| Ident. | Authors (with country if any) | Title |
|---|
| 000033 (2016) |
Fengchao Yu [République populaire de Chine] ; Ning Li [République populaire de Chine] ; Weichuan Yu [République populaire de Chine] | ECL: an exhaustive search tool for the identification of cross-linked peptides using whole database |
| 000083 (2015) |
Yongnan Zhu [États-Unis] ; Liang Sun [États-Unis] ; Alexander Garbarino [États-Unis] ; Carl Schmidt [États-Unis] ; Jinglong Fang ; Jian Chen [États-Unis] | PathRings: a web-based tool for exploration of ortholog and expression data in biological pathways |
| 000117 (2015) |
Michael A. Peabody ; Thea Van Rossum ; Raymond Lo ; Fiona S. L. Brinkman | Evaluation of shotgun metagenomics sequence classification methods using in silico and in vitro simulated communities |
| 000123 (2015) |
Mikhail G. Dozmorov [États-Unis] ; Indra Adrianto [États-Unis] ; Cory B. Giles [États-Unis] ; Edmund Glass [États-Unis] ; Stuart B. Glenn [États-Unis] ; Courtney Montgomery [États-Unis] ; Kathy L. Sivils [États-Unis] ; Lorin E. Olson [États-Unis] ; Tomoaki Iwayama [États-Unis] ; Willard M. Freeman [États-Unis] ; Christopher J. Lessard [États-Unis] ; Jonathan D. Wren [États-Unis] | Detrimental effects of duplicate reads and low complexity regions on RNA- and ChIP-seq data |
| 000277 (2013) |
Brad Boyle [États-Unis] ; Nicole Hopkins [États-Unis] ; Zhenyuan Lu [États-Unis] ; Juan Antonio Raygoza Garay [États-Unis] ; Dmitry Mozzherin [États-Unis] ; Tony Rees [Australie] ; Naim Matasci [États-Unis] ; Martha L. Narro [États-Unis] ; William H. Piel [Singapour] ; Sheldon J. Mckay [États-Unis] ; Sonya Lowry [États-Unis] ; Chris Freeland [États-Unis] ; Robert K. Peet [États-Unis] ; Brian J. Enquist [États-Unis] | The taxonomic name resolution service: an online tool for automated standardization of plant names |
| 000303 (2013) |
Arlin Stoltzfus [États-Unis] ; Hilmar Lapp [États-Unis] ; Naim Matasci [États-Unis] ; Helena Deus [Irlande (pays)] ; Brian Sidlauskas [États-Unis] ; Christian M. Zmasek [États-Unis] ; Gaurav Vaidya [États-Unis] ; Enrico Pontelli [États-Unis] ; Karen Cranston [États-Unis] ; Rutger Vos [Pays-Bas] ; Campbell O. Webb [États-Unis] ; Luke J. Harmon [États-Unis] ; Megan Pirrung [États-Unis] ; Brian O'Meara [États-Unis] ; Matthew W. Pennell [États-Unis] ; Siavash Mirarab [États-Unis] ; Michael S. Rosenberg [États-Unis] ; James P. Balhoff [États-Unis] ; Holly M. Bik [États-Unis] ; Tracy A. Heath [États-Unis] ; Peter E. Midford [États-Unis] ; Joseph W. Brown [États-Unis] ; Emily Jane Mctavish [États-Unis] ; Jeet Sukumaran [États-Unis] ; Mark Westneat [États-Unis] ; Michael E. Alfaro [États-Unis] ; Aaron Steele [États-Unis] ; Greg Jordan [États-Unis] | Phylotastic! Making tree-of-life knowledge accessible, reusable and convenient |
| 000320 (2013) |
Kishori M. Konwar [Canada] ; Niels W. Hanson ; Antoine P. Pagé [Canada] ; Steven J. Hallam [Canada] | MetaPathways: a modular pipeline for constructing pathway/genome databases from environmental sequence information |
| 000350 (2013) |
Yun Yu [États-Unis] ; Nikola Ristic [États-Unis] ; Luay Nakhleh [États-Unis] | Fast algorithms and heuristics for phylogenomics under ILS and hybridization |
| 000365 (2013) |
Julien Wollbrett [France] ; Pierre Larmande [France] ; Frédéric De Lamotte [France] ; Manuel Ruiz [France] | Clever generation of rich SPARQL queries from annotated relational schema: application to Semantic Web Service creation for biological databases |
| 000468 (2012) |
Thomas J. Sharpton [États-Unis] ; Guillaume Jospin [États-Unis] ; Dongying Wu [États-Unis] ; Morgan Gi Langille [Canada] ; Katherine S. Pollard [États-Unis] ; Jonathan A. Eisen [États-Unis] | Sifting through genomes with iterative-sequence clustering produces a large, phylogenetically diverse protein-family resource |
| 000635 (2011) |
Angela Bauch [Suisse] ; Izabela Adamczyk [Suisse] ; Piotr Buczek [Suisse] ; Franz-Josef Elmer [Suisse] ; Kaloyan Enimanev [Suisse] ; Pawel Glyzewski [Suisse] ; Manuel Kohler [Suisse] ; Tomasz Pylak [Suisse] ; Andreas Quandt [Suisse] ; Chandrasekhar Ramakrishnan [Suisse] ; Christian Beisel [Suisse] ; Lars Malmström [Suisse] ; Ruedi Aebersold [Suisse] ; Bernd Rinn [Suisse] | openBIS: a flexible framework for managing and analyzing complex data in biology research |
| 000670 (2011) |
Xin Feng [États-Unis, Canada] ; Robert Grossman [États-Unis] ; Lincoln Stein [États-Unis, Canada] | PeakRanger: A cloud-enabled peak caller for ChIP-seq data |
| 000690 (2011) |
Gen-Tao Chiang [Royaume-Uni] ; Peter Clapham [Royaume-Uni] ; Guoying Qi [Royaume-Uni] ; Kevin Sale [Royaume-Uni] ; Guy Coates [Royaume-Uni] | Implementing a genomic data management system using iRODS in the Wellcome Trust Sanger Institute |
| 000855 (2010) |
Frederick A. Matsen [États-Unis] ; Robin B. Kodner [États-Unis] ; E Virginia Armbrust [États-Unis] | pplacer: linear time maximum-likelihood and Bayesian phylogenetic placement of sequences onto a fixed reference tree |
| 000857 (2010) |
Jens Lichtenberg [États-Unis] ; Kyle Kurz [États-Unis] ; Xiaoyu Liang [États-Unis] ; Rami Al-Ouran [États-Unis] ; Lev Neiman [États-Unis] ; Lee J. Nau [États-Unis] ; Joshua D. Welch [États-Unis] ; Edwin Jacox [France] ; Thomas Bitterman [États-Unis] ; Klaus Ecker [États-Unis] ; Laura Elnitski [États-Unis] ; Frank Drews [États-Unis] ; Stephen Sauchi Lee [États-Unis] ; Lonnie R. Welch [États-Unis] | WordSeeker: concurrent bioinformatics software for discovering genome-wide patterns and word-based genomic signatures |
| 000858 (2010) |
J Lynn Fink [États-Unis] ; Pablo Fernicola [États-Unis] ; Rahul Chandran [États-Unis] ; Savas Parastatidis [États-Unis] ; Alex Wade [États-Unis] ; Oscar Naim [États-Unis] ; Gregory B. Quinn [États-Unis] ; Philip E. Bourne [États-Unis] | Word add-in for ontology recognition: semantic enrichment of scientific literature |
| 000865 (2010) |
Morris A. Swertz [Pays-Bas, Royaume-Uni] ; Martijn Dijkstra [Pays-Bas] ; Tomasz Adamusiak [Royaume-Uni] ; Joeri K. Van Der Velde [Pays-Bas] ; Alexandros Kanterakis [Pays-Bas] ; Erik T. Roos [Pays-Bas] ; Joris Lops [Pays-Bas] ; Gudmundur A. Thorisson [Royaume-Uni] ; Danny Arends [Pays-Bas] ; George Byelas [Pays-Bas] ; Juha Muilu [Finlande] ; Anthony J. Brookes [Royaume-Uni] ; Engbert O. De Brock [Pays-Bas] ; Ritsert C. Jansen [Pays-Bas] ; Helen Parkinson [Royaume-Uni] | The MOLGENIS toolkit: rapid prototyping of biosoftware at the push of a button |
| 000886 (2010) |
Liya Wang [États-Unis] ; Lincoln D. Stein [États-Unis, Canada] | Localizing triplet periodicity in DNA and cDNA sequences |
| 000889 (2010) |
Amber L. Hartman [États-Unis] ; Sean Riddle [États-Unis] ; Timothy Mcphillips [États-Unis] ; Bertram Lud Scher [États-Unis] ; Jonathan A. Eisen [États-Unis] | Introducing W.A.T.E.R.S.: a Workflow for the Alignment, Taxonomy, and Ecology of Ribosomal Sequences |
| 000890 (2010) |
Angela Cm Luyf [Pays-Bas] ; Barbera Dc Van Schaik [Pays-Bas] ; Michel De Vries [Pays-Bas] ; Frank Baas [Pays-Bas] ; Antoine Hc Van Kampen [Pays-Bas] ; Silvia D. Olabarriaga [Pays-Bas] | Initial steps towards a production platform for DNA sequence analysis on the grid |
| 000892 (2010) |
Judy Qiu [États-Unis] ; Jaliya Ekanayake [États-Unis] ; Thilina Gunarathne [États-Unis] ; Jong Youl Choi [États-Unis] ; Seung-Hee Bae [États-Unis] ; Hui Li [États-Unis] ; Bingjing Zhang [États-Unis] ; Tak-Lon Wu [États-Unis] ; Yang Ruan [États-Unis] ; Saliya Ekanayake [États-Unis] ; Adam Hughes [États-Unis] ; Geoffrey Fox [États-Unis] | Hybrid cloud and cluster computing paradigms for life science applications |
| 000894 (2010) |
Ranjit Kumar [États-Unis] ; Bindu Nanduri [États-Unis] | HPIDB - a unified resource for host-pathogen interactions |
| 000B81 (2009) |
Marco Roos [Pays-Bas] ; M Scott Marshall [Pays-Bas] ; Andrew P. Gibson [Pays-Bas] ; Martijn Schuemie [Pays-Bas] ; Edgar Meij [Pays-Bas] ; Sophia Katrenko [Pays-Bas] ; Willem Robert Van Hage [Pays-Bas] ; Konstantinos Krommydas [Pays-Bas] ; Pieter W. Adriaans [Pays-Bas] | Structuring and extracting knowledge for the support of hypothesis generation in molecular biology |
| 000B83 (2009) |
James P. Mccusker [États-Unis] ; Joshua A. Phillips [États-Unis] ; Alejandra González Beltrán [Royaume-Uni] ; Anthony Finkelstein [Royaume-Uni] ; Michael Krauthammer [États-Unis] | Semantic web data warehousing for caGrid |
| 000B84 (2009) |
Vincent S. Smith [Royaume-Uni] ; Simon D. Rycroft [Royaume-Uni] ; Kehan T. Harman [Royaume-Uni] ; Ben Scott [Royaume-Uni] ; David Roberts [Royaume-Uni] | Scratchpads: a data-publishing framework to build, share and manage information on the diversity of life |
| 000B85 (2009) |
Damian Dg Gessler [États-Unis] ; Gary S. Schiltz [États-Unis] ; Greg D. May [États-Unis] ; Shulamit Avraham [États-Unis] ; Christopher D. Town [États-Unis] ; David Grant [États-Unis] ; Rex T. Nelson [États-Unis] | SSWAP: A Simple Semantic Web Architecture and Protocol for semantic web services |
| 000B95 (2009) |
Isaac Kunz [États-Unis] ; Ming-Chin Lin [États-Unis] ; Lewis Frey [États-Unis] | Metadata mapping and reuse in caBIG™ |
| 000C15 (2009) |
Erick Antezana [Belgique] ; Ward Blondé [Belgique] ; Mikel Ega A [Royaume-Uni] ; Alistair Rutherford [Royaume-Uni] ; Robert Stevens [Royaume-Uni] ; Bernard De Baets [Belgique] ; Vladimir Mironov [Norvège] ; Martin Kuiper [Norvège] | BioGateway: a semantic systems biology tool for the life sciences |
| 000D50 (2008) |
Hans A. Kestler [Allemagne] ; André Müller [Allemagne] ; Johann M. Kraus [Allemagne] ; Malte Buchholz [Allemagne] ; Thomas M. Gress [Allemagne] ; Hongfang Liu [États-Unis] ; David W. Kane [États-Unis] ; Barry R. Zeeberg [États-Unis] ; John N. Weinstein [États-Unis] | VennMaster: Area-proportional Euler diagrams for functional GO analysis of microarrays |
| 000D66 (2008) |
Michael Richter [Allemagne] ; Thierry Lombardot [Allemagne] ; Ivaylo Kostadinov [Allemagne] ; Renzo Kottmann [Allemagne] ; Melissa Beth Duhaime [Allemagne] ; Jörg Peplies [Allemagne] ; Frank Oliver Glöckner [Allemagne] | JCoast – A biologist-centric software tool for data mining and comparison of prokaryotic (meta)genomes |
| 000D82 (2008) |
Sheila Podell [États-Unis] ; Terry Gaasterland [États-Unis] ; Eric E. Allen [États-Unis] | A database of phylogenetically atypical genes in archaeal and bacterial genomes, identified using the DarkHorse algorithm |
| 000E90 (2007) |
Joanne S. Luciano [États-Unis, Royaume-Uni] ; Robert D. Stevens [Royaume-Uni] | e-Science and biological pathway semantics |
| 000F04 (2007) |
Hugo Yk Lam [États-Unis] ; Luis Marenco [États-Unis] ; Tim Clark [États-Unis] ; Yong Gao [États-Unis] ; June Kinoshita ; Gordon Shepherd [États-Unis] ; Perry Miller [États-Unis] ; Elizabeth Wu ; Gwendolyn T. Wong ; Nian Liu [États-Unis] ; Chiquito Crasto [États-Unis] ; Thomas Morse [États-Unis] ; Susie Stephens [États-Unis] ; Kei-Hoi Cheung [États-Unis] | AlzPharm: integration of neurodegeneration data using RDF |
| 001016 (2006) |
Ethan G. Cerami [États-Unis] ; Gary D. Bader [Canada] ; Benjamin E. Gross [États-Unis] ; Chris Sander [États-Unis] | cPath: open source software for collecting, storing, and querying biological pathways |
| 001017 (2006) |
Akihiko Konagaya [Japon] | Trends in life science grid: from computing grid to knowledge grid |
| 001024 (2006) |
Shoba Ranganathan [Australie, Singapour] ; Martti Tammi [Singapour] ; Michael Gribskov [États-Unis] ; Tin Wee Tan [Singapour] | Establishing bioinformatics research in the Asia Pacific |
| 001025 (2006) |
Andrew V. Uzilov [États-Unis] ; Joshua M. Keegan [États-Unis] ; David H. Mathews [États-Unis] | Detection of non-coding RNAs on the basis of predicted secondary structure formation free energy change |
| 001108 (2005) |
Matthew J. Cockerill [Royaume-Uni] | BMC Bioinformatics comes of age |
