Wicri:H2N2V1

Cette page introduit les aspects techniques de la version H2N2V1 du « Serveur d'exploration H2N2 ».

Voir aussi :

Wicri:H2N2V1/Paramètres, data - génération des données
Wicri:H2N2V1/Paramètres, fr - génération de l'interface
Wicri:H2N2V1/Paramètres, génération des cartes - génération de cartes géographiques
Wicri:H2N2V1/Paramètres, templates size - paramétrage des modèles liés aux valeurs numériques
Wicri:H2N2V1/Paramètres, template include - génération du modèle d'affichage des résultats bruts

Sommaire

1 Mise en œuvre

Mise en œuvre

Sur la machine de développement

Initialisations

Génération des pages wikis

 IstexGenerAreaPages \
       -a H2N2V1   \
       -m   \
       -g H2N2  \
         -x  1 \
       -p Sante   \
       -w wicri-sante.fr  \
       -W Sante   \
       -s PubMed   \
       -s Pmc   \
       -s Ncbi   \
       -s Hal   \
       -s PascalFrancis   \
       -z France   \
       -z 1957      \
       -z 1968      \
       -q 'h2n2'   \
       -t "Serveur d'exploration H2N2"

Définition $EXPLOR_AREA

EXPLOR_AREA=$WICRI_ROOT/Sante/explor/H2N2.storage/H2N2V1
export EXPLOR_AREA
export LC_ALL='C'

Création des répertoires

mkdir $WICRI_ROOT/Sante/explor/H2N2.storage
mkdir $EXPLOR_AREA
mkdir $EXPLOR_AREA/Import

Sur la machine LorExplor

newgrp wicri
source /applis/lorexplor/Dilib/init.sh

Définition $EXPLOR_AREA

EXPLOR_AREA=$WICRI_ROOT/Sante/explor/H2N2.storage/H2N2V1
export EXPLOR_AREA
export LC_ALL='C'

Création des répertoires

mkdir $WICRI_ROOT/Sante/explor/H2N2.storage
cd $WICRI_ROOT/Sante/explor/H2N2.storage
mkdir H2N2V1.corpus
mkdir H2N2V1.corpus/Import
mkdir H2N2V1.20200405
ln -s H2N2V1.20200405 H2N2V1
ln -s H2N2V1.20200405 H2N2V1.new

cd H2N2V1.corpus

Construction du Repository ISTEX

En cas de reprise au niveau du téléchargement

rm -rf Import/IstexRepository.h*

IstexGetCorpus -q "h2n2" -s 3000    -l          \
     | IstexGetCorpusById -A  \
     | SxmlUnIndent                           \
     | HfdBuild -bh  Import/IstexRepository

Vérification

HfdCat  $EXPLOR_AREA/Import/IstexRepository.hfd | wc

Vérification

HfdCat  $EXPLOR_AREA/Import/IstexRepository.hfd | wc

Préparation au transfert

tar -cvf Import.tar Import
gzip Import.tar

Retour vers la machine de développement

Transfert par scp

scp $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Sante/explor/H2N2.storage/H2N2V1.corpus/Import.tar.gz .
gunzip Import.tar.gz
tar -xvf Import.tar

Construction des métadonnées ISTEX

ISTEX, création du HFD Corpus Biblio: En cas de reprise:

rm -rf $EXPLOR_AREA/Import/IstexMetadata.h*

Construction corpus biblio

HfdCat $EXPLOR_AREA/Import/IstexRepository.hfd   \
  | SgmlFast -c1                                 \
  | IstexToTei                                   \
  | IstexCleanFullText                           \
  | TeiPutRefToIdno -t wicri:Area/Istex/Corpus  -c ISTEX -s Corpus -S Istex \
  | HfdBuild -h $EXPLOR_AREA/Import/IstexMetadata

Téléchargement des autres corpus

PubMed

Site : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed

Requête :

 h2n2

Ranger le résultat dans $EXPLOR_AREA/Import/pubmed_result.xml

PubMed Central

h2n2 AND influenza AND (1957 OR 1958)

Site : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc

PascalFrancis

Site :http://stan2.demo.inist.fr/fr/

Requête :

Télécharger avec les onglets : Serveur / SGML / SGML / LF

résultat dans $EXPLOR_AREA/Import

 mv $EXPLOR_AREA/Import/corpus.txt $EXPLOR_AREA/Import/inistServer.txt

Télécharger avec les onglets : SGML / SGML / SGML / LF

résultat dans $EXPLOR_AREA/Import

 mv $EXPLOR_AREA/Import/corpus.txt $EXPLOR_AREA/Import/inistStandard.txt

Hal

Sur : https://hal.archives-ouvertes.fr/

h2n2 AND ( influenza OR grippe)

Génération des FTP

cd $EXPLOR_AREA
rm Site.tar.gz 
tar -cvf Site.tar Site 
gzip Site.tar 
rm Data.tar.gz 
tar -cvf Data.tar Data 
gzip Data.tar 

rm ImportMetadata.tar.gz
tar -cvf ImportMetadata.tar Import/istexMetadata.hcs Import/istexMetadata.hfd
gzip ImportMetadata.tar

Transfert vers la machine LorExplor

scp  $ISTEX_PAR Site.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Sante/explor/H2N2.storage/H2N2V1.new
scp Data.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Sante/explor/H2N2.storage/H2N2V1.new
scp ImportMetadata.tar.gz $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Sante/explor/H2N2.storage/H2N2V1.new

scp  $ISTEX_PAR Site.tar $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Sante/explor/H2N2.storage/H2N2V1.new

Installation

cd $EXPLOR_AREA
gunzip Site.tar.gz 
tar -xvf Site.tar 
gzip Site.tar 

gunzip Data.tar.gz 
tar -xvf Data.tar 
gzip Data.tar

gunzip ImportMetadata.tar.gz 
tar -xvf ImportMetadata.tar 
gzip ImportMetadata.tar 

cd Data/Istex/Corpus 
rm biblio.hcs 
rm biblio.hfd 
ln -s ../../../Import/istexMetadata.hcs biblio.hcs 
ln -s ../../../Import/istexMetadata.hfd biblio.hfd