Serveur d'exploration sur la grippe en Belgique

Covid et épidémies grippales / Serveurs / La grippe en Belgique

Espace dédié à un travail pédagogique Ce serveur a été installé pour des raisons essentiellement pédagogiques.

Ce serveur sert également à mettre au point une formule simple pour la production de serveurs d'exploration spécialisés. Cette formule utilise la commande DILIB NlmPubMedExplorCorpus qui cause une erreur dans le version actullement diffusée.

Critère de sélection

Pour construire un corpus sur les faits épidémiologiques sur la grippe en Belgique, le critère utilisé est le suivant :

(influenza) AND (belgium[MeSH Terms])

Exploration

Les 2 versions portent sur le même corpus

La version 2 contient plus d'index.

Installation sur une machine de TP

Installation

source $HOME/Documents/ScienceExplor/Dilib/init.sh
mkdir $WICRI_ROOT/Sante/explor/GrippeBelgique.storage
cd $WICRI_ROOT/Sante/explor/GrippeBelgique.storage
NlmPubMedExplorCorpus -q "(influenza) AND (belgium[MeSH Terms])" -s 200 -d GrippeBelgiqueV2

Test

Imprimer, par ordre alphabétique, la liste des pays ayant publié sur la Belgique...

cd GrippeBelgiqueV2

HfdCat Data/Main/Exploration/AffPays.i.hfd             \
    | SgmlSelect -g idx/kw/1 -g  idx/f/1 -p @g1 -p @g2 \
    | sort

Le résultat attendu :

Allemagne	3
Australie	3
Autriche	2
Belgique	98
Canada	2
Croatie	2
France	5
Japon	1
Nouvelle-Zélande	1
Pays-Bas	5
Portugal	1
Royaume-Uni	4
Suisse	1
Suède	2
Viêt Nam	1
États-Unis	2

Expérimentation sur les faits épidémiologiques régionaux

Deux documents ont été repérés :

• Molecular epidemiological analysis of the transboundary transmission of 2003 highly pathogenic avian influenza H7N7 outbreaks between the Netherlands and Belgium.
  • Une épidémie dans une ferme de dindons dans la ville de Westmalle.
  • Transbound Emerg Dis (2014) Van Born
• Community transmission of influenza A (H1N1)v virus at a rock festival in Belgium, 2-5 July 2009.
  • Un concert de Rock en 2009 dans la ville de Werchter
  • Euro Surveill. (2009) Gutiérrez