Discussion:Espace Interactions Arbres Microorganismes/Serveurs : Différence entre versions

De Wicri Bois
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<source>
 
<source>
−
NlmPubMedGetCorpusSize -q "tree microbe interactions"  
+
NlmPubMedGetCorpusSize -q '"rust"[All Fields] AND ("fungi"[MeSH Terms] OR "fungi"[All Fields] OR "fungus"[All Fields] OR "fungis"[All Fields] OR "microbiology"[MeSH Subheading] OR "microbiology"[All Fields]) AND ("genome"[MeSH Terms] OR "genome"[All Fields] OR "genomes"[All Fields] OR "genome s"[All Fields] OR "genomically"[All Fields] OR "genomics"[MeSH Terms] OR "genomics"[All Fields] OR "genomic"[All Fields])'
  
 
7974
 
7974
  
−
mkdir $WICRI_ROOT/Bois/explor/TreeMicInter.storage
+
mkdir $WICRI_ROOT/Bois/explor/RustFungiGenomicsV1.storage
  
−
cd $WICRI_ROOT/Bois/explor/TreeMicInter.storage
+
cd $WICRI_ROOT/Bois/explor/RustFungiGenomicsV1.storage
  
−
NlmPubMedExplorCorpus  -d TreeMicInterV1  \
+
NlmPubMedExplorCorpus  -d RustFungiGenomicsV1  \
−
           -q "tree microbe interactions" -s 8000    \
+
           -q '"rust"[All Fields] AND ("fungi"[MeSH Terms] OR "fungi"[All Fields] OR "fungus"[All Fields] OR "fungis"[All Fields] OR "microbiology"[MeSH Subheading] OR "microbiology"[All Fields]) AND ("genome"[MeSH Terms] OR "genome"[All Fields] OR "genomes"[All Fields] OR "genome s"[All Fields] OR "genomically"[All Fields] OR "genomics"[MeSH Terms] OR "genomics"[All Fields] OR "genomic"[All Fields])'  -s 8000    \
 
           -l  wicri-bois.fr -p Bois \
 
           -l  wicri-bois.fr -p Bois \
−
           -t "Serveur d'exploration sur les interactions arbre microorganisme"
+
           -t "Serveur d'exploration sur la génomique des pucciniales"
 
</source>
 
</source>
  
  
 
<source>
 
<source>
−
NlmPubMedGetCorpusSize -q glutaredoxin
+
NlmPubMedGetCorpusSize -d -q '("biological control agents"[MeSH Terms] OR ("biological"[All Fields] AND "control"[All Fields] AND "agents"[All Fields]) OR "biological control agents"[All Fields] OR "biopesticides"[All Fields] OR "biopesticidal"[All Fields] OR "biopesticide"[All Fields]) AND ("peptid"[All Fields] OR "peptidal"[All Fields] OR "peptide s"[All Fields] OR "peptides"[MeSH Terms] OR "peptides"[All Fields] OR "peptide"[All Fields] OR "peptidic"[All Fields])'
  
 
1989
 
1989
  
−
mkdir $WICRI_ROOT/Bois/explor/Glutaredoxin.storage
+
mkdir $WICRI_ROOT/Bois/explor/BiopestPeptid.storage
  
−
cd $WICRI_ROOT/Bois/explor/Glutaredoxin.storage
+
cd $WICRI_ROOT/Bois/explor//BiopestPeptid.storage
  
−
NlmPubMedExplorCorpus  -d GlutaredoxinV1 \
+
NlmPubMedExplorCorpus  -d BiopestPeptidV1 \
−
           -q glutaredoxin -s 2000   \
+
           -q '("biological control agents"[MeSH Terms] OR ("biological"[All Fields] AND "control"[All Fields] AND "agents"[All Fields]) OR "biological control agents"[All Fields] OR "biopesticides"[All Fields] OR "biopesticidal"[All Fields] OR "biopesticide"[All Fields]) AND ("peptid"[All Fields] OR "peptidal"[All Fields] OR "peptide s"[All Fields] OR "peptides"[MeSH Terms] OR "peptides"[All Fields] OR "peptide"[All Fields] OR "peptidic"[All Fields])' -s 7000   \
 
           -l  wicri-bois.fr -p Bois \
 
           -l  wicri-bois.fr -p Bois \
−
           -t "Serveur d'exploration sur la glutarédoxine"
+
           -t "Serveur d'exploration sur les peptides biopesticides"
 
</source>
 
</source>
  
  
 
<source>
 
<source>
−
NlmPubMedGetCorpusSize -q mycorrhizae
+
NlmPubMedGetCorpusSize -q '("rapamycin s"[All Fields] OR "rapamycine"[All Fields] OR "rapamycins"[All Fields] OR "sirolimus"[MeSH Terms] OR "sirolimus"[All Fields] OR "rapamycin"[All Fields]) AND ("fungi"[MeSH Terms] OR "fungi"[All Fields] OR "fungus"[All Fields] OR "fungis"[All Fields] OR "microbiology"[MeSH Subheading] OR "microbiology"[All Fields])'
  
 
6033
 
6033
  
−
mkdir $WICRI_ROOT/Bois/explor/Mycorrhizae.storage
+
mkdir $WICRI_ROOT/Bois/explor/RapamycinFungus.storage
  
−
cd $WICRI_ROOT/Bois/explor/Mycorrhizae.storage
+
cd $WICRI_ROOT/Bois/explor/RapamycinFungus.storage
  
−
NlmPubMedExplorCorpus  -d MycorrhizaeV1 \
+
NlmPubMedExplorCorpus  -d RapamycinFungusV1 \
−
           -q mycorrhizae -s 6500   \
+
           -q '("rapamycin s"[All Fields] OR "rapamycine"[All Fields] OR "rapamycins"[All Fields] OR "sirolimus"[MeSH Terms] OR "sirolimus"[All Fields] OR "rapamycin"[All Fields]) AND ("fungi"[MeSH Terms] OR "fungi"[All Fields] OR "fungus"[All Fields] OR "fungis"[All Fields] OR "microbiology"[MeSH Subheading] OR "microbiology"[All Fields])' -s 3500   \
 
           -l  wicri-bois.fr -p Bois \
 
           -l  wicri-bois.fr -p Bois \
−
           -t "Serveur d'exploration sur la mycorhize"
+
           -t "Serveur d'exploration sur la rapamycine et les champignons"
 +
</source>
 +
===Volumétrie croissante===
 +
;cas simple:
 +
<source>
 +
NlmPubMedGetCorpusSize -q "wood degradation fungi"
 +
 
 +
mkdir $WICRI_ROOT/Bois/explor/WoodDegFungi.storage
 +
 
 +
cd $WICRI_ROOT/Bois/explor/WoodDegFungi.storage
 +
 
 +
NlmPubMedExplorCorpus  -d WoodDegFungiV1  \
 +
          -q "wood degradation fungi" -s 250    \
 +
          -l  wicri-bois.fr -p Bois \
 +
          -t "Serveur d'exploration sur les champignons de dégradation du bois"
 +
</source>
 +
 
 +
<source>
 +
NlmPubMedGetCorpusSize -q "plant glutathione transferases "
 +
 
 +
mkdir $WICRI_ROOT/Bois/explor/PlantGlutaTrans.storage
 +
 
 +
cd $WICRI_ROOT/Bois/explor/PlantGlutaTrans.storage
 +
 
 +
NlmPubMedExplorCorpus  -d PlantGlutaTransV1  \
 +
          -q "plant glutathione transferases" -s 250    \
 +
          -l  wicri-bois.fr -p Bois \
 +
          -t "Serveur d'exploration Glutathion S-transférase végétale"
 
</source>
 
</source>
  
 +
;cas complexe:réécriture de la requête
 
<source>
 
<source>
−
NlmPubMedGetCorpusSize -q "grapevine disease"  
+
NlmPubMedGetCorpusSize -q '("plant s"[All Fields] OR "planted"[All Fields] OR "planting"[All Fields] OR "plantings"[All Fields] OR "plants"[MeSH Terms] OR "plants"[All Fields] OR "plant"[All Fields]) AND ("pathogen"[All Fields] OR "pathogen s"[All Fields] OR "pathogene"[All Fields] OR "pathogenes"[All Fields] OR "pathogenic"[All Fields] OR "pathogenically"[All Fields] OR "pathogenicities"[All Fields] OR "pathogenicity"[MeSH Subheading] OR "pathogenicity"[All Fields] OR "virulence"[MeSH Terms] OR "virulence"[All Fields] OR "pathogenity"[All Fields] OR "pathogenous"[All Fields] OR "pathogens"[All Fields]) AND ("effector"[All Fields] OR "effectors"[All Fields])'
  
 
1029
 
1029
  
−
mkdir $WICRI_ROOT/Bois/explor/GrapevineDisease.storage
+
mkdir $WICRI_ROOT/Bois/explor/PlantPathoEff.storage
  
−
cd $WICRI_ROOT/Bois/explor/GrapevineDisease.storage
+
cd $WICRI_ROOT/Bois/explor/PlantPathoEff.storage
  
−
NlmPubMedExplorCorpus  -d GrapevineDiseaseV1 \
+
NlmPubMedExplorCorpus  -d PlantPathoEffV1 \
−
          -q "grapevine disease" -s 2000   \
+
        -q '("plant s"[All Fields] OR "planted"[All Fields] OR "planting"[All Fields] OR "plantings"[All Fields] OR "plants"[MeSH Terms] OR "plants"[All Fields] OR "plant"[All Fields]) AND ("pathogen"[All Fields] OR "pathogen s"[All Fields] OR "pathogene"[All Fields] OR "pathogenes"[All Fields] OR "pathogenic"[All Fields] OR "pathogenically"[All Fields] OR "pathogenicities"[All Fields] OR "pathogenicity"[MeSH Subheading] OR "pathogenicity"[All Fields] OR "virulence"[MeSH Terms] OR "virulence"[All Fields] OR "pathogenity"[All Fields] OR "pathogenous"[All Fields] OR "pathogens"[All Fields]) AND ("effector"[All Fields] OR "effectors"[All Fields])' -s 250   \
 
           -l  wicri-bois.fr -p Bois \
 
           -l  wicri-bois.fr -p Bois \
−
           -t "Serveur d'exploration sur les maladies des plantes grimpantes"
+
           -t "Serveur d'exploration sur les effecteurs de phytopathogènes"
 
</source>
 
</source>

Version actuelle datée du 21 novembre 2020 à 15:38

Protocole

  • définir la séquence d'appel (ci dessous)
  • générer le serveur sur machine développement
  • installer les pages wikis
  • installer les fichiers
  • mettre à jour l'en-tête et la page serveur
  • mettre à jour Modèle:Wicri Bois lien serveur

Modèle de paramétrage

Sur machine locale (mac)

cd $WICRI_ROOT/Bois/explor/Thaumatin.storage

NlmPubMedExplorCorpus  -d ThaumatinV1  \
          -q "thaumatin" -s 2000    \
          -l  wicri-bois.fr -p Bois \
          -t "Serveur d'exploration Thomatine"


NlmPubMedGetCorpusSize -q '"rust effector*"'

cd $WICRI_ROOT/Bois/explor/RustEffector.storage

NlmPubMedExplorCorpus  -d RustEffectorV1  \
          -q '"rust effector*"' -s 2000    \
          -l  wicri-bois.fr -p Bois \
          -t "Serveur d'exploration sur les effecteurs de la rouille "


NlmPubMedGetCorpusSize -q phanerochaete

cd $WICRI_ROOT/Bois/explor/Phanerochaete.storage

NlmPubMedExplorCorpus  -d PhanerochaeteV1  \
          -q Phanerochaete -s 2000    \
          -l  wicri-bois.fr -p Bois \
          -t "Serveur d'exploration sur le phanerochaete"


NlmPubMedGetCorpusSize -q "white rot"

cd $WICRI_ROOT/Bois/explor/WhiteRot.storage

NlmPubMedExplorCorpus  -d WhiteRotV1  \
          -q "white rot" -s 4000    \
          -l  wicri-bois.fr -p Bois \
          -t "Serveur d'exploration sur la pourriture ligneuse"


NlmPubMedGetCorpusSize -q willow

cd $WICRI_ROOT/Bois/explor/Willow.storage

NlmPubMedExplorCorpus  -d WillowV1  \
          -q willow -s 5000    \
          -l  wicri-bois.fr -p Bois \
          -t "Serveur d'exploration sur le saule"

Sur VM LorExplor

NlmPubMedGetCorpusSize -q "phytophthora effector"


mkdir $WICRI_ROOT/Bois/explor/PhytophthoraEffector.storage

cd $WICRI_ROOT/Bois/explor/PhytophthoraEffector.storage

NlmPubMedExplorCorpus  -d "PhytophthoraEffectorV1"  \
          -q "phytophthora effector" -s 5000    \
          -l  wicri-bois.fr -p Bois \
          -t "Serveur d'exploration sur les effecteurs du phytophthora"

Retour machine locale

NlmPubMedGetCorpusSize -q '"rust"[All Fields] AND ("fungi"[MeSH Terms] OR "fungi"[All Fields] OR "fungus"[All Fields] OR "fungis"[All Fields] OR "microbiology"[MeSH Subheading] OR "microbiology"[All Fields]) AND ("genome"[MeSH Terms] OR "genome"[All Fields] OR "genomes"[All Fields] OR "genome s"[All Fields] OR "genomically"[All Fields] OR "genomics"[MeSH Terms] OR "genomics"[All Fields] OR "genomic"[All Fields])'

7974

mkdir $WICRI_ROOT/Bois/explor/RustFungiGenomicsV1.storage

cd $WICRI_ROOT/Bois/explor/RustFungiGenomicsV1.storage

NlmPubMedExplorCorpus  -d RustFungiGenomicsV1   \
          -q '"rust"[All Fields] AND ("fungi"[MeSH Terms] OR "fungi"[All Fields] OR "fungus"[All Fields] OR "fungis"[All Fields] OR "microbiology"[MeSH Subheading] OR "microbiology"[All Fields]) AND ("genome"[MeSH Terms] OR "genome"[All Fields] OR "genomes"[All Fields] OR "genome s"[All Fields] OR "genomically"[All Fields] OR "genomics"[MeSH Terms] OR "genomics"[All Fields] OR "genomic"[All Fields])'   -s 8000    \
          -l  wicri-bois.fr -p Bois \
          -t "Serveur d'exploration sur la génomique des pucciniales"


NlmPubMedGetCorpusSize -d -q '("biological control agents"[MeSH Terms] OR ("biological"[All Fields] AND "control"[All Fields] AND "agents"[All Fields]) OR "biological control agents"[All Fields] OR "biopesticides"[All Fields] OR "biopesticidal"[All Fields] OR "biopesticide"[All Fields]) AND ("peptid"[All Fields] OR "peptidal"[All Fields] OR "peptide s"[All Fields] OR "peptides"[MeSH Terms] OR "peptides"[All Fields] OR "peptide"[All Fields] OR "peptidic"[All Fields])'

1989

mkdir $WICRI_ROOT/Bois/explor/BiopestPeptid.storage

cd $WICRI_ROOT/Bois/explor//BiopestPeptid.storage

NlmPubMedExplorCorpus  -d BiopestPeptidV1  \
          -q '("biological control agents"[MeSH Terms] OR ("biological"[All Fields] AND "control"[All Fields] AND "agents"[All Fields]) OR "biological control agents"[All Fields] OR "biopesticides"[All Fields] OR "biopesticidal"[All Fields] OR "biopesticide"[All Fields]) AND ("peptid"[All Fields] OR "peptidal"[All Fields] OR "peptide s"[All Fields] OR "peptides"[MeSH Terms] OR "peptides"[All Fields] OR "peptide"[All Fields] OR "peptidic"[All Fields])' -s 7000    \
          -l  wicri-bois.fr -p Bois \
          -t "Serveur d'exploration sur les peptides biopesticides"


NlmPubMedGetCorpusSize -q '("rapamycin s"[All Fields] OR "rapamycine"[All Fields] OR "rapamycins"[All Fields] OR "sirolimus"[MeSH Terms] OR "sirolimus"[All Fields] OR "rapamycin"[All Fields]) AND ("fungi"[MeSH Terms] OR "fungi"[All Fields] OR "fungus"[All Fields] OR "fungis"[All Fields] OR "microbiology"[MeSH Subheading] OR "microbiology"[All Fields])'

6033

mkdir $WICRI_ROOT/Bois/explor/RapamycinFungus.storage

cd $WICRI_ROOT/Bois/explor/RapamycinFungus.storage

NlmPubMedExplorCorpus  -d RapamycinFungusV1  \
          -q '("rapamycin s"[All Fields] OR "rapamycine"[All Fields] OR "rapamycins"[All Fields] OR "sirolimus"[MeSH Terms] OR "sirolimus"[All Fields] OR "rapamycin"[All Fields]) AND ("fungi"[MeSH Terms] OR "fungi"[All Fields] OR "fungus"[All Fields] OR "fungis"[All Fields] OR "microbiology"[MeSH Subheading] OR "microbiology"[All Fields])' -s 3500    \
          -l  wicri-bois.fr -p Bois \
          -t "Serveur d'exploration sur la rapamycine et les champignons"

Volumétrie croissante

cas simple
NlmPubMedGetCorpusSize -q "wood degradation fungi"

mkdir $WICRI_ROOT/Bois/explor/WoodDegFungi.storage

cd $WICRI_ROOT/Bois/explor/WoodDegFungi.storage

NlmPubMedExplorCorpus  -d WoodDegFungiV1   \
          -q "wood degradation fungi" -s 250    \
          -l  wicri-bois.fr -p Bois \
          -t "Serveur d'exploration sur les champignons de dégradation du bois"
NlmPubMedGetCorpusSize -q "plant glutathione transferases "

mkdir $WICRI_ROOT/Bois/explor/PlantGlutaTrans.storage

cd $WICRI_ROOT/Bois/explor/PlantGlutaTrans.storage

NlmPubMedExplorCorpus  -d PlantGlutaTransV1   \
          -q "plant glutathione transferases" -s 250    \
          -l  wicri-bois.fr -p Bois \
          -t "Serveur d'exploration Glutathion S-transférase végétale"
cas complexe
réécriture de la requête
NlmPubMedGetCorpusSize -q '("plant s"[All Fields] OR "planted"[All Fields] OR "planting"[All Fields] OR "plantings"[All Fields] OR "plants"[MeSH Terms] OR "plants"[All Fields] OR "plant"[All Fields]) AND ("pathogen"[All Fields] OR "pathogen s"[All Fields] OR "pathogene"[All Fields] OR "pathogenes"[All Fields] OR "pathogenic"[All Fields] OR "pathogenically"[All Fields] OR "pathogenicities"[All Fields] OR "pathogenicity"[MeSH Subheading] OR "pathogenicity"[All Fields] OR "virulence"[MeSH Terms] OR "virulence"[All Fields] OR "pathogenity"[All Fields] OR "pathogenous"[All Fields] OR "pathogens"[All Fields]) AND ("effector"[All Fields] OR "effectors"[All Fields])'

1029

mkdir $WICRI_ROOT/Bois/explor/PlantPathoEff.storage

cd $WICRI_ROOT/Bois/explor/PlantPathoEff.storage

NlmPubMedExplorCorpus  -d PlantPathoEffV1  \
         -q '("plant s"[All Fields] OR "planted"[All Fields] OR "planting"[All Fields] OR "plantings"[All Fields] OR "plants"[MeSH Terms] OR "plants"[All Fields] OR "plant"[All Fields]) AND ("pathogen"[All Fields] OR "pathogen s"[All Fields] OR "pathogene"[All Fields] OR "pathogenes"[All Fields] OR "pathogenic"[All Fields] OR "pathogenically"[All Fields] OR "pathogenicities"[All Fields] OR "pathogenicity"[MeSH Subheading] OR "pathogenicity"[All Fields] OR "virulence"[MeSH Terms] OR "virulence"[All Fields] OR "pathogenity"[All Fields] OR "pathogenous"[All Fields] OR "pathogens"[All Fields]) AND ("effector"[All Fields] OR "effectors"[All Fields])' -s 250    \
          -l  wicri-bois.fr -p Bois \
          -t "Serveur d'exploration sur les effecteurs de phytopathogènes"
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