Voir la source de TD Master 2 (Université Paris 8, 2016)

Ceci est une page de liaison pour les travaux dirigés des Masters 2 GSI ([[Master Gestion stratégique de l'information (Université Paris 8)|Gestion Stratégique de l'Information]]) et AVUN ([[Master Analyse et valorisation des usages numériques (Université Paris 8)|Analyse et Valorisation des Usages Numériques]]) de l'[[Université Paris 8]] en 2017.
==Les sujets en bref==

===Liste générale===
{| class="wikitable sortable"
|-
!Sujet
!Wiki principal
!Autres wiki
|-
|[[#Maladie de Parkinson en France|Maladie de Parkinson en France]]
|[[wicri-sante.fr:La maladie de Parkinson en France (serveur d'exploration)|Wicri/Santé]]
|[[wicri-france.fr:La maladie de Parkinson en France (serveur d'exploration)|Wicri/France]], [[wicri-psycho.fr:La maladie de Parkinson en France (serveur d'exploration)|Wicri/Psychologie]]
|-
|[[#Paléopathologie|Paléopathologie]]
|[[wicri-archeologie.fr:Serveur d'exploration sur la paléopathologie|Wicri/Archéologie]]
|[[wicri-sante.fr:Serveur d'exploration sur la paléopathologie|Wicri/Santé]]
|-
|[[#Le nickel au Maghreb|Le nickel au Maghreb]]
|[[wicri-terre.fr:Serveur d'exploration sur le nickel au Maghreb|Wicri/Terre]]
|[[wicri-afrique.fr:Serveur d'exploration sur le nickel au Maghreb|Wicri/Afrique]], [[wicri-maroc.fr:Serveur d'exploration sur le nickel au Maghreb|Wicri/Maroc]]
|-
|[[#Université de Trèves|Université de Trèves]]
|[[wicri-rhen-pal.fr:Serveur d'exploration sur l'Université de Trèves|Wicri/Rhénanie-Palatinat]]
|[[wicri-allemagne.fr:Serveur d'exploration sur l'Université de Trèves|Wicri/Allemagne]], [[wicri-gr.fr:Serveur d'exploration sur l'Université de Trèves|Wicri/Grande Région]]
|-
|[[#L'esturgeon|L'esturgeon]]
|[[wicri-eau.fr:Serveur d'exploration sur l'esturgeon|Wicri/Eau]]
|[[wicri-agronomie.fr:Serveur d'exploration sur l'esturgeon|Wicri/Agronomie]]
|-
|[[#Thérapie familiale|Thérapie familiale]] (contexte francophone)
|[[wicri-psycho.fr:La thérapie familiale en francophonie (serveur d'exploration)|Wicri/Psychologie]]
|[[wicri-france.fr:La thérapie familiale en francophonie (serveur d'exploration)|Wicri/France]],
[[wicri-amerique.fr:La thérapie familiale en francophonie (serveur d'exploration)|Wicri/Amérique]],
[[wicri-wallonie.fr:La thérapie familiale en francophonie (serveur d'exploration)|Wicri/Wallonie]]
|-
|[[#Le renard|Le renard]] (contexte Europe de l'ouest)
|[[wicri-bois.fr:Serveur d'exploration sur le renard|Wicri/Bois]]
|[[wicri-europe.fr:Serveur d'exploration sur le renard|Wicri/Europe]],
[[wicri-france.fr:Serveur d'exploration sur le renard|Wicri/France]],
[[wicri-gr.fr:Serveur d'exploration sur le renard|Wicri/Grande Région]]
|-
|[[#Système d'information stratégique et agriculture|Système d'information stratégique et agriculture]]
|[[wicri-agronomie.fr:Système d'information stratégique et agriculture (serveur d'exploration)|Wicri/Agronomie]]
|[[wic-informatique.fr:Système d'information stratégique et agriculture (serveur d'exploration)|Wicri/Informatique]]
|-
|[[#Le chêne en Belgique|Le chêne en Belgique]]
|[[wicri-bois.fr:Serveur d'exploration sur le chêne en Belgique|Wicri/Bois]]
|[[wicri-belgique.fr:Serveur d'exploration sur le chêne en Belgique|Wicri/Belgique]]
|-
|}

===Exemples de sujets déjà traités (en Lorraine)===
Dans le cadre des [[TD Master 2 Documentation numérique (Université de Lorraine 2016)|TD de l'Université de Lorraine en 2016]].
* [[wicri-eau.fr:Serveur d'exploration sur le scalaire|Le scalaire (poisson)]] - sur Wicri/Eau,
* [[wicri-bois.fr:Serveur d'exploration sur l'oranger|L'oranger]] - sur Wicri/Bois et [[wicri-agronomie.fr:Serveur d'exploration sur l'oranger|Wicri/Agronomie]]
* [[wicri-belgique.fr:Serveur d'exploration autour du libre accès en Belgique|Le Libre accès en Belgique]] sur Wicri/Belgique, et  [[Serveur d'exploration autour du libre accès en Belgique|sur ce wiki]]
* [[wicri-france.fr:Serveur d'exploration sur la visibilité du Havre|La visibilité du Havre]] sur Wicri/France et [[wicri-eau.fr:Serveur d'exploration sur la visibilité du Havre|Wicri/Eau]]
* [[wicri-terre.fr:Serveur d'exploration sur le cobalt au Maghreb|Le cobalt au Maghreb]] sur Wicri/Terre, [[wicri-maroc.fr:Serveur d'exploration sur le cobalt au Maghreb|Wicri/Maroc]] et [[wicri-afrique.fr:Serveur d'exploration sur le cobalt au Maghreb|Wicri/Afrique]].

==Supports de cours==
Les supports de cours seront accessibles sur le wiki.
===Séance du 2 février 2017===
Les diapositives sont disponibles :
* [[doc:TP/TD_Master_Paris_8_2017_s1.pptx|en format Power Point]] 
Pour en savoir plus :
*[[Visite Ticri CIDE|Visite guidée du wiki CIDE]].
Une première visite des wikis sémantiques :
:''examiner quelques pages en utilisant''
:* l'onglet « voir le texte source » (en haut) 
:* l'onglet « Chercher les propriétés » (en bas à gauche)
:* la boîte sémantique (en bas de page)
:''Voir notamment les pages :''
:* [[Master Gestion stratégique de l'information (Université Paris 8)]]
:* [[CIDE 2016 Athènes]]
:* [[Imad Saleh]]
===Séance du 16 février 2017===
La travail portera sur la définition  des critères d'extraction de corpus.

Trois sites seront interrogés :
* le [[ISTEX (Investissements d'avenir)|démonstrateur ISTEX]] : http://demo.istex.fr/
** syntaxe
*** opérateurs AND OR
**** ex1 : (parkinson AND france)
*** sélection sur champs (ex: title, abstract, author.name, anthor.affiliation)
* le site américain du [[NCBI]] :
** pour l'accès à MEDLINE : https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed
** pour l'accès à l'archive Pubmed Central : https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc
* https://hal.archives-ouvertes.fr/
===Séance du 16 mars 2017===
* [[TD Master 2 Info Doc Num/ séance 2]]

==Sujets d'investigation==
===Remarques sur les choix des sujets===
Les serveurs d'explorations donnent des résultats intéressants sur un plan pédagogique quand ils mettent en relation l'ensemble des ressources actuellement traitées par les outils :
* [[ISTEX (Investissements d'avenir)|ISTEX]] est très riche en antériorité mais peu performant dans l'actualité,
* les bases Pascal et Francis sont plus récentes mais ne donnent accès qu'aux résumés,
* les bases de la NLM ont une large couverture temporelle mais sont limités aux sciences de la vie et aux thématiques de la santé.

Il est donc conseillé de choisir un sujet qui présente une antériorité significative avec une relation avec les sciences du vivant.

Compte tenu des contraintes liées aux travaux pratiques, il importe de choisir des sujets qui ne posent pas de trop problèmes d'ambiguïté dans une recherche sur texte intégral. De même, une volumétrie inférieure à 3000 documents (ou références) est souhaitable pour pouvoir réaliser des cycles de mise à jour ou de curation dans délai raisonnable.


===Sujets disponibles pour analyse===


====Maladie de Parkinson en France====
* [[wicri-sante.fr:La maladie de Parkinson en France (serveur d'exploration)|La maladie de Parkinson en France]] 
** accessible sur [[wicri-sante.fr:La maladie de Parkinson en France (serveur d'exploration)|Wicri/Santé]], [[wicri-psycho.fr:La maladie de Parkinson en France (serveur d'exploration)|Wicri/Psychologie]] et [[wicri-france.fr:La maladie de Parkinson en France (serveur d'exploration)|Wicri/France]].
** avec un sujet complémentaire « [[wicri-psycho.fr:Danse-thérapie et Parkinson|danse-thérapie et Parkinson (sur Wicri/Psychologie)]] ».

{| class="wikitable"
|-
!Source
!critère d'extraction
|-
|ISTEX
|<code>parkinson AND (abstract:france OR title:france OR author.affiliations:france)</code>
|-
|PubMed
|<code>parkinson AND france</code>
|-
|PMC
|<code>"parkinson disease" AND (france[affiliation])</code>
|-
|Pascal/Francis
|<code>( pa = fr* ) et parkinson</code>
|-
|HAL
|<code>parkinson</code>
|-
|}

====Paléopathologie====
La paléopathologie est une branche de la médecine spécialisée dans l'étude des maladies et des évolutions dégénératives observées chez les populations du passé.
*sera traité sur [[wicri-archeologie.fr:Serveur d'exploration sur la paléopathologie|Wicri/Archéologie]] et [[wicri-sante.fr:Serveur d'exploration sur la paléopathologie|Wicri/Santé]] (forte dimension interdisciplinaire)

{| class="wikitable"
|-
!Source
!critère d'extraction
|-
|ISTEX
|<code>paleopathology</code>
|-
|PubMed
|<code>paleopathology</code>
|-
|PMC
|<code>paleopathology</code>
|-
|Pascal/Francis
|<code>paleopathology</code>
|-
|HAL
|<code>paleopathologie</code>
|-
|}


====Le nickel au Maghreb====

* [[wicri-terre.fr:Serveur d'exploration sur le nickel au Maghreb|Le nickel au Maghreb]] - sur [[wicri-terre.fr:Serveur d'exploration sur le nickel au Maghreb|Wicri/Terre]], Wicri/Afrique et Wicri/Maroc

Dans un premier temps, les critères de sélection sur ISTEX et PMC ont été « réduits » pour des raisons liées au contexte expérimental de l'ensemble ISTEX/LorExplor. 

{| class="wikitable"
|-
!Source
!critère d'extraction
|-
|ISTEX
|<code>nickel AND ( maghreb OR tunis* OR alger* OR morocco)</code>
<br/>''avec une limite sur les 2500 premiers documents''
|-
|PubMed
|<code>nickel AND (maghreb OR tunis* OR alger* OR morocco) </code>
|-
|PMC
|<code>nickel[abstract] AND (maghreb OR tunis* OR alger* OR morocco) </code>
|-
|Pascal/Francis
|<code>nickel et (maroc ou tunisie ou tunis ou algerie ou maghreb ou ( pa = mar ) ou (pa = tun) ou ( pa = dza))</code>
|-
|HAL
|<code>nickel AND (maghreb OR tunis* OR alger* OR morocco) </code>
|-
|}

====Université de Trèves====
;Sujets liés à la [[Grande Région]] :
La Grande-Région est une association de régions frontalières entre la France, l'Allemagne, la Belgique et le Luxembourg.
* L'[[wicri-rhen-pal.fr:Serveur d'exploration sur l'Université de Trèves|Université de Trèves]] - sur [[wicri-rhen-pal.fr:Serveur d'exploration sur l'Université de Trèves|Wicri/Rhénanie-Palatinat]], [[wicri-allemagne.fr:Serveur d'exploration sur l'Université de Trèves|Wicri/Allemagne]], [[wicri-gr.fr:Serveur d'exploration sur l'Université de Trèves|Wicri/Grande Région]]
{| class="wikitable"
|-
!Source
!critère d'extraction
|-
|ISTEX
|<code>"university of trier" OR "trier university" OR author.affiliations:trier</code>
|-
|PubMed
|<code>trier[affiliation]</code>
|-
|PMC
|<code>trier[affiliation]</code>
|-
|Pascal/Francis
|<code>(af = treves ) ou (af = trier) </code>
|-
|HAL
|<code></code>
|-
|}

====L'esturgeon====
* [[wicri-eau.fr:Serveur d'exploration sur l'esturgeon|Serveur d'exploration sur l'esturgeon]].

* complète un ensemble déjà existant avec La perche commune, la lote de rivière, la grémille, [[wicri-eau.fr:Serveur d'exploration sur le scalaire|le scalaire]].

Pour les travaux dirigés, on s'intéressera à une limitation sur la France, l'Allemagne, la Belgique et le Luxembourg pour un approfondissement sur les bassins du Rhin ou de la Moselle.
{| class="wikitable"
|-
!Source
!critère d'extraction
|-
|ISTEX
|<code>"Acipenser sturio" OR (Acipenser AND (france OR french OR rhine OR mosel OR germany OR belg*))</code>
|-
|PubMed
|<code>Acipenser</code>
|-
|PMC
|<code>Acipenser sturio</code>
|-
|Pascal/Francis
|<code>acipenser</code>
|-
|HAL
|<code>acipenser</code>
|-
|}

====Thérapie familiale====
* La thérapie familiale en francophonie
** sur [[wicri-psycho.fr:La thérapie familiale en francophonie (serveur d'exploration)|Wicri/Psychologie]]

Un premier essai (sans précision géographique) est visible sur [[wicri-psycho.fr:Serveur d'exploration sur la thérapie familiale|Wicri/Psychologie]].
{| class="wikitable"
|-
!Source
!critère d'extraction
|-
|ISTEX
|<code>("family therapy" OR "therapie familiale") AND (france OR belg* OR quebec OR montreal OR luxembourg)</code>
|-
|PubMed
|<code>"family therapy" AND (france OR belg* OR quebec OR montreal OR luxembourg)</code>
|-
|PMC
|<code>"family therapy" AND (france OR belgium OR quebec OR montreal OR luxembourg)</code>
|-
|Pascal/Francis
|<code>"therapie familiale" ou "family therapy"</code>
|-
|HAL
|<code>thérapie familiale</code>
|-
|}

====Le renard====
A partir du genre ''vulpes'', la volumétrie du corpus ISTEX serait de 6000 documents. Pour les travaux dirigés on se limitera aux pays concernés par la [[Grande Région]].
* sur [[wicri-bois.fr:Serveur d'exploration sur le renard|Wicri/Bois le serveur d'exploration sur le renard]].
{| class="wikitable"
|-
!Source
!critère d'extraction
|-
|ISTEX
|<code>vulpes AND (france OR germany OR belg* OR luxembourg)</code>
|-
|PubMed
|<code>vulpes AND (france OR germany OR belg* OR luxembourg) </code>
|-
|PMC
|<code>vulpes[abstract] AND (france OR germany OR belg* OR luxembourg) </code>
|-
|Pascal/Francis
|<code>vulpes et (( pa=fr* ) ou (pa=bel) ou (pa=deu) ou (pa=lux))</code>
|-
|HAL
|<code>vulpes</code>
|-
|}

====Système d'information stratégique et agriculture====
* [[wicri-agronomie.fr:Système d'information stratégique et agriculture (serveur d'exploration)|Système d'information stratégique et agriculture]]
** en relation directe avec la thématique du Master Humanités numériques.
** sera traité sur [[wicri-agronomie.fr:Système d'information stratégique et agriculture (serveur d'exploration)|Wicri/Agronomie]] et Wicri/Informatique.
{| class="wikitable"
|-
!Source
!critère d'extraction
|-
|ISTEX
|<code>(agrovoc OR ("information system" AND abstract:agric*))</code>
|-
|PubMed
|<code>information system" AND agric* </code>
|-
|PMC
|<code>(agrovoc OR ("information system" AND agriculture*[abstract])) </code>
|-
|Pascal/Francis
|<code>agriculture et "information system"
</code>
|-
|HAL
|<code></code>
|-
|}

====Le chêne en Belgique====
* sur [[wicri-bois.fr:Serveur d'exploration sur le chêne en Belgique|Wicri/Bois]] et [[wicri-belgique.fr:Serveur d'exploration sur le chêne en Belgique|Wicri/Belgique]]
{| class="wikitable"
|-
!Source
!critère d'extraction
|-
|ISTEX
|<code>quercus AND belgi*</code>
|-
|PubMed
|<code>quercus AND belgi*</code>
|-
|PMC
|<code>quercus AND ( belgium OR belge OR belgique ) </code>
|-
|Pascal/Francis
|<code>quercus et ( belgique ou (pa=bel)) </code>
|-
|HAL
|<code>quercus AND belgique</code>
|-
|}

===Travail personnel===
Pour chaque étudiant, sur le serveur d'exploration de votre choix (un serveur différent peut être utilisé pour chaque question).
;Question 1:
''Thème : nettoyage des corpus'' 
* Donner la référence d'une revue (par son [[ISSN]]) ou d'une revue à éliminer (par son [[RBID]]).
* justifier votre choix (en moins de 5 lignes).
''Exemple de réponse''
* Sur le Serveur d'exploration sur le nickel au Maghreb, la revue dont l'ISSN est 1612-1872 (Chemistry & Biodiversity) ne contient que 4 articles qui ne sont que des index et qui peuvent être supprimés. Cette revue a été détectée à partir de l'entrée « index » sur l'index des mots du titre en anglais. 
;Question 2:
''Homogénéisation des noms d'auteurs''
* proposer un nom d'auteur à homogénéiser (en tenant compte des homonymies)

'''''explications'''''
Sur Wicri/Archéologie, le [[wicri-archeologie.fr:Serveur d'exploration sur la paléopathologie|Serveur d'exploration sur la paléopathologie]] contient une mention d'auteur [[wicri-archeologie.fr:Bruce M. Rothschild (médecin)|Bruce M. Rothschild (médecin)]]. Il contient également 2 autres auteurs (liens bleus) pour lesquels le nom n'a pas été qualifié.

Pour localiser les auteurs à homogénéiser il faut aller dans les index AutAff. Ils Pour les trouver, il faut cliquer sur l'icône représentant un CR-ROM dans les cartouches tels que :

{{Explor bandeau flux|type=IstexMulti|code=Istex|path=OcrV1}}

Pour Bruce Rothschild, le traitement à consisté à créer une entrée, sur Wicri/Santé dans la [[wicri-sante.fr:Wicri:Liste de personnalités en Santé|Liste de personnalités en Santé]].

On y trouve notamment la liste des expressions pour lesquelles on propose une substitution :
* Bruce M. Rothschild ; Bruce Rothschild ; B M Rothschild ; B. M. Rothschild 
On en profite pour renseigner sur ses affiliations qui seront automatiquement ajoutées.

''Exemple de réponse''
* Sur Wicri/Archéologie, Bruce Rothschild apparait en tête des listes des index AutAff. Une consultation sur Internet monte que plusieurs personnalités possèdent ce nom et ce prénom (par exemple Bruce Lee Rothschild en mathématique). Nous proposons donc d'ajouter médecin à son nom pour le désigner sans ambiguïté.
;Question 3:
''curation des pays''
* Repérer un nom de pays qui n'a pas été reconnu et qui pose problème compte tenu de sa fréquence dans un corpus.

'''''explications'''''

Dans les étapes "curation" des principaux flux d'alimentation (ISTEX, PubMed ou PubMed Central), un index nommé '''AffPaysInc''' repère les pays qui n'ont pas été reconnus.

Pour trouver cet index, il faut cliquer l'icône « H » des cartouches tels que (pour le serveur d'exploration sur l'OCR) :
{{Explor bandeau flux|type=IstexMulti|code=Istex|path=OcrV1}}
On trouve alors une page avec une liste contenant :
:* Pays inc. (1141)
* En cliquant sur Pays inc. on arrive à une {{Explor lien
  |wiki=    Ticri/CIDE
   |area=    OcrV1
 |url=/Istex/Curation/indexHead.php?index=AffPaysInc.i
 |texte=liste comme celle-ci}}.
* En cliquant sur un élément de la liste (par exemple Karlsruhe), on arrive à accéder à des documents qui contiennent des éléments d'adresse non reconnus. Ils sont identifiés par un élément xml de type <code>wicri:noCountry</code>. En faisant une recherche dans le texte XML, on trouver alors un élément affiliation qui indique qur Karlshruhe a été utilisé en place d'un nom de pays dans une adresse. Exemple : 
<source lang="xml">
<affiliation>
   <mods:affiliation>Universität Karlsruhe (TH), Am Fasanengarten 5, 76128, Karlsruhe</mods:affiliation>
   <wicri:noCountry code="subField">Karlsruhe</wicri:noCountry>
</affiliation>
</source>

Dans les dernières version des serveurs (par exemple, sur Wicri/Archéologie [[wicri-archeologie.fr:Serveur d'exploration sur la paléopathologie|Serveur d'exploration sur la paléopathologie]], dans la page de discussion, on trouve un tableau qui donne les 10 premières valeurs de cet index.

Pour faire une proposition complète il faut prendre connaissance des informations données, sur Wicri/Métadonnées, dans la page [[wicri-meta.fr:Curation des noms de pays|Curation des noms de pays]]

''Exemple de réponse''

Sur le wiki Wicri/Psychologie, dans le serveur sur la thérapie familiale nous proposons d'inclure l'"Université Laval" dans la liste des Université américaines. Nous recommandons la prudence dans les formes à reconnaitre compte tenu du Centre Universitaire de Laval en France. (Par exemple la forme « Université de Laval » sans mention de pays est trop ambiguë pour être déterminante).

;Question 4:
''mention d'étonnement''

Signaler en moins de 10 lignes, un fait ou une information, que vous avez trouvé sur un serveur et qui vous a étonné (ou que vous ne connaissiez pas).

Les réponses doivent porter sur le contenu, et non sur la compréhension du Mode opératoire.

''Exemple de réponse''

Dans le serveur sur la paléopathologie, en consultant la bibliographie de Bruce Rothschild, rhumatologue (praticien et chercheur), j'ai été surpris de constater le large spectre de la thématique qui englobe la palépathologie. En effet, à coté de publications attendues sur l'histoire de maladies comme la tuberculose ou la syphilis, on trouve des références de travaux sur des espèces animales actuelles comme les gorilles, anciennes comme les bisons préhistoriques ou encore plus anciens comme le ''Tyrannosaurus rex''.

===Autres sujets proposés===
====Empreinte environnementale du web====
Sujet proposé par les étudiants :
:''On propose de travailler sur le sujet des déchets numériques et plus exactement "l’empreinte 
environnementale du web"''

===Tableau global===
''sera affiné début mars''
{| class="wikitable"
|-
!Sujet
!groupe (GSI / AVUN)
|-
!SIS Agriculture
|Zaïd Adamou Zaitoune, Farah Douiri, Sonia El Ghali, Astride Guefack / Tarik Allal, Noual Aoucheta, Ji Shi
|-
!Parkinson France
|Jihad Chakhi,  Carole Mongrenier, Ilyas Seddouki, Afaf Taibi  / Alexandrine Platon, Nawal Aouchiche, Naïma Saigh
|-
!Thérapie familiale
|Rokhaya Camara, Paul Garlot, Nils Girouard, Florence Magny, Naomi Packar / Sihan Bellabas
|-
!Paléopathologie
|Aliou Diouf, Ana Tsitsagi / Sirine Abdallah, Nisrine Elloumi , Rachid Hadji, Jean-Rémi Bonnemain
|-
!Chêne en Belgique
|Laura Anastasie / Marie Cloupet, Marine Corviole, Julien Daninthe, Walid Hammache
|-
!Université de Trèves
| Uyên Le Bihan, Lydia Loumi / Thillali Belbachir, Hamida Tabet, Siren Jiang, Calypso Legrand
|-
!Métal au Maghreb
| / Mohamed Lamine Diallo, Claire Cailleau, Ben Youcef Moussa, Souad Meziani, Aghiles Mohammedi, Gaëlle Molina
|-
!L’esturgeon
| / Massinissa Bechar, Svetlana Kineva, Yulia Nikolaeva, Dhoimir Toiha, Salim Moussi, Mame-Awa Nguer
|-
!Déchets numériques
| / Massinissa Bechar, Svetlana Kineva, Yulia Nikolaeva, Dhoimir Toiha 
|-
|}

==Voir aussi==
;Dans le réseau Wicri:
''Pour ceux qui ont un login sur Wicri''
* [[ticri.priv:TD Master 2 (Université Paris 8, 2016)|page privée sur Wicri/Ticri]]