Espace Interactions Arbres Microorganismes/Serveurs : Différence entre versions
De Wicri Bois
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Version du 19 novembre 2020 à 08:15
Cette page présente les aspects techniques d'une expérimentation sur l'utilisation de serveurs d'exploration par une équipe de chercheurs.
Une trentaine de sujets ont été identifiés.
Sommaire
Les serveurs opérationnels
Cette section décrit les étapes de travail déjà réalisées.
Le premier serveur
La coopération a démarré par une présentation du réseau Wicri et des serveurs d'exploration. Plus précisément, Jacques Ducloy a notamment présenté à Benjamin Pêtre la génération rapide de serveurs PubMed en Santé.
En fin de réunion, un essai d'application à une problématique du laboratoire a été lancé.
Une première vague
Cette liste est ordonnée par date de prise en compte par l'équipe technique :
- Serveur d'exploration Melampsora - tests de portage d'un protocole santé sur le bois
- Serveur d'exploration Thomatine - idem
- Serveur d'exploration sur les effecteurs de la rouille - idem
- Serveur d'exploration sur le phanerochaete - tests volumétriques
- Serveur d'exploration sur la pourriture ligneuse - idem
- Serveur d'exploration sur le saule - idem
- Serveur d'exploration sur les effecteurs du phytophthora - test génération sur site lorexplor
- Serveur d'exploration sur le peuplier - test volumétrique
Les demandes initiales
| requête proposée | code | Serveur | date | volume |
|---|---|---|---|---|
| plant glutathione transferases | -5000 | |||
| plant pathogen effector | -4000 | |||
| rapamycin fungus | -2700 | |||
| wood degradation fungi | -4700 | |||
| rust fungi | -2500 | |||
| iron-sulfur cluster | -5000 | |||
| glutaredoxin | GlutaredoxinV1 | Serveur d'exploration sur la glutarédoxine | 20201118 | 1988 |
| sulfur transferase | -4700 | |||
| white rot | WhiteRotV1 | Serveur d'exploration sur la pourriture ligneuse | 20201117 | 3189 |
| biopesticide peptide | peptides biopesticides | -6800 | ||
| plant defense peptide | -4300 | |||
| detoxification fungi | -4600 | |||
| plant immune receptor | -6600 | |||
| thaumatin | ThaumatinV1 | Serveur d'exploration Thomatine | 20201103 | 585 |
| Phanerochaete | PhanerochaeteV1 | Serveur d'exploration sur le phanerochaete | 20201113 | 1696 |
| poplar | PoplarV1 | Serveur d'exploration sur le peuplier | 20201103 | 7973 |
| Melampsora | MelampsoraV1 | Serveur d'exploration Melampsora | 20201103 | 223 |
| willow | WillowV1 | Serveur d'exploration sur le saule | 20201117 | 3902 |
| Phytophthora | -4800 | |||
| mitochondria plant redox | -1800 | |||
| chloroplast plant redox | -3800 | |||
| grapevine disease | GrapevineDiseaseV1 | Serveur d'exploration sur les maladies des plantes grimpantes | 20201118 | 1029 |
| plant pathogen transcriptome | -3000 | |||
| agrobacterium transient | -1000 | |||
| tree microbe interactions | -350 | |||
| mycorrhizae | MycorrhizaeV1 | Serveur d'exploration sur la mycorhize | 20201118 | 6033 |
| phytophthora effector | PhytophthoraEffectorV1 | Serveur d'exploration sur les effecteurs du phytophthora | 20201110 | 305 |
| rust effector | RustEffectorV1 | Serveur d'exploration sur les effecteurs de la rouille | 20201110 | 162 |
| rust fungi genomics | -1100 | |||
| metal-binding protein plant | -550 |
