaete | PhanerochaeteV1 | Serveur d'exploration sur le phanerochaete | 20201113 | 1696 | |
| poplar | PoplarV1 | Serveur d'exploration sur le peuplier | 20201103 | 7973 | |
| Melampsora | MelampsoraV1 | Serveur d'exploration Melampsora | 20201103 | 223 | |
| willow | WillowV1 | Serveur d'exploration sur le saule | 20201117 | 3902 | |
| Phytophthora | PhytophthoraV1 | Serveur d'exploration Phytophthora | 20201120 | 4849 | |
| mitochondria plant redox | -1800 | ||||
| chloroplast plant redox | -3800 | ||||
| grapevine disease | GrapevineDiseaseV1 | Serveur d'exploration sur les maladies des plantes grimpantes | 20201118 | 1029 | |
| plant pathogen transcriptome | -3000 | ||||
| agrobacterium transient | AgrobacTransV1 | Serveur d'exploration sur l'agrobacterium et la transgénèse | 20201120 | 974 | |
| tree microbe interactions | TreeMicInterV1 | Serveur d'exploration sur les interactions arbre microorganisme | 20201119 | 296 | |
| mycorrhizae | MycorrhizaeV1 | Serveur d'exploration sur la mycorhize | 20201118 | 6033 | |
| phytophthora effector | PhytophthoraEffectorV1 | Serveur d'exploration sur les effecteurs du phytophthora | 20201110 | 305 | |
| rust effector | RustEffectorV1 | Serveur d'exploration sur les effecteurs de la rouille | 20201110 | 162 | |
| rust fungi genomics | -1100 | ||||
| metal-binding protein plant | MetalBindProtPlantV1 | Serveur d'exploration sur les protéines de liaison chez les plantes | 20201120 | 551 |
Récapitulatif numérique
Voir aussi
- Notes
- ↑ critère : rapamycin AND fungus
