Wicri:EdenteV1
De Wicri Santé
Révision datée du 30 novembre 2017 à 00:00 par imported>Jacques Ducloy (→Envoi sur LorExplor)
Cette page introduit les aspects techniques de la version EdenteV1 du « Serveur d'exploration sur le patient édenté (maquette) ».
Voir aussi :
- Wicri:EdenteV1/Paramètres, data - génération des données
- Wicri:EdenteV1/Paramètres, fr - génération de l'interface
- Wicri:EdenteV1/Paramètres, génération des cartes - génération de cartes géographiques
- Wicri:EdenteV1/Paramètres, templates size - paramétrage des modèles liés aux valeurs numériques
- Wicri:EdenteV1/Paramètres, template include - génération du modèle d'affichage des résultats bruts
Mise en œuvre
Sur la machine de développement
Initialisations
- Génération des pages wikis
IstexGenerAreaPages \
-a EdenteV1 \
-m \
-x 3 \
-g Edente \
-p Sante \
-w wicri-sante.fr \
-W Wicri/Santé \
-s PascalFrancis \
-s Hal \
-s PubMed \
-s Pmc \
-s Ncbi \
-q "edent*" \
-d "2" \
-D "2000" \
-t "Serveur d'exploration sur le patient édenté (maquette)"
- Définition $EXPLOR_AREA
EXPLOR_AREA=$WICRI_ROOT/Sante/explor/Edente.storage/EdenteV1
export EXPLOR_AREA
export LC_ALL='C'
- Création des répertoires
mkdir $WICRI_ROOT/Sante/explor/Edente.storage
mkdir $EXPLOR_AREA
mkdir $EXPLOR_AREA/Import
Sur la machine LorExplor
newgrp wicri
source /applis/lorexplor/Dilib/init.sh
- Définition $EXPLOR_AREA
EXPLOR_AREA=$WICRI_ROOT/Sante/explor/Edente.storage/EdenteV1
export EXPLOR_AREA
export LC_ALL='C'
- Création des répertoires
mkdir $WICRI_ROOT/Sante/explor/Edente.storage
mkdir $EXPLOR_AREA
mkdir $EXPLOR_AREA/Import
mkdir $WICRI_ROOT/Sante/explor/Edente.storage/EdenteV1.corpus
Téléchargement ISTEX
Sous $WICRI_ROOT/Sante/explor/Edente.storage/EdenteV1.corpus
(
IstexGetCorpus -q "(edente* OR edentu* OR toothless) AND publicationDate:[2013 TO 2014]" -l -s 4000
) | sort -u > IstexRepository.list
cat IstexRepository.list \
| IstexGetCorpusById -A \
| SxmlUnIndent \
| HfdBuild -bh IstexRepository
HfdCat IstexRepository.hfd | SxmlIndent | grep "</istex>" | wc
cat IstexRepository.hcs
cd $EXPLOR_AREA/Import
ln -s ../../EdenteV1.corpus/IstexRepository.* .
Construction des métadonnées ISTEX
- ISTEX, création du HFD Corpus Biblio
- En cas de reprise:
rm -rf $EXPLOR_AREA/Import/IstexMetadata.h*
- Construction corpus biblio
HfdCat $EXPLOR_AREA/Import/IstexRepository.hfd \
| SgmlFast -c1 \
| IstexToTei \
| IstexCleanFullText \
| TeiPutRefToIdno -t wicri:Area/Istex/Corpus -c ISTEX -s Corpus -S Istex \
| HfdBuild -h $EXPLOR_AREA/Import/IstexMetadata
Sur la machine de développement
Téléchargement des autres corpus
- PubMed
Site : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed
Requête :
(edentu*) AND ("2013"[Entrez Date]) (edentu*) AND ("2014"[Entrez Date])
Ranger le résultat dans $EXPLOR_AREA/Import/pubmed_result.xml
- PubMed Central
Site : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc
Requête :
(edentu*) AND ("2014"[Entrez Date])
- Pascal/Francis
Site :http://stan2.demo.inist.fr/fr/
Requête :
edent*
Télécharger avec les onglets : Serveur / SGML / SGML / LF
- résultat dans $EXPLOR_AREA/Import
mv $EXPLOR_AREA/Import/corpus.txt $EXPLOR_AREA/Import/inistServer.txt
Télécharger avec les onglets : SGML / SGML / SGML / LF
- résultat dans $EXPLOR_AREA/Import
mv $EXPLOR_AREA/Import/corpus.txt $EXPLOR_AREA/Import/inistStandard.txt
- Hal
Sur : https://hal.archives-ouvertes.fr/
Envoi sur LorExplor
scp Import/api.archives-ouvertes.fr.xml $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Sante/explor/Edente.storage/EdenteV1.corpus
Sur la machine de développement
Récupération des modèles
scp $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Sante/explor/Edente.storage/EdenteV1/exportSize.xml .
scp $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Sante/explor/Edente.storage/EdenteV1/exportMaps.xml .
scp $ISTEX_SCP:$WICRI_TARGET_ROOT/Sante/explor/Edente.storage/EdenteV1/exportInclude.xml .