Modélisation de systèmes biologiques en programmation concurrente par contraintes hybrides
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Auteurs : Alexander Bockmayr ; Arnaud CourtoisSource :
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Abstract
La biologie des systèmes représente un nouveau domaine qui vise à la compréhension des systèmes biologiques à différents niveaux. Nombre de recherches ont démarré, ayant pour but de comprendre comment les différentes parties d'un système biologique interagissent pour constituer des fonctions complexes. Les modèles informatiques, qui peuvent aider à analyser ou prédirele devenir temporel d'un système, jouent un rôle crucial en biologie. L'objectif de cet article est de montrer que la programmation concurrente par contraintes hybrides [GuptaJagadeesanSaraswat98] peut être une alternative prometteuse aux approches de modélisations existantes en biologie systémique. Hybrid cc est un langage de programmation déclaratif, compositionnel, qui permet de modéliser et simuler la dynamique de systèmes hybrides, c.-à-d. des systèmes pouvant changer d'état de façon discrète ou continue. Nous montrons que Hybrid cc peut modéliser de façon naturelle une grande variété de phénomènes biologiques comme l'atteinte de seuil, la cinétique, les interactions génétiques, ou les voies de régulation biologiques.
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