Discussion:Espace Interactions Arbres Microorganismes/Serveurs

Protocole

• définir la séquence d'appel (ci dessous)
• générer le serveur sur machine développement
• installer les pages wikis
• installer les fichiers
• mettre à jour l'en-tête et la page serveur
• mettre à jour Modèle:Wicri Bois lien serveur

Modèle de paramétrage

Sur machine locale (mac)

cd $WICRI_ROOT/Bois/explor/Thaumatin.storage

NlmPubMedExplorCorpus  -d ThaumatinV1  \
          -q "thaumatin" -s 2000    \
          -l  wicri-bois.fr -p Bois \
          -t "Serveur d'exploration Thomatine"

NlmPubMedGetCorpusSize -q '"rust effector*"'

cd $WICRI_ROOT/Bois/explor/RustEffector.storage

NlmPubMedExplorCorpus  -d RustEffectorV1  \
          -q '"rust effector*"' -s 2000    \
          -l  wicri-bois.fr -p Bois \
          -t "Serveur d'exploration sur les effecteurs de la rouille "

NlmPubMedGetCorpusSize -q phanerochaete

cd $WICRI_ROOT/Bois/explor/Phanerochaete.storage

NlmPubMedExplorCorpus  -d PhanerochaeteV1  \
          -q Phanerochaete -s 2000    \
          -l  wicri-bois.fr -p Bois \
          -t "Serveur d'exploration sur le phanerochaete"

NlmPubMedGetCorpusSize -q "white rot"

cd $WICRI_ROOT/Bois/explor/WhiteRot.storage

NlmPubMedExplorCorpus  -d WhiteRotV1  \
          -q "white rot" -s 4000    \
          -l  wicri-bois.fr -p Bois \
          -t "Serveur d'exploration sur la pourriture ligneuse"

NlmPubMedGetCorpusSize -q willow

cd $WICRI_ROOT/Bois/explor/Willow.storage

NlmPubMedExplorCorpus  -d WillowV1  \
          -q willow -s 5000    \
          -l  wicri-bois.fr -p Bois \
          -t "Serveur d'exploration sur le saule"

Sur VM LorExplor

NlmPubMedGetCorpusSize -q "phytophthora effector"


mkdir $WICRI_ROOT/Bois/explor/PhytophthoraEffector.storage

cd $WICRI_ROOT/Bois/explor/PhytophthoraEffector.storage

NlmPubMedExplorCorpus  -d "PhytophthoraEffectorV1"  \
          -q "phytophthora effector" -s 5000    \
          -l  wicri-bois.fr -p Bois \
          -t "Serveur d'exploration sur les effecteurs du phytophthora"

Retour machine locale

NlmPubMedGetCorpusSize -q "biopesticide peptide" 

7974

mkdir $WICRI_ROOT/Bois/explor/TreeMicInter.storage

cd $WICRI_ROOT/Bois/explor/TreeMicInter.storage

NlmPubMedExplorCorpus  -d TreeMicInterV1  \
          -q "(tree OR trees) AND (microbe OR microbic OR microbes) AND (interaction OR interactions OR interactivity OR interacts OR interactive)"   -s 8000    \
          -l  wicri-bois.fr -p Bois \
          -t "Serveur d'exploration sur les interactions arbre microorganisme"

NlmPubMedGetCorpusSize -q glutaredoxin

1989

mkdir $WICRI_ROOT/Bois/explor/Glutaredoxin.storage

cd $WICRI_ROOT/Bois/explor/Glutaredoxin.storage

NlmPubMedExplorCorpus  -d GlutaredoxinV1  \
          -q glutaredoxin -s 2000    \
          -l  wicri-bois.fr -p Bois \
          -t "Serveur d'exploration sur la glutarédoxine"

NlmPubMedGetCorpusSize -q mycorrhizae

6033

mkdir $WICRI_ROOT/Bois/explor/Mycorrhizae.storage

cd $WICRI_ROOT/Bois/explor/Mycorrhizae.storage

NlmPubMedExplorCorpus  -d MycorrhizaeV1  \
          -q mycorrhizae -s 6500    \
          -l  wicri-bois.fr -p Bois \
          -t "Serveur d'exploration sur la mycorhize"

NlmPubMedGetCorpusSize -q "grapevine disease" 

1029

mkdir $WICRI_ROOT/Bois/explor/GrapevineDisease.storage

cd $WICRI_ROOT/Bois/explor/GrapevineDisease.storage

NlmPubMedExplorCorpus  -d GrapevineDiseaseV1  \
          -q "grapevine disease" -s 2000    \
          -l  wicri-bois.fr -p Bois \
          -t "Serveur d'exploration sur les maladies des plantes grimpantes"