Wicri:CatHumanFraV1 : Différence entre versions

De Wicri Animaux
 
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Ce serveur a probablement été initialisé par la commande [[Dilib, module Nlm, commande NlmPubMedExplorCorpus|<code>NlmPubMedExplorCorpus</code>]] avec le script suivant :
 
Ce serveur a probablement été initialisé par la commande [[Dilib, module Nlm, commande NlmPubMedExplorCorpus|<code>NlmPubMedExplorCorpus</code>]] avec le script suivant :
 
<source>
 
<source>
−
cd $WICRI_ROOT//Biologie/Animaux/explor/CatHumanFra.storage
+
cd $WICRI_ROOT/Biologie/Animaux/explor/CatHumanFra.storage
  
 
NlmPubMedExplorCorpus  -d CatHumanFraV1  \
 
NlmPubMedExplorCorpus  -d CatHumanFraV1  \
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===Installation des données sur LorExplor, initialisation===
 
===Installation des données sur LorExplor, initialisation===
 
Dans tous les cas, sur le site LorExplor, le serveur sera installé sur le répertoire :
 
Dans tous les cas, sur le site LorExplor, le serveur sera installé sur le répertoire :
−
:<code>$WICRI_ROOT//Biologie/Animaux/explor/CatHumanFra.storage</code>
+
:<code>$WICRI_ROOT/Biologie/Animaux/explor/CatHumanFra.storage</code>
 
Le protocole d'initialisation est donc le suivant :
 
Le protocole d'initialisation est donc le suivant :
 
<source lang="sh">
 
<source lang="sh">
 
source /applis/Dilib/init.sh
 
source /applis/Dilib/init.sh
  
−
mkdir $WICRI_ROOT//Biologie/Animaux/explor/CatHumanFra.storage
+
mkdir $WICRI_ROOT/Biologie/Animaux/explor/CatHumanFra.storage
  
−
cd $WICRI_ROOT//Biologie/Animaux/explor/CatHumanFra.storage
+
cd $WICRI_ROOT/Biologie/Animaux/explor/CatHumanFra.storage
 
</source>
 
</source>
  
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  gzip CatHumanFraV1.tar
 
  gzip CatHumanFraV1.tar
  
−
  scp $ISTEX_PAR CatHumanFraV1.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT//Biologie/Animaux/explor/CatHumanFra.storage
+
  scp $ISTEX_PAR CatHumanFraV1.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Biologie/Animaux/explor/CatHumanFra.storage
 
</source>
 
</source>
  
 
;Sur la machine Démo.Istex
 
;Sur la machine Démo.Istex
 
<source lang="sh">
 
<source lang="sh">
−
cd $WICRI_ROOT//Biologie/Animaux/explor/CatHumanFra.storage
+
cd $WICRI_ROOT/Biologie/Animaux/explor/CatHumanFra.storage
  
 
gunzip CatHumanFraV1.tar.gz
 
gunzip CatHumanFraV1.tar.gz
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<source lang="sh">
 
<source lang="sh">
 
source /applis/Dilib/init.sh
 
source /applis/Dilib/init.sh
−
cd $WICRI_ROOT//Biologie/Animaux/explor
+
cd $WICRI_ROOT/Biologie/Animaux/explor
 
ln -s CatHumanFra.storage/CatHumanFraV1 .
 
ln -s CatHumanFra.storage/CatHumanFraV1 .
−
cd /var/www/html/Wicri//Biologie/Animaux/explor
+
cd /var/www/html/Wicri/Biologie/Animaux/explor
−
ln -s $WICRI_ROOT//Biologie/Animaux/explor/CatHumanFraV1 .
+
ln -s $WICRI_ROOT/Biologie/Animaux/explor/CatHumanFraV1 .
 
</source>
 
</source>
  
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===Définition EXPLOR_AREA===
 
===Définition EXPLOR_AREA===
 
<source lang="sh">
 
<source lang="sh">
−
EXPLOR_AREA=$WICRI_ROOT//Biologie/Animaux/explor/CatHumanFra.storage/CatHumanFraV1
+
EXPLOR_AREA=$WICRI_ROOT/Biologie/Animaux/explor/CatHumanFra.storage/CatHumanFraV1
 
export EXPLOR_AREA
 
export EXPLOR_AREA
 
export LC_ALL='C'
 
export LC_ALL='C'
Ligne 111 : Ligne 111 :
 
<source lang="sh">
 
<source lang="sh">
 
source /applis/lorexplor/Dilib/init.sh
 
source /applis/lorexplor/Dilib/init.sh
−
cd $WICRI_ROOT//Biologie/Animaux/explor/CatHumanFra.storage
+
cd $WICRI_ROOT/Biologie/Animaux/explor/CatHumanFra.storage
 
rm CatHumanFraV1.tar.gz
 
rm CatHumanFraV1.tar.gz
 
</source>
 
</source>
 
;Sur la machine de développement:
 
;Sur la machine de développement:
 
<source lang="sh">
 
<source lang="sh">
−
cd $WICRI_ROOT//Biologie/Animaux/explor/CatHumanFra.storage
+
cd $WICRI_ROOT/Biologie/Animaux/explor/CatHumanFra.storage
 
rm CatHumanFraV1.tar.gz
 
rm CatHumanFraV1.tar.gz
 
tar -cvf CatHumanFraV1.tar CatHumanFraV1
 
tar -cvf CatHumanFraV1.tar CatHumanFraV1
 
gzip CatHumanFraV1.tar
 
gzip CatHumanFraV1.tar
−
scp  $ISTEX_PAR CatHumanFraV1.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT//Biologie/Animaux/explor/CatHumanFra.storage
+
scp  $ISTEX_PAR CatHumanFraV1.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Biologie/Animaux/explor/CatHumanFra.storage
 
</source>
 
</source>
  

Version actuelle datée du 14 novembre 2024 à 18:42

Cette page introduit les aspects techniques de la version CatHumanFraV1 du « Serveur d'exploration interactions chats et humains en France ».

Voir aussi :

Initialisation

Ce serveur a probablement été initialisé par la commande NlmPubMedExplorCorpus avec le script suivant : 

cd $WICRI_ROOT/Biologie/Animaux/explor/CatHumanFra.storage

NlmPubMedExplorCorpus  -d CatHumanFraV1  \
          -q "Cats [MeSH Terms] AND Humans  [MeSH Terms]) AND France" -s 2000    \
          -l %wicriLink -p wicriPath \
          -t "Serveur d'exploration interactions chats et humains en France"

Installation

Installation des données sur LorExplor, initialisation

Dans tous les cas, sur le site LorExplor, le serveur sera installé sur le répertoire :

$WICRI_ROOT/Biologie/Animaux/explor/CatHumanFra.storage

Le protocole d'initialisation est donc le suivant : 

source /applis/Dilib/init.sh

mkdir $WICRI_ROOT/Biologie/Animaux/explor/CatHumanFra.storage

cd $WICRI_ROOT/Biologie/Animaux/explor/CatHumanFra.storage

Génération à partir d'une machine locale

A l'issue de la commande NlmPubMedExplorCorpus.

Sur la machine locale
 tar -cvf CatHumanFraV1.tar CatHumanFraV1
 gzip CatHumanFraV1.tar

 scp $ISTEX_PAR CatHumanFraV1.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Biologie/Animaux/explor/CatHumanFra.storage
Sur la machine Démo.Istex
cd $WICRI_ROOT/Biologie/Animaux/explor/CatHumanFra.storage

gunzip CatHumanFraV1.tar.gz
tar -xvf CatHumanFraV1.tar
gzip CatHumanFraV1.tar

Définition des liens pour visibilité Web

Sur la machine LorExplor
source /applis/Dilib/init.sh
cd $WICRI_ROOT/Biologie/Animaux/explor
ln -s CatHumanFra.storage/CatHumanFraV1 .
cd /var/www/html/Wicri/Biologie/Animaux/explor
ln -s $WICRI_ROOT/Biologie/Animaux/explor/CatHumanFraV1 .

Mise à jour

Définition EXPLOR_AREA

EXPLOR_AREA=$WICRI_ROOT/Biologie/Animaux/explor/CatHumanFra.storage/CatHumanFraV1
export EXPLOR_AREA
export LC_ALL='C'


Chargement d'une nouvelle version des données

cd $EXPLOR_AREA
mkdir Import/Archive
mv Import/pubmed_result.xml Import/Archive/.
NlmPubMedGetCorpus -q "Cats [MeSH Terms] AND Humans  [MeSH Terms]) AND France" -s 2000 -x  > Import/pubmed_result.xml

Restauration complète

Solution 1
cd $EXPLOR_AREA
ExplorAreaRestart -l 3
En pas à pas
sh $EXPLOR_AREA/bin/AreaReset.sh
ExplorAreaDataCreate -d $EXPLOR_AREA
make -f $EXPLOR_AREA/bin/area.mk
sh $EXPLOR_AREA/bin/AreaCreateSite.fr.sh
cat $EXPLOR_AREA/Import/ListKeys.wiki       \
  |  MediaWikiCleanTable                     \
  | MediaWikiTable2SxmlRowCol                \
  | MediaWikiTableTransformCol -t 123 -T 4   \
  > $EXPLOR_AREA/Input/ListKeys.xml
ExplorGenerTemplateSize -f $EXPLOR_AREA/Input/ListKeys.xml > $EXPLOR_AREA/exportSize.xml
MediaWikiExportCommand -c fileBegin > $EXPLOR_AREA/exportMaps.xml
source $EXPLOR_AREA/FixBin/AreaGenerWikiTemplateMaps.sh >> $EXPLOR_AREA/exportMaps.xml
MediaWikiExportCommand -c fileEnd >> $EXPLOR_AREA/exportMaps.xml
MediaWikiExportCommand -c fileBegin > $EXPLOR_AREA/exportInclude.xml
source $EXPLOR_AREA/FixBin/AreaGenerWikiTemplateInclude.sh >> $EXPLOR_AREA/exportInclude.xml
MediaWikiExportCommand -c fileEnd >> $EXPLOR_AREA/exportInclude.xml

Installation de la nouvelle version

Sur la machine LorExplor
source /applis/lorexplor/Dilib/init.sh
cd $WICRI_ROOT/Biologie/Animaux/explor/CatHumanFra.storage
rm CatHumanFraV1.tar.gz
Sur la machine de développement
cd $WICRI_ROOT/Biologie/Animaux/explor/CatHumanFra.storage
rm CatHumanFraV1.tar.gz
tar -cvf CatHumanFraV1.tar CatHumanFraV1
gzip CatHumanFraV1.tar
scp  $ISTEX_PAR CatHumanFraV1.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Biologie/Animaux/explor/CatHumanFra.storage

Voir aussi

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