Espace Interactions Arbres Microorganismes/Serveurs : Différence entre versions

De Wicri Bois
imported>Jacques Ducloy
(→‎En cours de préparation)
imported>Jacques Ducloy
(→‎Serveurs complémentaires)
 
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{{InraeLorIam/En-tête|serveur=no}}
 
{{InraeLorIam/En-tête|serveur=no}}
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==Le premier serveur==
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Cette page présente les aspects techniques d'une expérimentation sur l'utilisation de serveurs d'exploration par une équipe de chercheurs.
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Une trentaine de sujets ont été identifiés.
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==Les serveurs opérationnels==
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Cette section décrit les étapes de travail déjà réalisées.
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===Le premier serveur===
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La coopération a démarré par une présentation du réseau Wicri et des serveurs d'exploration. Plus précisément, Jacques Ducloy a notamment présenté à Benjamin Pêtre la génération rapide de serveurs PubMed en Santé (''[[wicri-sante.fr:Serveur d'exploration|voir sur Wicri/Santé]]'').
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En fin de réunion, un essai d'application à une problématique du laboratoire a été lancé.
 
* [[Serveur d'exploration sur la rouille du peuplier]]
 
* [[Serveur d'exploration sur la rouille du peuplier]]
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==Les demandes des chercheurs==
 
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Cette liste est ordonnée par date de prise en compte par l'équipe technique :
 
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* [[Serveur d'exploration Melampsora]] - ''tests de portage d'un protocole santé sur le bois ''
 
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* [[Serveur d'exploration Thomatine]] - ''idem''
 
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* [[Serveur d'exploration sur les effecteurs de la rouille ]] - ''idem''
 
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* [[Serveur d'exploration sur le phanerochaete]] - ''tests volumétriques''
 
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* [[Serveur d'exploration sur la pourriture ligneuse]] - ''idem''
 
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* [[Serveur d'exploration sur le saule]] - ''idem''
 
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* [[Serveur d'exploration sur les effecteurs du phytophthora]] - '' test génération sur site lorexplor''
 
  
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==En cours de préparation==
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===Une première vague===
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A faire :
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Suite à cette réunion, une liste de sujets a été élaborée par le laboratoire. Elle est présentée dans la section suivante.
−
* plant glutathione transferases / 5000
 
−
* plant pathogen effector / 4200
 
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* rapamycin fungus / 2700
 
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* wood degradation fungi / 4700
 
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* iron-sulfur cluster / 5000
 
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* glutaredoxin
 
−
* sulfur transferase
 
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* biopesticide peptide
 
−
*plant defense peptide
 
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* detoxification fungi
 
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* plant immune receptor
 
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* mitochondria plant redox
 
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* chloroplast plant redox
 
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* grapevine disease
 
−
* plant pathogen transcriptome
 
  
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A partir de cette liste les étapes suivantes ont été réalisées :
  
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En cours :
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#Adaptation de la procédure mise au point pour la Santé à la thématique du Bois sur des corpus de faible taille.
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* [[Serveur d'exploration sur le peuplier]] - ''idem''
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#* [[Serveur d'exploration Melampsora]] - ''tests de portage d'un protocole santé sur le bois ''
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#* [[Serveur d'exploration Thomatine]] - ''idem''
 +
#* [[Serveur d'exploration sur les effecteurs de la rouille ]] - ''idem''
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#Montée en charge volumétrique (le nombre donne la taille du corpus)
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#* 1600 : [[Serveur d'exploration sur le phanerochaete]]
 +
#* 3200 : [[Serveur d'exploration sur la pourriture ligneuse]]
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#* 3900 : [[Serveur d'exploration sur le saule]]
 +
#* 8000 :[[Serveur d'exploration sur le peuplier]]  
 +
#Un test de génération sur le site lorexplor.istex.fr (au lieu d'une génération sur MacBook). Cet essai n'a pas été très satisfaisant.
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#* [[Serveur d'exploration sur les effecteurs du phytophthora]]
 +
#Un ensemble de génération en quelques heures:
 +
#*[[Serveur d'exploration sur la glutarédoxine]]
 +
#*[[Serveur d'exploration sur les maladies des plantes grimpantes]]
 +
#* [[Serveur d'exploration sur la mycorhize]]
 +
#* [[Serveur d'exploration sur les effecteurs du phytophthora]]
 +
#Vers la complétude
 +
#* [[Serveur d'exploration sur les interactions arbre microorganisme]]
 +
#* [[Serveur d'exploration sur les peptides biopesticides]]
 +
#* [[Serveur d'exploration sur la rapamycine et les champignons]]
 +
#* [[Serveur d'exploration sur les pucciniales]]
 +
#* [[Serveur d'exploration sur les protéines de liaison chez les plantes]]
 +
#* [[Serveur d'exploration Phytophthora]]
 +
#* [[Serveur d'exploration sur l'agrobacterium et la transgénèse]]
 +
#* [[Serveur d'exploration sur la détoxication des champignons]]
 +
#* [[Serveur d'exploration sur la génomique des pucciniales]]
 +
#Limité à 250 (avant transfert de machine virtuelle)
 +
#* [[Serveur d'exploration sur le transcriptome phytopathogène]]
 +
#* [[Serveur d'exploration Glutathion S-transférase végétale]]
 +
#* [[Serveur d'exploration sur les effecteurs de phytopathogènes]]
 +
#* [[Serveur d'exploration sur les champignons de dégradation du bois]]
 +
#* [[Serveur d'exploration cluster fer-soufre]]
 +
#* [[Serveur d'exploration Sulfur Transférase]]
 +
#* [[Serveur d'exploration sur les peptides de défense des plantes]]
 +
#* [[Serveur d'exploration sur les récepteurs immunitaires végétaux]]
 +
#* [[Serveur d'exploration sur les mitochondries dans l'oxydoréduction chez les plantes]]
 +
#* [[Serveur d'exploration sur les chloroplastes dans l'oxydoréduction chez les plantes]]
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==Les demandes initiales==
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Dans la colonne volume, les nombres négatifs indiquent la volume approximatif des serveurs à traiter.
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{{Avertissement|la traduction en français de requêtes a été réalisée par une personne totalement ignorante en biologie. Cette situation est temporaire et sera corrigée<br/> [[Utilisateur:Jacques Ducloy|Jacques Ducloy]] ([[Discussion utilisateur:Jacques Ducloy|discussion]]) 20 novembre 2020 à 15:34 (CET) }}
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{{Avertissement|la taille des 10 derniers serveurs est limitée à 250 (la volumétrie visée est donnée entre parenthèses)}}
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{| class="wikitable sortable"
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|-
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!requête proposée
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!code
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!Serveur
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!date
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!volume
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!ISTEX
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|-
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|plant glutathione transferases
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|PlantGlutaTransV1
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|[[Serveur d'exploration Glutathion S-transférase végétale]]
 +
|20201121
 +
|250 (5000)
 +
|-
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|plant pathogen effector
 +
|PlantPathoEffV1
 +
|[[Serveur d'exploration sur les effecteurs de phytopathogènes]]
 +
|20201121
 +
|250 (4000)
 +
|-
 +
|rapamycin fungus
 +
|RapamycinFungusV1
 +
|[[Serveur d'exploration sur la rapamycine et les champignons]]
 +
|20201118
 +
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|744<ref>critère : rapamycin AND fungus</ref>
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|-
 +
|wood degradation fungi
 +
|WoodDegFungi
 +
|[[Serveur d'exploration sur les champignons de dégradation du bois]]
 +
|20201121
 +
|250 (4700)
 +
|-
 +
|rust fungi
 +
|RustFungiV1
 +
|[[Serveur d'exploration sur les pucciniales]]
 +
|20201120
 +
|2237
 +
|2995
 +
|-
 +
|iron-sulfur cluster
 +
|IronSulferCluV1
 +
|[[Serveur d'exploration cluster fer-soufre]]
 +
|20201121
 +
|250 (5000)
 +
|-
 +
|glutaredoxin
 +
|GlutaredoxinV1
 +
|[[Serveur d'exploration sur la glutarédoxine]]
 +
|20201118
 +
|1988
 +
|3228
 +
|-
 +
|sulfur transferase
 +
|SulfurTransferaseV1
 +
|[[Serveur d'exploration Sulfur Transférase]]
 +
|20201121
 +
|250 (4700)
 +
|-
 +
|white rot
 +
|WhiteRotV1
 +
|[[Serveur d'exploration sur la pourriture ligneuse]]
 +
|20201117
 +
|3189
 +
|-
 +
|biopesticide peptide
 +
|BiopestPeptidV1
 +
|[[Serveur d'exploration sur les peptides biopesticides]]
 +
|20201119
 +
|6992
 +
|-
 +
|plant defense peptide
 +
|PlantDefPeptideV1
 +
|[[Serveur d'exploration sur les peptides de défense des plantes]]
 +
|20201121
 +
|250 (4300)
 +
|-
 +
|detoxification fungi
 +
|DetoxFungiV1
 +
|[[Serveur d'exploration sur la détoxication des champignons]]
 +
|20201120
 +
|4636
 +
|-
 +
|plant immune receptor
 +
|PlantImRecepV1
 +
|[[Serveur d'exploration sur les récepteurs immunitaires végétaux]]
 +
|20201121
 +
|250 (6600)
 +
|-
 +
|thaumatin
 +
|ThaumatinV1
 +
|[[Serveur d'exploration Thomatine]]
 +
|20201103
 +
|585
 +
|-
 +
|Phanerochaete
 +
|PhanerochaeteV1
 +
|[[Serveur d'exploration sur le phanerochaete]]
 +
|20201113
 +
|1696
 +
|-
 +
|poplar
 +
|PoplarV1
 +
|[[Serveur d'exploration sur le peuplier]]
 +
|20201103
 +
|7973
 +
|-
 +
|Melampsora
 +
|MelampsoraV1
 +
|[[Serveur d'exploration Melampsora]]
 +
|20201103
 +
|223
 +
|-
 +
|willow
 +
|WillowV1
 +
|[[Serveur d'exploration sur le saule]]
 +
|20201117
 +
|3902
 +
|-
 +
|Phytophthora
 +
|PhytophthoraV1
 +
|[[Serveur d'exploration Phytophthora]]
 +
|20201120
 +
|4849
 +
|-
 +
|mitochondria plant redox
 +
|MitoPlantRedoxV1
 +
|[[Serveur d'exploration sur les mitochondries dans l'oxydoréduction chez les plantes]]
 +
|20201121
 +
|250 (1800)
 +
|-
 +
|chloroplast plant redox
 +
|ChloroPlantRedoxV1
 +
|[[Serveur d'exploration sur les chloroplastes dans l'oxydoréduction chez les plantes]]
 +
|20201121
 +
|250 (3800)
 +
|-
 +
|grapevine disease
 +
|GrapevineDiseaseV1
 +
|[[Serveur d'exploration sur les maladies des plantes grimpantes]]
 +
|20201118
 +
|1029
 +
|-
 +
|plant pathogen transcriptome
 +
|PlantPathoTransV1
 +
|[[Serveur d'exploration sur le transcriptome phytopathogène]]
 +
|20201121
 +
|250 (3000)
 +
|-
 +
|agrobacterium transient
 +
|AgrobacTransV1
 +
|[[Serveur d'exploration sur l'agrobacterium et la transgénèse]]
 +
|20201120
 +
|974
 +
|-
 +
|tree microbe interactions
 +
|TreeMicInterV1
 +
|[[Serveur d'exploration sur les interactions arbre microorganisme]]
 +
|20201119
 +
|296
 +
|-
 +
|mycorrhizae
 +
|MycorrhizaeV1
 +
|[[Serveur d'exploration sur la mycorhize]]
 +
|20201118
 +
|6033
 +
|-
 +
|phytophthora effector
 +
|PhytophthoraEffectorV1
 +
|[[Serveur d'exploration sur les effecteurs du phytophthora]]
 +
|20201110
 +
|305
 +
|-
 +
|rust effector
 +
|RustEffectorV1
 +
|[[Serveur d'exploration sur les effecteurs de la rouille]]
 +
|20201110
 +
|162
 +
|-
 +
|rust fungi genomics
 +
|RustFungiGenomicsV1
 +
|[[Serveur d'exploration sur la génomique des pucciniales]]
 +
|20201120
 +
|1167
 +
|-
 +
|metal-binding protein plant
 +
|MetalBindProtPlantV1
 +
|[[Serveur d'exploration sur les protéines de liaison chez les plantes]]
 +
|20201120
 +
|551
 +
|-
 +
|}
 +
==Serveurs complémentaires==
 +
En préparation :
 +
* [[Serveur d'exploration Melampsora (ISTEX)]]
  
 
==Récapitulatif numérique==
 
==Récapitulatif numérique==
Ligne 39 : Ligne 261 :
 
{{#ask: [[Catégorie:Serveurs IAM]]
 
{{#ask: [[Catégorie:Serveurs IAM]]
 
| ?A pour taille PubMed = PubMed
 
| ?A pour taille PubMed = PubMed
 +
|?A pour volumétrie finale = Après curation
 +
|?A pour date de mise en lecture = Mise en lecture
 
}}
 
}}
 
</div>
 
</div>
 +
 +
==Voir aussi==
 +
;Notes:
 +
<references/>

Version actuelle datée du 24 novembre 2020 à 14:18

Cette page présente les aspects techniques d'une expérimentation sur l'utilisation de serveurs d'exploration par une équipe de chercheurs.

Une trentaine de sujets ont été identifiés.

Les serveurs opérationnels

Cette section décrit les étapes de travail déjà réalisées.

Le premier serveur

La coopération a démarré par une présentation du réseau Wicri et des serveurs d'exploration. Plus précisément, Jacques Ducloy a notamment présenté à Benjamin Pêtre la génération rapide de serveurs PubMed en Santé (voir sur Wicri/Santé).

En fin de réunion, un essai d'application à une problématique du laboratoire a été lancé.

Une première vague

Suite à cette réunion, une liste de sujets a été élaborée par le laboratoire. Elle est présentée dans la section suivante.

A partir de cette liste les étapes suivantes ont été réalisées :

  1. Adaptation de la procédure mise au point pour la Santé à la thématique du Bois sur des corpus de faible taille.
  2. Montée en charge volumétrique (le nombre donne la taille du corpus)
  3. Un test de génération sur le site lorexplor.istex.fr (au lieu d'une génération sur MacBook). Cet essai n'a pas été très satisfaisant.
  4. Un ensemble de génération en quelques heures:
  5. Vers la complétude
  6. Limité à 250 (avant transfert de machine virtuelle)


Les demandes initiales

Dans la colonne volume, les nombres négatifs indiquent la volume approximatif des serveurs à traiter.

Attention :
la traduction en français de requêtes a été réalisée par une personne totalement ignorante en biologie. Cette situation est temporaire et sera corrigée
Jacques Ducloy (discussion) 20 novembre 2020 à 15:34 (CET)
Attention :
la taille des 10 derniers serveurs est limitée à 250 (la volumétrie visée est donnée entre parenthèses)
requête proposée code Serveur date volume ISTEX
plant glutathione transferases PlantGlutaTransV1 Serveur d'exploration Glutathion S-transférase végétale 20201121 250 (5000)
plant pathogen effector PlantPathoEffV1 Serveur d'exploration sur les effecteurs de phytopathogènes 20201121 250 (4000)
rapamycin fungus RapamycinFungusV1 Serveur d'exploration sur la rapamycine et les champignons 20201118 2761 744[1]
wood degradation fungi WoodDegFungi Serveur d'exploration sur les champignons de dégradation du bois 20201121 250 (4700)
rust fungi RustFungiV1 Serveur d'exploration sur les pucciniales 20201120 2237 2995
iron-sulfur cluster IronSulferCluV1 Serveur d'exploration cluster fer-soufre 20201121 250 (5000)
glutaredoxin GlutaredoxinV1 Serveur d'exploration sur la glutarédoxine 20201118 1988 3228
sulfur transferase SulfurTransferaseV1 Serveur d'exploration Sulfur Transférase 20201121 250 (4700)
white rot WhiteRotV1 Serveur d'exploration sur la pourriture ligneuse 20201117 3189
biopesticide peptide BiopestPeptidV1 Serveur d'exploration sur les peptides biopesticides 20201119 6992
plant defense peptide PlantDefPeptideV1 Serveur d'exploration sur les peptides de défense des plantes 20201121 250 (4300)
detoxification fungi DetoxFungiV1 Serveur d'exploration sur la détoxication des champignons 20201120 4636
plant immune receptor PlantImRecepV1 Serveur d'exploration sur les récepteurs immunitaires végétaux 20201121 250 (6600)
thaumatin ThaumatinV1 Serveur d'exploration Thomatine 20201103 585
Phanerochaete PhanerochaeteV1 Serveur d'exploration sur le phanerochaete 20201113 1696
poplar PoplarV1 Serveur d'exploration sur le peuplier 20201103 7973
Melampsora MelampsoraV1 Serveur d'exploration Melampsora 20201103 223
willow WillowV1 Serveur d'exploration sur le saule 20201117 3902
Phytophthora PhytophthoraV1 Serveur d'exploration Phytophthora 20201120 4849
mitochondria plant redox MitoPlantRedoxV1 Serveur d'exploration sur les mitochondries dans l'oxydoréduction chez les plantes 20201121 250 (1800)
chloroplast plant redox ChloroPlantRedoxV1 Serveur d'exploration sur les chloroplastes dans l'oxydoréduction chez les plantes 20201121 250 (3800)
grapevine disease GrapevineDiseaseV1 Serveur d'exploration sur les maladies des plantes grimpantes 20201118 1029
plant pathogen transcriptome PlantPathoTransV1 Serveur d'exploration sur le transcriptome phytopathogène 20201121 250 (3000)
agrobacterium transient AgrobacTransV1 Serveur d'exploration sur l'agrobacterium et la transgénèse 20201120 974
tree microbe interactions TreeMicInterV1 Serveur d'exploration sur les interactions arbre microorganisme 20201119 296
mycorrhizae MycorrhizaeV1 Serveur d'exploration sur la mycorhize 20201118 6033
phytophthora effector PhytophthoraEffectorV1 Serveur d'exploration sur les effecteurs du phytophthora 20201110 305
rust effector RustEffectorV1 Serveur d'exploration sur les effecteurs de la rouille 20201110 162
rust fungi genomics RustFungiGenomicsV1 Serveur d'exploration sur la génomique des pucciniales 20201120 1167
metal-binding protein plant MetalBindProtPlantV1 Serveur d'exploration sur les protéines de liaison chez les plantes 20201120 551

Serveurs complémentaires

En préparation :

Récapitulatif numérique

 PubMedAprès curationMise en lecture
Serveur d'exploration Glutathion S-transférase végétale25025021 novembre 2020
Serveur d'exploration Melampsora2232233 novembre 2020
Serveur d'exploration Phytophthora4 8494 84920 novembre 2020
Serveur d'exploration Sulfur Transférase25025021 novembre 2020
Serveur d'exploration Thomatine5855853 novembre 2020
Serveur d'exploration cluster fer-soufre24924921 novembre 2020
Serveur d'exploration sur l'agrobacterium et la transgénèse97497420 novembre 2020
Serveur d'exploration sur la détoxication des champignons4 6324 63220 novembre 2020
Serveur d'exploration sur la glutarédoxine1 9881 98818 novembre 2020
Serveur d'exploration sur la génomique des pucciniales1 1671 16720 novembre 2020
Serveur d'exploration sur la mycorhize6 0336 03318 novembre 2020
Serveur d'exploration sur la pourriture ligneuse3 1893 18917 novembre 2020
Serveur d'exploration sur la rapamycine et les champignons2 7612 76119 novembre 2020
Serveur d'exploration sur la rouille du peuplier10910927 octobre 2020
Serveur d'exploration sur le peuplier7 9737 97318 novembre 2020
Serveur d'exploration sur le phanerochaete1 6961 69613 novembre 2020
Serveur d'exploration sur le saule3 9023 90217 novembre 2020
Serveur d'exploration sur le transcriptome phytopathogène25025021 novembre 2020
Serveur d'exploration sur les champignons de dégradation du bois24924921 novembre 2020
Serveur d'exploration sur les chloroplastes dans l'oxydoréduction chez les plantes25025021 novembre 2020
Serveur d'exploration sur les effecteurs de la rouille16216210 novembre 2020
Serveur d'exploration sur les effecteurs de phytopathogènes25025021 novembre 2020
Serveur d'exploration sur les effecteurs du phytophthora30530518 novembre 2020
Serveur d'exploration sur les interactions arbre microorganisme29629619 novembre 2020
Serveur d'exploration sur les maladies des plantes grimpantes1 0291 02918 novembre 2020
Serveur d'exploration sur les mitochondries dans l'oxydoréduction chez les plantes25025021 novembre 2020
Serveur d'exploration sur les peptides biopesticides6 9926 99219 novembre 2020
Serveur d'exploration sur les peptides de défense des plantes25025021 novembre 2020
Serveur d'exploration sur les protéines de liaison chez les plantes55155120 novembre 2020
Serveur d'exploration sur les pucciniales2 2372 23720 novembre 2020
Serveur d'exploration sur les récepteurs immunitaires végétaux25025021 novembre 2020

Voir aussi

Notes
  1. ↑ critère : rapamycin AND fungus
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