Wicri:CyberinfraV1

Cette page introduit les aspects techniques de la version CyberinfraV1 du « Serveur d'exploration Cyberinfrastructure ».

Voir aussi :

• Wicri:CyberinfraV1/Paramètres, data - génération des données
• Wicri:CyberinfraV1/Paramètres, fr - génération de l'interface
• Wicri:CyberinfraV1/Paramètres, génération des cartes - génération de cartes géographiques
• Wicri:CyberinfraV1/Paramètres, templates size - paramétrage des modèles liés aux valeurs numériques
• Wicri:CyberinfraV1/Paramètres, template include - génération du modèle d'affichage des résultats bruts

Mise en œuvre

Sur la machine de développement

Initialisations

Génération des pages wikis

source IstexGetCorpusSize -q "cyberinfrastructure"
 IstexGenerAreaPages \
       -a CyberinfraV1   \
       -m   \
       -g Cyberinfra   \
       -p Ticri/CIDE   \
       -w ticri-cide.fr  \
       -W Ticri/CIDE   \
       -s PascalFrancis   \
       -s Hal   \
       -s PubMed   \
       -s Pmc   \
       -s Ncbi   \
       -z France   \
       -z UK   \
       -z USA   \
       -z Allemagne   \
       -q "cyberinfrastructure"   \
       -t "Serveur d'exploration Cyberinfrastructure"

Définition $EXPLOR_AREA

EXPLOR_AREA=$WICRI_ROOT/Ticri/CIDE/corpus/Cyberinfra.storage/CyberinfraV1
export EXPLOR_AREA
export LC_ALL='C'

Création des répertoires

mkdir $WICRI_ROOT/Ticri/CIDE/corpus/Cyberinfra.storage
mkdir $EXPLOR_AREA
mkdir $EXPLOR_AREA/Import

Construction du Repository ISTEX

En cas de reprise au niveau du téléchargement

rm -rf $EXPLOR_AREA/Import/IstexRepository.h*

IstexGetCorpus -q "cyberinfrastructure" -s 2000 -A  -i $ISTEX_ID -p $ISTEX_PASS   \
     | IstexToSxml     \
     | HfdBuild -bh    $EXPLOR_AREA/Import/IstexRepository

ou

IstexGetCorpus -q "cyberinfrastructure" -s 2000 -A  \
     | IstexToSxml     \
     | HfdBuild -bh    $EXPLOR_AREA/Import/IstexRepository

Vérification

HfdCat  $EXPLOR_AREA/Import/IstexRepository.hfd | wc

Construction des métadonnées ISTEX

ISTEX, création du HFD Corpus Biblio

En cas de reprise:

rm -rf $EXPLOR_AREA/Import/IstexMetadata.h*

Construction corpus biblio

HfdCat $EXPLOR_AREA/Import/IstexRepository.hfd   \
  | IstexCleanFullText                           \
  | SgmlFast -c1                                 \
  | IstexToTei                                   \
  | TeiPutRefToIdno -t wicri:Area/Istex/Corpus \
  | HfdBuild -h $EXPLOR_AREA/Import/IstexMetadata

Téléchargement des autres corpus

PubMed

Site : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed

Requête :

cyberinfrastructure* 

Ranger le résultat dans $EXPLOR_AREA/Import/pubmed_result.xml

PubMed Central

Site : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc

Requête :

cyberinfrastructure* 

Ranger le résultat dans $EXPLOR_AREA/Import/pmc_result.xml

PascalFrancis

Site :http://stan2.demo.inist.fr/fr/

Requête :

cyberinfrastructure* 

Télécharger avec les onglets : Serveur / SGML / SGML / LF

• résultat dans $EXPLOR_AREA/Import

 mv $EXPLOR_AREA/Import/corpus.txt $EXPLOR_AREA/Import/inistServer.txt 

Télécharger avec les onglets : SGML / SGML / SGML / LF

• résultat dans $EXPLOR_AREA/Import

 mv $EXPLOR_AREA/Import/corpus.txt $EXPLOR_AREA/Import/inistStandard.txt 

Hal

Sur : https://hal.archives-ouvertes.fr/

Génération de la plateforme

Importation des paramètres de génération

WicriGetPage -l ticri-cide.fr -p "Wicri:CyberinfraV1/Paramètres, data"\
      > $EXPLOR_AREA/Import/WicriAreaParam.data.wiki

Si reprise

sh $EXPLOR_AREA/bin/AreaReset.sh

ExplorAreaDataCreate -d $EXPLOR_AREA
make -f $EXPLOR_AREA/bin/area.mk

Importation des paramètres de navigation

WicriGetPage -l ticri-cide.fr -p "Wicri:CyberinfraV1/Paramètres, fr"\
      > $EXPLOR_AREA/Import/WicriAreaSiteParam.fr.wiki

Génération de l'interface 

sh $EXPLOR_AREA/bin/AreaCreateSite.fr.sh

Génération des FTP

cd $EXPLOR_AREA
rm Site.tar.gz 
tar -cvf Site.tar Site 
gzip Site.tar 
rm Data.tar.gz 
tar -cvf Data.tar Data 
gzip Data.tar 

rm ImportMetadata.tar.gz
tar -cvf ImportMetadata.tar Import/istexMetadata.hcs Import/istexMetadata.hfd
gzip ImportMetadata.tar

Transfert vers la machine LorExplor

scp $ISTEX_PAR Site.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Sic/CIDE/explor/Cyberinfra.storage/CyberinfraV1
scp Data.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Ticri/CIDE/explor/Cyberinfra.storage/CyberinfraV1
scp ImportMetadata.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Ticri/CIDE/explor/Cyberinfra.storage/CyberinfraV1

Sur la machine cible

Aller sur le répertoire corpus correspondant au wiki cible

. ... Dilib/init.sh  
newgrp ticri
EXPLOR_AREA=$WICRI_ROOT/Ticri/CIDE/corpus/Cyberinfra.storage/CyberinfraV1.20161010

Si nouveau code générique :

mkdir $WICRI_ROOT/Ticri/CIDE/corpus/Cyberinfra.storage

Création du répertoire plateforme

mkdir $EXPLOR_AREA

Transfert par FileZilla

Transférer les fichiers Site.tar.gz, Data.tar.gz de CyberinfraV1 (émetteur) vers CyberinfraV1 (cible).

Installation

cd $EXPLOR_AREA
gunzip Site.tar.gz 
tar -xvf Site.tar 
gzip Site.tar 

gunzip Data.tar.gz 
tar -xvf Data.tar 
gzip Data.tar

gunzip ImportMetadata.tar.gz 
tar -xvf ImportMetadata.tar 
gzip ImportMetadata.tar 

cd Data/Istex/Corpus 
rm biblio.hcs 
rm biblio.hfd 
ln -s ../../../Import/istexMetadata.hcs biblio.hcs 
ln -s ../../../Import/istexMetadata.hfd biblio.hfd