Voir la source de Espace Interactions Arbres Microorganismes/Serveurs

{{InraeLorIam/En-tête|serveur=no}}
Cette page présente les aspects techniques d'une expérimentation sur l'utilisation de serveurs d'exploration par une équipe de chercheurs.

Une trentaine de sujets ont été identifiés.
==Les serveurs opérationnels==
Cette section décrit les étapes de travail déjà réalisées.
===Le premier serveur===
La coopération a démarré par une présentation du réseau Wicri et des serveurs d'exploration. Plus précisément, Jacques Ducloy a notamment présenté à Benjamin Pêtre la génération rapide de serveurs PubMed en Santé (''[[wicri-sante.fr:Serveur d'exploration|voir sur Wicri/Santé]]'').

En fin de réunion, un essai d'application à une problématique du laboratoire a été lancé.
* [[Serveur d'exploration sur la rouille du peuplier]]

===Une première vague===
Suite à cette réunion, une liste de sujets a été élaborée par le laboratoire. Elle est présentée dans la section suivante.

A partir de cette liste les étapes suivantes ont été réalisées :

#Adaptation de la procédure mise au point pour la Santé à la thématique du Bois sur des corpus de faible taille. 
#* [[Serveur d'exploration Melampsora]] - ''tests de portage d'un protocole santé sur le bois ''
#* [[Serveur d'exploration Thomatine]] - ''idem''
#* [[Serveur d'exploration sur les effecteurs de la rouille ]] - ''idem''
#Montée en charge volumétrique (le nombre donne la taille du corpus)
#* 1600 : [[Serveur d'exploration sur le phanerochaete]] 
#* 3200 : [[Serveur d'exploration sur la pourriture ligneuse]] 
#* 3900 : [[Serveur d'exploration sur le saule]] 
#* 8000 :[[Serveur d'exploration sur le peuplier]] 
#Un test de génération sur le site lorexplor.istex.fr (au lieu d'une génération sur MacBook). Cet essai n'a pas été très satisfaisant.
#* [[Serveur d'exploration sur les effecteurs du phytophthora]] 
#Un ensemble de génération en quelques heures:
#*[[Serveur d'exploration sur la glutarédoxine]]
#*[[Serveur d'exploration sur les maladies des plantes grimpantes]]
#* [[Serveur d'exploration sur la mycorhize]]
#* [[Serveur d'exploration sur les effecteurs du phytophthora]]
#Vers la complétude
#* [[Serveur d'exploration sur les interactions arbre microorganisme]]
#* [[Serveur d'exploration sur les peptides biopesticides]]
#* [[Serveur d'exploration sur la rapamycine et les champignons]]
#* [[Serveur d'exploration sur les pucciniales]]
#* [[Serveur d'exploration sur les protéines de liaison chez les plantes]]
#* [[Serveur d'exploration Phytophthora]]

==Les demandes initiales==
Dans la colonne volume, les nombres négatifs indiquent la volume approximatif des serveurs à traiter.
{| class="wikitable sortable"
|-
!requête proposée
!code
!Serveur
!date
!volume
!ISTEX
|-
|plant glutathione transferases
|
|
|
| -5000
|-
|plant pathogen effector
|
|
|
| -4000
|-
|rapamycin fungus
|RapamycinFungusV1
|[[Serveur d'exploration sur la rapamycine et les champignons]]
|20201118
|2761
|744<ref>critère : rapamycin AND fungus</ref>
|-
|wood degradation fungi
|
|
|
| -4700
|-
|rust fungi
|RustFungiV1
|[[Serveur d'exploration sur les pucciniales]]
|20201120
|2237
|2995
|-
|iron-sulfur cluster
|
|
|
| -5000
|-
|glutaredoxin
|GlutaredoxinV1
|[[Serveur d'exploration sur la glutarédoxine]]
|20201118
|1988
|3228
|-
|sulfur transferase
|
|
|
| -4700
|-
|white rot
|WhiteRotV1
|[[Serveur d'exploration sur la pourriture ligneuse]]
|20201117
|3189
|-
|biopesticide peptide
|BiopestPeptidV1
|[[Serveur d'exploration sur les peptides biopesticides]]
|20201119
|6992
|-
|plant defense peptide
|
|
|
| -4300
|-
|detoxification fungi
|
|
|
| -4600
|-
|plant immune receptor
|
|
|
| -6600
|-
|thaumatin
|ThaumatinV1
|[[Serveur d'exploration Thomatine]]
|20201103
|585
|-
|Phanerochaete
|PhanerochaeteV1
|[[Serveur d'exploration sur le phanerochaete]]
|20201113
|1696
|-
|poplar
|PoplarV1
|[[Serveur d'exploration sur le peuplier]]
|20201103
|7973
|-
|Melampsora
|MelampsoraV1
|[[Serveur d'exploration Melampsora]]
|20201103
|223
|-
|willow
|WillowV1
|[[Serveur d'exploration sur le saule]]
|20201117
|3902
|-
|Phytophthora
|PhytophthoraV1
|[[Serveur d'exploration Phytophthora]]
|20201120
|4849
|-
|mitochondria plant redox
|
|
|
| -1800
|-
|chloroplast plant redox
|
|
|
| -3800
|-
|grapevine disease
|GrapevineDiseaseV1
|[[Serveur d'exploration sur les maladies des plantes grimpantes]]
|20201118
|1029
|-
|plant pathogen transcriptome
|
|
|
| -3000
|-
|agrobacterium transient
|
|[[Serveur d'exploration sur l'agrobacterium et la transgénèse]]
|
| -1000
|-
|tree microbe interactions
|TreeMicInterV1
|[[Serveur d'exploration sur les interactions arbre microorganisme]]
|20201119
|296
|-
|mycorrhizae
|MycorrhizaeV1
|[[Serveur d'exploration sur la mycorhize]]
|20201118
|6033
|-
|phytophthora effector
|PhytophthoraEffectorV1
|[[Serveur d'exploration sur les effecteurs du phytophthora]]
|20201110
|305
|-
|rust effector
|RustEffectorV1
|[[Serveur d'exploration sur les effecteurs de la rouille]]
|20201110
|162
|-
|rust fungi genomics
|
|
|
| -1100
|-
|metal-binding protein plant
|MetalBindProtPlantV1
|[[Serveur d'exploration sur les protéines de liaison chez les plantes]]
|20201120
|551
|-
|}

==Récapitulatif numérique==

<div id="wicri:serveurs">
{{#ask: [[Catégorie:Serveurs IAM]]
| ?A pour taille PubMed = PubMed
}}
</div>
==Voir aussi==
;Notes:
<references/>