Discussion:Serveur d'exploration sur la grippe en Allemagne/Version 3 : Différence entre versions
De Wicri Santé
imported>Jacques Ducloy |
imported>Jacques Ducloy (→Génération) |
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==Génération== | ==Génération== | ||
<source lang="sh"> | <source lang="sh"> | ||
| − | NlmPubMedExplorCorpus -q "(influenza) AND (germany[MeSH Terms])" -s 2000 -d GrippeAllemagneV3 | + | NlmPubMedExplorCorpus -q "(influenza) AND (germany[MeSH Terms])" -s 2000 \ |
| + | -d GrippeAllemagneV3 \ | ||
| + | -t "Serveur d'exploration sur la grippe en Allemagne" | ||
tar -cvf GrippeAllemagneV3.tar GrippeAllemagneV3 | tar -cvf GrippeAllemagneV3.tar GrippeAllemagneV3 | ||
gzip GrippeAllemagneV3.tar | gzip GrippeAllemagneV3.tar | ||
scp GrippeAllemagneV3.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Sante/explor/GrippeAllemagne.storage | scp GrippeAllemagneV3.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Sante/explor/GrippeAllemagne.storage | ||
| + | </source> | ||
| + | |||
| + | ;Sur la machine lorexplor: | ||
| + | <source lang="sh"> | ||
| + | gunzip GrippeAllemagneV3.tar.gz | ||
| + | tar -xvf GrippeAllemagneV3.tar | ||
| + | gzip GrippeAllemagneV3.tar | ||
</source> | </source> | ||
===Génération des cartes=== | ===Génération des cartes=== | ||
<source lang="sh"> | <source lang="sh"> | ||
| − | EXPLOR_AREA=$WICRI_ROOT/Sante/explor/GrippeAllemagne.storage/ | + | EXPLOR_AREA=$WICRI_ROOT/Sante/explor/GrippeAllemagne.storage/GrippeAllemagneV3 |
export EXPLOR_AREA | export EXPLOR_AREA | ||
export LC_ALL='C' | export LC_ALL='C' | ||
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| MediaWikiGeoStatMap -o w -g $DILIB/data/Wicri/Allemagne/localisationLandsAllemagne.dict \ | | MediaWikiGeoStatMap -o w -g $DILIB/data/Wicri/Allemagne/localisationLandsAllemagne.dict \ | ||
-m Allemagne -f "Germany location map.svg" -s 650 \ | -m Allemagne -f "Germany location map.svg" -s 650 \ | ||
| − | -a | + | -a GrippeAllemagneV3 -t "Carte Allemagne Lands" \ |
-h https://lorexplor.istex.fr/Wicri/Sante/explor \ | -h https://lorexplor.istex.fr/Wicri/Sante/explor \ | ||
>> $EXPLOR_AREA/exportMapsGermany.xml | >> $EXPLOR_AREA/exportMapsGermany.xml | ||
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| MediaWikiGeoStatMap -o w -g $DILIB/data/Wicri/Allemagne/localisationRegionAllemagneNuts2.dict \ | | MediaWikiGeoStatMap -o w -g $DILIB/data/Wicri/Allemagne/localisationRegionAllemagneNuts2.dict \ | ||
-m Allemagne -f "Germany (+districts) location map.svg" -s 650 \ | -m Allemagne -f "Germany (+districts) location map.svg" -s 650 \ | ||
| − | -a | + | -a GrippeAllemagneV3 -t "Carte Allemagne NUTS2" \ |
-h https://lorexplor.istex.fr/Wicri/Sante/explor \ | -h https://lorexplor.istex.fr/Wicri/Sante/explor \ | ||
>> $EXPLOR_AREA/exportMapsGermany.xml | >> $EXPLOR_AREA/exportMapsGermany.xml | ||
Version actuelle datée du 10 août 2020 à 18:04
Génération
NlmPubMedExplorCorpus -q "(influenza) AND (germany[MeSH Terms])" -s 2000 \
-d GrippeAllemagneV3 \
-t "Serveur d'exploration sur la grippe en Allemagne"
tar -cvf GrippeAllemagneV3.tar GrippeAllemagneV3
gzip GrippeAllemagneV3.tar
scp GrippeAllemagneV3.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Sante/explor/GrippeAllemagne.storage
- Sur la machine lorexplor
gunzip GrippeAllemagneV3.tar.gz
tar -xvf GrippeAllemagneV3.tar
gzip GrippeAllemagneV3.tar
Génération des cartes
EXPLOR_AREA=$WICRI_ROOT/Sante/explor/GrippeAllemagne.storage/GrippeAllemagneV3
export EXPLOR_AREA
export LC_ALL='C'
MediaWikiExportCommand -c fileBegin > $EXPLOR_AREA/exportMapsGermany.xml
HfdCat $EXPLOR_AREA/Data/Main/Exploration/AffRegion.i.hfd \
| SxmlCut idx/l \
| MediaWikiGeoStatMap -o w -g $DILIB/data/Wicri/Allemagne/localisationLandsAllemagne.dict \
-m Allemagne -f "Germany location map.svg" -s 650 \
-a GrippeAllemagneV3 -t "Carte Allemagne Lands" \
-h https://lorexplor.istex.fr/Wicri/Sante/explor \
>> $EXPLOR_AREA/exportMapsGermany.xml
HfdCat $EXPLOR_AREA/Data/Main/Exploration/AffRegion.i.hfd \
| SxmlCut idx/l \
| MediaWikiGeoStatMap -o w -g $DILIB/data/Wicri/Allemagne/localisationRegionAllemagneNuts2.dict \
-m Allemagne -f "Germany (+districts) location map.svg" -s 650 \
-a GrippeAllemagneV3 -t "Carte Allemagne NUTS2" \
-h https://lorexplor.istex.fr/Wicri/Sante/explor \
>> $EXPLOR_AREA/exportMapsGermany.xml
MediaWikiExportCommand -c fileEnd >> $EXPLOR_AREA/exportMapsGermany.xml
